Life·Intelligence

2017年2月16日

摘要：参考：分子生物学教材再一次，翻看真核生物基因结构！ mRNA基本结构特点 Structure and function of Messenger RNA (mRNA ) 基因结构其实这个结构不完整，完整的如下：主要注意UTR这个结构真核生物的基因结构包括编码区和非编码区。编码区编码区其实是断裂基因结构，也就是不连续基因。具有蛋白编码... 阅读全文

posted @ 2017-02-16 10:51 Life·Intelligence 阅读(22023) 评论(0) 推荐(0) 编辑

主成分分析（PCA）原理及R语言实现 | 降维dimension reduction | Principal component analysis

摘要：如果你的职业定位是数据分析师/计算生物学家，那么不懂PCA、t-SNE的原理就说不过去了吧。跑通软件没什么了不起的，网上那么多教程，copy一下就会。关键是要懂其数学原理，理解算法的假设，适合解决什么样的问题。学习可以高效，但却没有捷径，你终将为自己的思维懒惰和行为懒惰买单。 PCA的原理和普通实阅读全文

posted @ 2017-02-16 10:49 Life·Intelligence 阅读(70681) 评论(0) 推荐(4) 编辑

ZFNs | TALEN | CRISPR | 基因编辑

摘要：问题：三代基因编辑的技术特点是什么？具体机制是什么？技术起源？ DSB和DSR是什么？核酸酶发挥着什么作用？ CRISPR是如何在细菌中发现的？细菌是如何实现自我免疫的？有哪些关键元件？spacer DNA是什么？crDNA是什么？理解CRISPR的每一个词是什么意思 CRISPR是如何被改造，阅读全文

posted @ 2017-02-16 10:06 Life·Intelligence 阅读(1666) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2017年2月15日

转录因子 | transcription factor | 表观因子 | 转录调控专题 | 数据库

摘要： hs.TFs <- read.csv("https://github.com/leezx/RToolbox/raw/master/data/Homo_sapiens_TF.txt", sep = "\t") hs.coTFs <- read.csv("https://github.com/leezx 阅读全文

posted @ 2017-02-15 19:36 Life·Intelligence 阅读(5333) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2017年2月14日

表观遗传学

摘要：表观遗传非常重要啊，不能不懂啊，前段时间刚看的一篇Science - 何祖华 - R基因的表观调控控制水稻稻瘟病抗性与水稻产量平衡就是表观调控的典型案例。想想真丢人，博士面试时居然连甲基化的英文单词都不认识！！！如何理解与看待表观遗传学 (Epigenetics) ？ - 好多科普的知识，堪比教科书。 USP7（泛素特异蛋白酶7）通过介导PHF8（组蛋白甲基化酶）的稳定性促进乳腺癌的发生阅读全文

posted @ 2017-02-14 11:43 Life·Intelligence 阅读(693) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2017年2月13日

Shiny+SQLite打造轻量级网页应用

摘要：参考： R语言核心技能：交互式展示Shiny 中文 R语言用Shiny包快速搭建交互网页应用 R七种武器之交互化展示包shiny 用R的shiny包写一个基因的ID转换小程序 https://github.com/jmzeng1314/my-R 使用SQLite SQLite - Python python开发_sqlite3_绝对完整_博主推荐阅读全文

posted @ 2017-02-13 18:54 Life·Intelligence 阅读(1090) 评论(0) 推荐(0) 编辑

探索gff/gtf格式

摘要：参考： GFF格式说明 Generic Feature Format Version 3 (GFF3) 先下载一个 gtf 文件浏览一下 1 havana gene 11869 14409 . + . gene_id "ENSG00000223972"; gene_version "5"; gene_name "DDX1... 阅读全文

posted @ 2017-02-13 17:42 Life·Intelligence 阅读(1837) 评论(0) 推荐(0) 编辑

探索Bioconductor数据包

摘要：参考： R的bioconductor包TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene详解 Bioconductor的数据包library(org.Hs.eg.db)简介阅读全文

posted @ 2017-02-13 15:15 Life·Intelligence 阅读(675) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2017年2月10日

生物信息Python-从入门到精通？

摘要： Python开发的方向太多了，有机器学习，数据挖掘，网络开发，爬虫等等。其实在生信领域，Python还显现不出绝对的优势，生信的大部分软件流程都是用shell或Perl写的，而且已经足够好用了。我选Python是因为我想顺便学点数据挖掘和机器学习的东西，而且Python这些年越来越火，发展势头远超其他脚本语言，所以学它肯定是没错的。一、入门标准入门比较难定义，什么程度才算入门呢？ ... 阅读全文

posted @ 2017-02-10 10:44 Life·Intelligence 阅读(23569) 评论(0) 推荐(1) 编辑

2017年2月9日

敏感性、特异性（sensitivity and specificity）| 假阳性、假阴性 | FDR | 第一类错误、第二类错误 | ROC | AUC

摘要：这些概念确实很难记忆，长时间不用很容易忘记。此文可以帮你快速回忆起这些概念，同时不涉及任何绕口的专业术语。 1. 记住基本框架，金标准和预测结果，没有这两个概念就没有敏感性和特异性了。以上指标都是用于衡量我们（预测）方法的效果的。考虑两个极端的方面，一、我的诊断/预测方法里的阳性包含了所有的阳性（金阅读全文

posted @ 2017-02-09 16:42 Life·Intelligence 阅读(79873) 评论(0) 推荐(0) 编辑

关于重测序的变异检测方法（SNP、InDel、CNV、SV等）（全基因组重测序、外显子重测序）

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posted @ 2017-02-09 15:18 Life·Intelligence 阅读(60) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2017年2月7日

