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使用linux系统难免会忘记文件所在的位置，可以使用以下命令对系统中的文件进行搜索。搜索文件的命令为”find“；”locate“；”whereis“；”which“；”type“ linux下最强大的搜索命令为”find“。它的格式为”find “；比如使用find命令搜索在根目录下的所有interfaces文件所在位置，命令格式为”find / -name 'interfaces'“ ... 阅读全文
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一直都搞不清楚这两者的具体区别。 其实初学者搞不清楚很正常，因为它们的本质是相通的，都是对基因进行归类注释的数据库。 建议初学者自己使用一下这两个数据库，应该很快就能明白其中的区别。 以下以一个案例来详细说明两者的区别： 推荐一个没有任何基础的人都能使用的gene set注释工具 http://ww 阅读全文
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简介：长链非编码RNA(Long non-coding RNA, lncRNA)通过多种机制发挥其生物学功能, 这些机制包括基因印记、染色质重塑、细胞周期调控、剪接调控、mRNA降解和翻译调控等。lncRNA通过这些作用机制在不同水平进行基因表达调控。 长链非编码RNA(Long non-coding RNA, lncRNA)是长度大于200个核苷酸的非编码RNA[1]。研究表明, lncRNA... 阅读全文
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目前从2005年生物信息科研服务开始出现，到现在大概经历了10年，公司会关注生物信息行业目前所处的发展阶段，是否要进行市场细分和行业转型。生信从业者更多的会关心未来个人在生信行业的发展前景，具体待遇如何。 本文借助网络博客新行业的发展，结合自己的认识，浅谈生信行业的发展 作为一个新行业，肯定要经历市场极速且持续膨胀，然后再逐渐萎缩的周期。 第一阶段：刚开始的时候，是由于社会发展产生了... 阅读全文
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概念 图位克隆(Map - based cloning) 又称定位克隆(positional cloning) , 1986 年首先由剑桥大学的Alan coulson 提出[5 ] ,用该方法分离基因是根据目的基因在染色体上的位置进行的,无需预先知道基因的DNA 顺序,也无需预先知道其表达产物的有关信息,但应有以下两方面的基本情况:一是有一个根据目的基因的有无建立起来的遗传分离群体,如F、D... 阅读全文
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套路 这通常就是基因组组装后的必做分析，通过比较基因组学的手段进行分析，可以知道所研究物种在进化过程中哪些核心基因家族发生了变化，从而导致了其特殊的适应性机制的形成。 参考： Extremotolerant tardigrade genome and improved radiotolerance of human cultured cells by tardigrade-unique pr... 阅读全文
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附： 如何看懂英文文献？（好） 看需求，分层次 如何总结和整理学术文献？ Mendeley & Everything 如何在pdf文献上做笔记？福晰阅读器 自己感悟： 一篇专业文献通常会有几页到几十页不等，读文献是一个过于笼统的概念。 读文献必须要分为几个不同的程度（需求）： 1.读着玩，了解领域动 阅读全文
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读文献时发现自己逻辑思考能力太差，想起了以前学过的科研的基本思路：观察、假设、证明、验证。 看到了一个系列的很好的博文：戴世强 - 谈科研方法 不要成为”操作工“！！！ 慢慢看，慢慢总结~ 阅读全文
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想发好文章？先看好文献！ 生物信息分析类的文章都有着比较明显的套路，如果你深刻的掌握了这些套路，相信有一天你也能发Nature(子刊)。 Extremotolerant tardigrade genome and improved radiotolerance of human cultured cells by tardigrade-unique protein 先了解基本背景： 水熊虫... 阅读全文
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DGE-seq和普通的transcriptomic profiling相比较有什么不同，有什么特点？ DGE就是用酶将mRNA切断，只使用靠近poly A的一小段RNA去测序。 #1 由于不是测定mRNA的全长，DGE的数据量比转录组要小一些； #2 DGE比转录组价格低一些； #3 DGE和转录组都可以分析所有基因的表达丰度，并且比较组间基因表达差异； #4... 阅读全文
