Life·Intelligence

2018年4月11日

摘要：统计学习方法里的一章。参考：如何用简单易懂的例子解释条件随机场（CRF）模型？它和HMM有什么区别？阅读全文

posted @ 2018-04-11 22:29 Life·Intelligence 阅读(265) 评论(0) 推荐(0)

文献导读 - Machine Learning Identifies Stemness Features Associated with Oncogenic Dedifferentiation

摘要：参考： Machine Learning Identifies Stemness Features Associated with Oncogenic Dedifferentiation 前所未有！10篇《Cell》文章及封面聚焦人类伟大成就：癌症基因组图谱TCGA！改写教科书式突破！ “癌症大地图阅读全文

posted @ 2018-04-11 17:17 Life·Intelligence 阅读(895) 评论(0) 推荐(0)

2018年4月10日

深度学习在生物信息上的应用

摘要：问题： DL的难点目前机器学习和深度学习能做些什么？不能做什么？机器学习的基本框架，分类深度学习的基本框架，分类如何最快的将深度学习应用到生物信息学、药物发现上？为什么我应该学习深度学习？深度学习开发框架的选择，用Google的还是Facebook的？为什么深度学习必须要用GPU，和C 阅读全文

posted @ 2018-04-10 16:21 Life·Intelligence 阅读(1404) 评论(0) 推荐(0)

2018年4月9日

共轭先验 | 共轭分布（转）

摘要：参考： https://blog.csdn.net/xianlingmao/article/details/7340099 wiki 理解了贝叶斯之后，再理解这些概念就轻松很多，原文如下。在贝叶斯统计中，如果后验分布与先验分布属于同类，则先验分布与后验分布被称为共轭分布，而先验分布被称为似然函数的阅读全文

posted @ 2018-04-09 18:42 Life·Intelligence 阅读(1731) 评论(0) 推荐(0)

神奇的伽玛函数(上) | 数学之美

摘要：神奇的伽玛函数(上) - 火光摇曳看一个NB GLM模型，死活看不懂里面的一个符号，后来发现是伽马函数，二项分布函数居然能写成伽马函数形式，看了上文才发现伽马函数是阶乘在实数域的推广，俺确实是感受到了数学之美。顺便wiki了一下欧拉，确实被此人震撼了，上天选中的天才。看完之后使命感爆棚，不想再做阅读全文

posted @ 2018-04-09 17:43 Life·Intelligence 阅读(1954) 评论(0) 推荐(0)

概率分布之间的推导关系 | Univariate Distribution Relationships

摘要： Univariate Distribution Relationships APPL: A Probability Programming Language Maplesoft - Software for Mathematics, Online Learning, Engineering 也有国内阅读全文

posted @ 2018-04-09 16:13 Life·Intelligence 阅读(1939) 评论(0) 推荐(0)

breakthroughs in statistics | 统计学历史

摘要：《breakthroughs in statistics》- 这本书理解透了，统计方面应该可以封神了。亚马逊上有卖，貌似还有好几卷。 Breakthroughs in Statistics: Vol 3 (Springer Series in Statistics) 阅读全文

posted @ 2018-04-09 15:49 Life·Intelligence 阅读(521) 评论(0) 推荐(0)

2018年4月8日

线性代数 | Linear Algebra

摘要：网上说《线性代数应该这样学》非常不错，再配合大学教材，把线性代数的基本知识点过一遍。线性代数 - 知乎最近在跟一个教程：李宏毅的线性代数基本知识： Rn :We denote the set of all vectors with n entries by Rn . We use Mmxn t 阅读全文

posted @ 2018-04-08 11:45 Life·Intelligence 阅读(1638) 评论(0) 推荐(0)

图片特征提取 | 图像识别

摘要： HOG特征 HOG特征是特别适合于做图像中的人体检测的。看一看原版英文论文：Histograms of Oriented Gradients for Human Detection （引用数2w）YouTube上有作者自己的讲解参见：目标检测的图像特征提取之（一）HOG特征阅读全文

posted @ 2018-04-08 00:29 Life·Intelligence 阅读(1658) 评论(0) 推荐(0)

2018年4月7日

如何理解机器学习/统计学中的各种范数norm | L1 | L2 | 使用哪种regularization方法？

摘要：参考： L1 Norm Regularization and Sparsity Explained for Dummies 专为小白解释的文章，文笔十分之幽默减少feature的数量可以防止over fitting，尤其是在特征比样本数多得多的情况下。 L1就二维而言是一个四边形（L1 norm 阅读全文

posted @ 2018-04-07 19:02 Life·Intelligence 阅读(2914) 评论(0) 推荐(0)