免费下载知网文献的方法 | sci-hub免费下载SCI论文方法

摘要：部分方法参考自在家里如何免费使用中国知网？ - 大学生 - 知乎的回答，已注明出处。知网文献下载：idata中国知网 idata中国知网网址：idata中国知网 https://www.cn-ki.net/ 进入系统，注册账号，普通注册用户，每天自由下载2-5篇(系统自动计算)。（大部分时候一天只阅读全文

posted @ 2017-02-07 22:03 Life·Intelligence 阅读(43581) 评论(0) 推荐(2) 编辑

2017年2月6日

（转）不要自称是程序员，我十多年的 IT 职场总结

摘要：其他：我是一名程序员，工作很努力，为什么绩效还总是垫底？外企，中年失业何去何从？来公司半年了，也悟出了一些道理。如果我可以给每个工程教育增加一门课，它不会涉及编译器、门电路或是时间复杂度，而是一门介绍行业现实的入门课，因为没人教过这些，所以我们遭受了很多不必要的痛苦和折磨。希望本文可以成为年阅读全文

posted @ 2017-02-06 11:43 Life·Intelligence 阅读(597) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2017年1月20日

Netcat

摘要：参考： Netcat for Windows Linux Netcat 命令——网络工具中的瑞士军刀 8 个实用的 Linux netcat 命令示例 If I am not mistaken, nc comes as a default tool in most of the Linux distros. You can download the windows port of the ... 阅读全文

posted @ 2017-01-20 23:09 Life·Intelligence 阅读(550) 评论(0) 推荐(1) 编辑

Try2Hack 过关技巧和密码

摘要：官网：http://www.try2hack.nl/levels 玩到第五关实在是过不去了，因为那个程序太老了，win7根本就运行不了，崩溃。转自：http://blog.csdn.net/chinacodec/article/details/4002518 大学时代喜欢玩一些 hack 游戏，这个是当时尝试著名的 try2hack 时候做得过关纪录第一关: Passwor... 阅读全文

posted @ 2017-01-20 22:08 Life·Intelligence 阅读(1899) 评论(0) 推荐(0) 编辑

Python 多线程

摘要：转自：http://www.cnblogs.com/fnng/p/3670789.html 多线程和多进程是什么自行google补脑对于python 多线程的理解，我花了很长时间，搜索的大部份文章都不够通俗易懂。所以，这里力图用简单的例子，让你对多线程有个初步的认识。单线程在好些年前的MS-DOS时代，操作系统处理问题都是单任务的，我想做听音乐和看电影两件事儿，那么一定要先排一下... 阅读全文

posted @ 2017-01-20 17:22 Life·Intelligence 阅读(416) 评论(0) 推荐(0) 编辑

Linux系统基本常识

摘要：在虚拟机里装一个Linux（centos），有时间可以装个mac玩一下。（使用centos或者Ubuntu时安装软件将会非常方便） ifconfig –a 显示当前Linux主机的 ip 地址如何让虚拟机在后台运行，之前搞定了，现在又搞不定了！如何切换到root权限：su root 安装基本的软件：gcc，python，perl，R之类的 CentOS更改yum源与更新系统（很慢） ... 阅读全文

posted @ 2017-01-20 17:21 Life·Intelligence 阅读(510) 评论(0) 推荐(0) 编辑

使用 Python 的 Socket 模块构建一个 UDP 扫描工具

摘要：译文：oschina 英文：bt3gl 当涉及到对一些目标网络的侦察时，出发点无疑是首先发现宿主主机。这个任务还可能包含嗅探和解析网络中数据包的能力。几周前，我曾经谈到了如何使用Wireshark来进行数据包嗅探，但如果你没有wireshark，你如何去监控网络流量呢？这一次，Python提供了几种解决方案，今天我将一步步演示如何建立一个UDP主机发现工具。首先，我们要看我们如何处理原... 阅读全文

posted @ 2017-01-20 13:00 Life·Intelligence 阅读(768) 评论(0) 推荐(0) 编辑

Linux中查看各文件夹大小（扫盘）

摘要： df -h ./ du -hs ./ du -h /ifs4/BC_RD/USER/lizhixin/my_project/human_chr22 | grep [[:digit:]+]G du [-abcDhHklmsSx] [-L ][-X ][--block-size][--exclude=] [--max-depth=][--help][--version][目录或文件] 常用... 阅读全文

posted @ 2017-01-20 12:39 Life·Intelligence 阅读(3304) 评论(0) 推荐(0) 编辑

Linux正则表达式grep

摘要：转自：http://www.cnblogs.com/kaituorensheng/p/4236254.html 正则表达式是一种符号表示法，用于识别文本模式。Linux处理正则表达式的主要程序是grep。grep搜索与正则表达式匹配的行，并将结果输送至标准输出。 1. grep匹配模式 grep按下阅读全文

posted @ 2017-01-20 12:37 Life·Intelligence 阅读(366) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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