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刚看了下分子生物学的教材，里面详细讲到了细胞学说，细胞是结构和功能的基本单位，于是我就想到了单细胞测序，这么一来从测序技术出现时，理论上单细胞测序就是可行的，只是到了近些年才真正有能力开展单细胞测序。 待续~ 阅读全文
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参考： Oracle Grid Engine qsub命令 SGE - qsub使用范例 SGE作业基本用法 qsub是最为稳定的底层任务投递系统，就是把一个脚本投递到集群的计算节点上运行。 注意，只有登录节点才有资格投递任务，计算节点没有权限投递任务，只能执行，所以千万不要在投递的脚本内嵌套投递，会报错的。 下面是我最为常用的投递命令： qsub -cwd -l vf=5g... 阅读全文
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最初是看到这个网站，决心把所有统计分布梳理一遍：Univariate distribution relationships - WM 伯努里分布 | Bernoulli distribution 二项分布 | Binomial distribution Βeta分布 | beta distribut 阅读全文
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kmer分析其实是非常耗费计算资源的，如果我们自己写脚本来分析kmer的话，首先要将所有的序列打断成一定长度的kmer，然后将所有的kmer存储起来，最后统计每个kmer出现的频率，或者统计出现指定次数的kmer一共有多少个。 为了节省资源，我们可以使用 Jellyfish 这个现成的软件来分析。 JELLYFISH - Fast, Parallel k-mer Counting for DN... 阅读全文
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外泌体现在很火，搞医学的都应该好好了解它。 外泌体简介 1983年，外泌体首次于绵羊网织红细胞中被发现， 1987年Johnstone将其命名为“exosome”。现今，其特指直径在40-100nm的盘状囊泡。多种细胞在正常及病理状态下均可分泌外泌体。其主要来源于细胞内内溶酶体微粒内陷形成的多囊泡体，经多囊泡体外膜与细胞膜融合后释放到胞外基质中 。 外泌体介导的细胞间通讯 人体内多种细胞及... 阅读全文
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ORF和CDS的区别 ORF的英文展开是open reading frame（开放阅读框）。 CDS的英文展开是coding sequences （编码区）。 CDS：DNA转录成mRNA,mRNA经剪接等加工后翻译出蛋白质,所谓CDS就是与蛋白质序列一 一对应的DNA序列,且该序列中间不含其它非该 阅读全文
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参考： SSR标记 分子标记开发与筛选之SSR SSR 分子标记开发策略及评价 SSR分子标记在牡丹亲缘关系研究中的应用与研究进展 SSR(Simple Sequence Repeats)标记是近年来发展起来的一种以特异引物PCR为基础的分子标记技术，也称为微卫星DNA(MicrosatelliteDNA),是一类由几个核苷酸（一般为1~6个）为重复单位组成的长达几十个核苷酸的串联... 阅读全文
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题目：已知来豆荚斑驳病毒（bean pod mottle virus，BPMV）的名字，查询BPMV基因组信息、核酸序列信息、蛋白序列信息和结构信息 解答： 1.直接搜索，点genome，即可看到病毒基因组信息 2.点击Nucleotide，即可查看相关核酸信息 3.点击Protein即可查看BPMV转录相关蛋白信息 4.结构数据库查询，点击Structure即可，可... 阅读全文
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参考：吴祖建, 高芳銮, 沈建国. 生物信息学分析实践[M]. 科学出版社, 2010. 薛大牛说过，搞生物信息的不能挑食，有啥就该做啥。 生物信息中的一大热点就是进化分析，推断出一个物种在整个群体中的进化过程。 先读一篇科普文章：（源宜基因） 生物的进化指的是生物群体性质随时间经历的变化。分子生物学的发展大大加快了进化研究的前进步伐，DNA序列，凭借自身相对稳定的进化演变过程和巨大的信息... 阅读全文
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参考：高通量测序相关名词 Isotig 指在转录组de novo测序时，用454平台测序完成后组装出的结果，一个isotig可视为一个转录本。 Isogroup 指转录组de novo测序中，用454平台测序完成后组装出的结果获得的可聚类到同一个基因的转录本群。 alternative splicing：可变剪切 gene loci：基因座（wiki）， 转录表达谱：又叫基因表... 阅读全文