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摘要： 良心教程，非常通俗。 原文链接：https://www.jiqizhixin.com/articles/2018-01-09-6 什么是参数？ 在机器学习中，我们经常使用一个模型来描述生成观察数据的过程。例如，我们可以使用一个随机森林模型来分类客户是否会取消订阅服务（称为流失建模），或者我们可以用线 阅读全文

摘要： 在做单细胞的时候，有很多基因属于noise，就是变化没有规律，或者无显著变化的基因。在后续分析之前，我们需要把它们去掉。 以下是一种找出highly variable gene的方法： The feature selection procedure is based on the largest d 阅读全文

摘要： 2026年03月16日 老板做了个RIME，用Nature Method的GeNets画了个不错的PPI图，现在要发文章了，觉得清晰度不够，字体太小，非要逼我重新画一遍。 但确实不要复现，哪个是浏览器插件画出来的，确实漂亮，但不可微调字体等细节。 于是我不得不重新分析，用Cytoscape画图，微调 阅读全文

摘要： Google了一下，现成的工具不多。 自己写代码也可以，就是速度肯定不快，而且每次写也很麻烦。 偶然看到QIIME的filter_fasta.py有这个功能，从name list中提取多个序列。 60w条序列瞬间就处理完了。 阅读全文

摘要： https://github.com/PacificBiosciences/GenomicConsensus GenomicConsensus 是pacbio开发的，我个人非常不喜欢pacbio开发的工具，很难用。 安装这个GenomicConsensus也是废了我快半条老命。 这个工具的目的：Co 阅读全文

摘要： 之前的文章：构建NCBI本地BLAST数据库 (NR NT等) | blastx/diamond使用方法 | blast构建索引 | makeblastdb 本地运行blast时，需要指定out format。 常见的网页版blast结果可以参照：Blast结果的详细解析 默认是0，也就是会输出比对 阅读全文

摘要： 工具推荐：https://github.com/openvax/gtfparse 真不敢相信，Linux自带的命令会这么强大，从gtf中提取出需要的transcript，看起来复杂，其实一个grep就搞定了。 本文出自于http://www.bioinfo-scrounger.com转载请注明出处 阅读全文

摘要： 注：这些工具的应用都是受限的，有些本来就是只能用于预测动物，在使用之前务必用ground truth数据来测试一些。我想预测某一个植物的转录本，所以可以拿已经注释得比较好的拟南芥来测试一下。（测试的结果还是比较惊人的） CPC （熟悉的名字，原来是北京大学的高歌、魏丽萍开发的） 搜文章时才发现201 阅读全文

摘要： EST：表达序列标签，expressed sequence tags 。 顾名思义，很好理解，就是表达出来的序列，即从基因组DNA上表达出来的RNA，但是我们没法测序RNA，所以我们最终测的是表达序列的cDNA片段。 “标签”：就是指这些序列可能比较短，但是可以用来标定一个物种。 常见下载方式有两种 阅读全文

摘要： RNA-seq数据的比对结果怎么解读？网上有很多人问，这里做一个大致的总结。 Hisat2和bowtie2比对后产生的Alignment summary的格式是一样的，如下： Alignment summary When HISAT2 finishes running, it prints mess 阅读全文

摘要： 转自：测序中国 由测序中国发起的“NGS十周年接龙”活动春节前的最后一波正在来袭。受华中科技大学生命科学与技术学院教授薛宇邀请，今天，由哈佛大学教授刘小乐来分享她与生物信息学的故事。 从北大到斯坦福，生物与计算机相遇 和很多人一样，在少年时期我就有了自己的梦想。我的哥哥比我大七岁，他进入中国农业大学的时候，我上五年级，是他把我带到了神奇的生物世界。在初中阶段，我的班主任是生物老师，我的生物学家梦想... 阅读全文

摘要： 转自：http://blog.csdn.net/abcjennifer/article/details/7359370 ROC曲线指受试者工作特征曲线 / 接收器操作特性曲线(receiver operating characteristic curve), 是反映敏感性和特异性连续变量的综合指标,是用构图法揭示敏感性和特异性的相互关系，它通过将连续变量设定出多个不同的临界值，从而计算出一系列敏感... 阅读全文

摘要： 之前一直对软件包的报错没有认识，因为用的都是一些软件工程设计非常好的软件（BWA、Numpy等）。就算是用Python、Perl、R也都是用一些非常常见的包，所以很难碰到奇葩的报错，你随便怎么用都不会卡住，因为设计者早就料想到了各种情况。 但现在开始研究单细胞，大家都自立门户开发自己的包，实际情况是 阅读全文

摘要： single-molecule RNA fluorescence in situ hybridization (RNA smFISH) 单分子荧光原位杂交（smFISH）是一种新的基因表达分析方法，能报告转录本丰度和空间定位。但到目前为止，smFISH还不能实现基因组范围的分析。 阅读全文

摘要： 前言 现在Python3 被越来越多的开发者所接受，同时让人尴尬的是很多遗留的老系统依旧运行在 Python2 的环境中，因此有时你不得不同时在两个版本中进行开发，调试。 如何在系统中同时共存 Python2 和 Python3 是开发者不得不面对的问题，一个利好的消息是，Anaconda 能完美解决Python2 和 Python3 的共存问题，而且在 Windows 平台经常出现安装依赖包（比... 阅读全文

摘要： 一般线性模型、混合线性模型、广义线性模型 广义线性模型GLM很简单，举个例子，药物的疗效和服用药物的剂量有关。这个相关性可能是多种多样的，可能是简单线性关系（发烧时吃一片药退烧0.1度，两片药退烧0.2度，以此类推；这种情况就是一般线性模型），也可能是比较复杂的其他关系，如指数关系（一片药退烧0.1度，两片药退烧0.4度），对数关系等等。这些复杂的关系一般都可以通过一系列数学变换变成线性关系，以此... 阅读全文

摘要： covariance, co本能的想到双变量，用于描述两个变量之间的关系。 correlation，相关性，covariance标准化后就是correlation。 covariance的定义： 期望，实例减去均值，积 covariance matrix也就是相关性矩阵的原始形式，描述了一群变量之间 阅读全文

摘要： 通俗理解：带有荧光标记的DNA探针可以用于检测活体内特定基因的表达情况，活体成像。 荧光原位杂交方法是一种物理图谱绘制方法，使用荧光素标记探针，以检测探针和分裂中期的染色体或分裂间期的染色质的杂交。荧光原位杂交（fluorescence in situ hybridization，FISH）是在20世纪80年代末在放射性原位杂交技术的基础上发展起来的一种非放射性分子细胞遗传技术，以荧光标记取代同位... 阅读全文

摘要： 转自：http://www.statisticshowto.com/explanatory-variable/ What is an Explanatory Variable? An explanatory variable is a type of independent variable. The two terms are often used interchangeably. But th... 阅读全文

摘要： Differential gene expression analysis：差异表达基因分析 Differentially expressed gene (DEG)：差异表达基因 Volcano Plot：火山图 差异倍数(fold change) fold change翻译过来就是倍数变化，假设A 阅读全文