技能树 | 附学习资料

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posted @ 2018-04-07 16:13 Life·Intelligence 阅读(96) 评论(0) 推荐(2)

单细胞数据初步处理 | drop-seq | QC | 质控 | 正则化 normalization

摘要：比对 The raw Drop-seq data was processed with the standard pipeline (Drop-seq tools version 1.12 from McCarroll laboratory). Reads were aligned to the E 阅读全文

posted @ 2018-04-07 14:27 Life·Intelligence 阅读(5089) 评论(0) 推荐(0)

Lasso linear model实例 | Proliferation index | 评估单细胞的增殖指数

摘要：背景：We developed a cell-cycle scoring approach that uses expression data to compute an index for every cell that scores the cell according to its expre 阅读全文

posted @ 2018-04-07 14:27 Life·Intelligence 阅读(1194) 评论(0) 推荐(0)

决策论 | 信息论 | decision theory | information theory

摘要：参考：模式识别与机器学习（一）：概率论、决策论、信息论 Decision Theory - Principles and Approaches 英文图书 What are the best beginners books about decision theory? - Quora Statist 阅读全文

posted @ 2018-04-07 00:25 Life·Intelligence 阅读(527) 评论(0) 推荐(0)

2018年4月5日

再谈Lasso回归 | elastic net | Ridge Regression

摘要：前文：Lasso linear model实例 | Proliferation index | 评估单细胞的增殖指数参考：LASSO回歸在生物醫學資料中的簡單實例 - 生信技能树 Linear least squares, Lasso,ridge regression有何本质区别？你应该掌握的七阅读全文

posted @ 2018-04-05 21:17 Life·Intelligence 阅读(2585) 评论(0) 推荐(0)

机器学习 | 深度学习 | 人工智能的数学基础

摘要： AI现在随便一个人都能忽悠两句，网上甚至有三条python语句的傻瓜神经网络应用工具，似乎人人都能成为AI“砖家”。 AI入门还是比较简单的，尤其是现在python盛行，随便谁一天之内都能写出不错的AI程序。但是AI的精通其实是非常难的，大部分玩的都是别人准备好的训练数据，根本就不知道怎么处理真实阅读全文

posted @ 2018-04-05 16:47 Life·Intelligence 阅读(3765) 评论(0) 推荐(0)

摘要： 2022年12月30日无意间看到了一个讲得非常好的贝叶斯的视频，直接从简单案例到本质的拓展。数学、统计之所以难就难在抽象，抽象是反直觉的，所以如果能采用这个视频的形式，从简单案例的直觉，拓展到抽象，最后能灵活应用，那就是达标了。 Bayes theorem, the geometry of ch 阅读全文

posted @ 2018-04-05 11:33 Life·Intelligence 阅读(5985) 评论(0) 推荐(0)

摘要： Chi-square distribution introduction 这个视频真的好，完美地解释了卡方统计量是怎么来的！我们有一个标准正态分布的总体，我们从其中抽一次，取该值的平方就是Q1统计量；抽两次，取两次值得平方和，就是Q2统计量；以此类推。。。这就是自由度逐渐增加的卡方分布。卡方分阅读全文

posted @ 2018-04-05 11:13 Life·Intelligence 阅读(3572) 评论(0) 推荐(0)

2018年3月28日

R最速文件读写 | 用R的dgCMatrix包来构建稀疏矩阵 | sparse matrix by dgCMatrix

摘要：累了，写了一个多合一的读取函数，非常适合单细胞数据。 # quickly read large txt file to data.frame, matrix, or dgCMatrix fast.read.txt <- function(fileName, sep=",", format="data 阅读全文

posted @ 2018-03-28 17:16 Life·Intelligence 阅读(12248) 评论(0) 推荐(1)

GRCh38基因组和注释文件探究

摘要： ensembl/release91: 58302个ENSG id 56655个gene name（为什么有将近两千个是重复） 46种类型： GENCODE的注释gtf文件： ensembl 问题： 1. 为什么用gencode的注释文件做表达定量会出问题？ 2. 不同的release之间有什么区别？阅读全文

posted @ 2018-03-28 16:05 Life·Intelligence 阅读(6744) 评论(0) 推荐(0)

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