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single-molecule RNA fluorescence in situ hybridization (RNA smFISH) 单分子荧光原位杂交（smFISH）是一种新的基因表达分析方法，能报告转录本丰度和空间定位。但到目前为止，smFISH还不能实现基因组范围的分析。 阅读全文
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前言 现在Python3 被越来越多的开发者所接受，同时让人尴尬的是很多遗留的老系统依旧运行在 Python2 的环境中，因此有时你不得不同时在两个版本中进行开发，调试。 如何在系统中同时共存 Python2 和 Python3 是开发者不得不面对的问题，一个利好的消息是，Anaconda 能完美解决Python2 和 Python3 的共存问题，而且在 Windows 平台经常出现安装依赖包（比... 阅读全文
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一般线性模型、混合线性模型、广义线性模型 广义线性模型GLM很简单，举个例子，药物的疗效和服用药物的剂量有关。这个相关性可能是多种多样的，可能是简单线性关系（发烧时吃一片药退烧0.1度，两片药退烧0.2度，以此类推；这种情况就是一般线性模型），也可能是比较复杂的其他关系，如指数关系（一片药退烧0.1度，两片药退烧0.4度），对数关系等等。这些复杂的关系一般都可以通过一系列数学变换变成线性关系，以此... 阅读全文
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covariance, co本能的想到双变量，用于描述两个变量之间的关系。 correlation，相关性，covariance标准化后就是correlation。 covariance的定义： 期望，实例减去均值，积 covariance matrix也就是相关性矩阵的原始形式，描述了一群变量之间 阅读全文
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通俗理解：带有荧光标记的DNA探针可以用于检测活体内特定基因的表达情况，活体成像。 荧光原位杂交方法是一种物理图谱绘制方法，使用荧光素标记探针，以检测探针和分裂中期的染色体或分裂间期的染色质的杂交。荧光原位杂交（fluorescence in situ hybridization，FISH）是在20世纪80年代末在放射性原位杂交技术的基础上发展起来的一种非放射性分子细胞遗传技术，以荧光标记取代同位... 阅读全文
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转自：http://www.statisticshowto.com/explanatory-variable/ What is an Explanatory Variable? An explanatory variable is a type of independent variable. The two terms are often used interchangeably. But th... 阅读全文
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Differential gene expression analysis：差异表达基因分析 Differentially expressed gene (DEG)：差异表达基因 Volcano Plot：火山图 差异倍数(fold change) fold change翻译过来就是倍数变化，假设A 阅读全文
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2023年08月25日 GEO大数据Linux ftp直接下载，替换特定GSE ID，最后三个nnn代表0-999的一批数据。 wget 'ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE201nnn/GSE201349/suppl/GSE201349_RAW.ta 阅读全文
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作者：greenhillman MultiQC homepage: http://multiqc.info功能：把多个测序结果的qc结果整合成一个报告。支持fastqc、trimmomatic、bowtie、STAR等多种软件结果的整合。 Installation 安装 在已经安装Anaconda的情况下，安装MultiQC非常简单，只要运行如下命令即可：#condaconda install -... 阅读全文
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R不必说，数据统计分析可视化的必备语言，R包开发的门槛比较低，所以现在随便一篇文章都会发表一个自己的R包，这样有好处（各种需求早有人帮你解决了）也有坏处（R包太多，混乱，新手上手较难）。作为生信工程师，日常就是查看别人写的R包，分析数据，然后借鉴、修改，根据自己的需求开发新的R包。 参考： http://blog.fens.me/r-build-package/ R包开发 如何系统地学习 R 语... 阅读全文
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转自：http://blog.fens.me/r-apply/ 前言 刚开始接触R语言时，会听到各种的R语言使用技巧，其中最重要的一条就是不要用循环，效率特别低，要用向量计算代替循环计算。 那么，这是为什么呢？原因在于R的循环操作for和while，都是基于R语言本身来实现的，而向量操作是基于底层的C语言函数实现的，从性能上来看，就会有比较明显的差距了。那么如何使用C的函数来实现向量计算呢，就是... 阅读全文
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非常有必要搞清楚统计学种一些常用的分布！！！ 离散型随机变量分布 1.两点分布/伯努利分布 伯努利分布是二项分布在n=1时的特例。一次随机试验，成功概率为p，失败概率为q=1-p。 伯努利分布 2.二项分布 二项分布(Binomial distribution)是n重伯努利试验成功次数的离散概率分布 阅读全文
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Quantitative single-cell rna-seq with unique molecular identifers 这篇文章论证了 scRNA-seq 使用UMI来计算基因表达量的合理性和优势。 这里主要研究如何分析 scRNA-seq 的数据，如何处理ERCC和UMI。 背景： however, losses in cdna synthesis and bias in cdn... 阅读全文
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转自http://blog.csdn.net/wangtaoking1/article/details/9838571 主要记录一下Shell脚本中的命令的并发和串行执行。 默认的情况下，Shell脚本中的命令是串行执行的，必须等到前一条命令执行完后才执行接下来的命令，但是如果我有一大批的的命令需要执行，而且互相又没有影响的情况下（有影响的话就比较复杂了），那么就要使用命令的并发执行了。 看下... 阅读全文
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转自：http://blog.csdn.net/wa2003/article/details/45887055 R语言提供了批量处理函数，可以循环遍历某个集合内的所有或部分元素，以简化操作。 这些函数底层是通过C来实现的，所以效率也比手工遍历来的高效。批量处理函数有很重要的apply族函数：lapply sapply apply tapply mapply。apply族函数是高效能计算的运算向量化... 阅读全文
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Bioconductor for Genomic Data Science ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/archive/old_genbank/Bacteria/Halobacterium_sp_uid217/ 下载：AE004437.faa文件 阅读全文
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全称：fluorescence-activated cell sorting 参考： 利用荧光激活细胞分选技术获取荧光蛋白标记肾小球足细胞 荧光激活细胞分离技术在角膜缘干细胞研究中的应用 【求助】急！问荧光激活细胞分选技术（FACS）能按癌基因分选细胞吗？ 荧光激活细胞分选术分离特定细胞群，实验和临床研究往往需要高纯度的细胞群，荧光激活细胞分选术（FACS）就是一种很好的纯化表型已知细胞群的方法... 阅读全文
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Spike-in Control：添加/加入（某种物质）的对照（组）在某些情况下，待检验样本中不含待测物质或者含有但是浓度很低，为了证明自己建立的方法能对样本中待测物质进行有效的检测，可在待检样本中加入一定量的待测物质（外标）来进行该方法检测能力的验证。有时，这种加入外标的物质，也可用作为阳性对照。请楼主结合具体的语言环境来确定准确的意思。以下是对楼下战友提供的wiki中关于RNA Spike-i... 阅读全文
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Molecular Diversity of Midbrain Development in Mouse, Human, and Stem Cells 本文作者的官网：Ventral midbrain 顺便找到了：Download all the data and Python Notebooks from GitHub to reproduce the main figures. GitHub：... 阅读全文