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Chi-square distribution introduction 这个视频真的好，完美地解释了卡方统计量是怎么来的！ 我们有一个标准正态分布的总体，我们从其中抽一次，取该值的平方就是Q1统计量；抽两次，取两次值得平方和，就是Q2统计量；以此类推。。。 这就是自由度逐渐增加的卡方分布。 卡方分 阅读全文
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累了，写了一个多合一的读取函数，非常适合单细胞数据。 # quickly read large txt file to data.frame, matrix, or dgCMatrix fast.read.txt <- function(fileName, sep=",", format="data 阅读全文
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ensembl/release91: 58302个ENSG id 56655个gene name（为什么有将近两千个是重复） 46种类型： GENCODE的注释gtf文件： ensembl 问题： 1. 为什么用gencode的注释文件做表达定量会出问题？ 2. 不同的release之间有什么区别？ 阅读全文
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featureCounts真的很厉害。 常见的参数（没什么好说的，毕竟是固定的）： 关键是以下几个参数怎么设置： 1. 什么时候需要在feature级别计数？ 2. 是否要计多重比对？ 3. 是否该只用最优比对？ When --primary is specified, the -M option 阅读全文
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很实用的小技巧。 我们shell脚本写好了，但是想一行一行测试，怎么办。 笨方法：每行前面加一个 #，有时候我们原脚本里面本来就有注释，所以想再恢复的时候就麻烦了。 Bash Shell 注释多行的几种方法 阅读全文
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一直没时间碰这部分的内容，一是不擅长，二是不想摊子铺得太大。 现在是快要毕业了，主要的分析数据也发了，这部分如果再不做，马上别人拿到数据就可以分析了。 还有就是要清理集群，内存不够了，主要的分析做完了就可以给数据存档了。 最近看了一篇NC的lncRNA的分析文章，非常的有新意，当然也是结合了疾病模型 阅读全文
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source activate /home/lizhixin/softwares/anaconda3/envs/splicing 建索引 mkdir GFP_index STAR --runThreadN 6 --runMode genomeGenerate --genomeDir GFP_inde 阅读全文
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http://wiki.bits.vib.be/index.php/Identify_the_Phred_scale_of_quality_scores_used_in_fastQ 用别人的工具会比价靠谱，自己写容易出错，或考虑不周： BBMap as a little tool for this: 阅读全文
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TrimGalore 就是一个简单的perl wrapper，打包了fastqc和cutadapt，但是却非常实用。 因为cutadapt的参数选择实在是有够复杂，光接头类型就有5种，还有各种参数，大哥，我就想去去接头、trim一下质量而已，你就不能自动搞了吗。不要给选择困难症的我这么多选择啊。 想 阅读全文
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折腾这么多都是白瞎，STAR就有输出没有别对上的pair-end reads的功能 参见：How To Filter Mapped Reads With Samtools I had the same issue but with Paired End Reads, and I solved usi 阅读全文
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开源的生物信息世界居然有这么个需要注册才能下载的工具，开源世界不是怎么方便怎么来吗？ 这个注册真的麻烦，这里上传了一个可以使用的版本。 RepBaseRepeatMaskerEdition-20170127.tar.gz 想转成fasta可以用如下命令： 其中awk.sh文件内容为： 阅读全文
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Nr,GenBank, RefSeq, UniProt 数据库的异同 有的文章在做DEG分析时，会把reads比对到RefSeq的转录组上。我也没搞清楚这和直接比对到常规转录组上有什么区别。 文章：Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals Dynamic 阅读全文
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cutadapt 参考：用cutadapt软件来对双端测序数据去除接头 fastqc可以用于检测，检测出来了怎么办？ 看了几篇高水平文章，有不少再用cutadapt，虽然有时候数据真的不错，但是还是要质控一下，修剪一下。 待续~ 阅读全文
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The normalization method described above aims to reduce the effect of technical factors in scRNA-seq data (primarily, depth) from downstream analyses. 阅读全文
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基因组里的小写字母的序列就是soft masking，也就是被标记的重复序列。 怎么把重复序列提取出来，保存为bed文件？ 参考：Uppercase vs lowercase letters in reference genome 阅读全文
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参见： Question: How to extract all non-seqenced positions from a genome (Fasta file)? test.fa perl一行命令 转为规范化的bed 阅读全文
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What Ensembl genome version should I use for alignments? (e.g. toplevel.fa vs. primary_assembly.fa) 这是一个很细节也很实际的问题，到底用哪个版本？ 参考： What Ensembl genome ve 阅读全文
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常见的ORF预测工具 Open Reading Frame Finder - NCBI ORF Finder - SMS OrfPredictor - YSU 基本概念 开放阅读框（英语：Open reading frame；缩写：ORF；其他译名：开放阅读框架、开放读架等）是指在给定的阅读框架中， 阅读全文
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fai示例： http://www.htslib.org/doc/faidx.html offset比较让人费解，其实就是 bytes starting from zero，文件层次的属性，一般不需要关注。 有时需要将fasta转为bed，就是统计长度就好了，但是利用samtools faidx这个 阅读全文
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我们生信技能书有一篇介绍bedtools的文章，可以在微信里搜着看下，非常有用。 bedtools 用法大全 http://bedtools.readthedocs.io/en/latest/ gtf转bed用Linux命令完全可以实现，因为gtf每一行比较规律，不像fasta和fastq。 后面发 阅读全文