Life·Intelligence

2018年6月4日

摘要：用惯了Mac，发现空格预览真的能极大的提升效率和手感。 QuickLook，Windows版的空格预览神器，效果差一些，速度有点慢，勉强用吧。阅读全文

posted @ 2018-06-04 23:24 Life·Intelligence 阅读(1146) 评论(0) 推荐(0)

Advances in Single Cell Genomics to Study Brain Cell Types | 会议概览

摘要：单细胞在脑科学方面的应用 Session 1: Deciphering the Cellular Landscape of the Brain Using Single Cell Transcriptomics Single cell/nucleus transcriptomics has emer 阅读全文

posted @ 2018-06-04 22:08 Life·Intelligence 阅读(522) 评论(0) 推荐(0)

Google云平台使用方法 | Hail | GWAS | 分布式回归 | LASSO

摘要：参考： Hail Hail - Tutorial windows也可以安装：Spark在Windows下的环境搭建 spark-2.2.0-bin-hadoop2.7 - Hail依赖的平台，并行处理 google cloud platform - 云平台 Broad's data cluster 阅读全文

posted @ 2018-06-04 18:27 Life·Intelligence 阅读(1864) 评论(0) 推荐(0)

Seurat | 单细胞分析工具

摘要： Seurat是一个老牌的单细胞分析工具了（satija的力作），我之前测试过，但是没怎么用。最近发现这个工具又publish在了NBT上，所以很有必要看一下这篇文章。 Integrating single-cell transcriptomic data across different cond 阅读全文

posted @ 2018-06-04 11:09 Life·Intelligence 阅读(4301) 评论(0) 推荐(0)

2018年6月3日

单细胞RNA-seq比对定量用什么工具好？使用哪个版本的基因组？数据来说话

摘要：这么多工具和基因组版本，选择困难症犯了，到底用哪个好呢？ 2018 nature - Developmental diversification of cortical inhibitory interneurons : ENSEMBL release 84 Mus musculus genome 阅读全文

posted @ 2018-06-03 17:02 Life·Intelligence 阅读(1595) 评论(0) 推荐(0)

2018年5月31日

摘要：取出一个数字序列中的百分位数 1. 求某一个百分比 2. 求一系列的百分比 3. 只取数值：unname()。去掉百分符号 4. 多数值，去重复 cut函数将一列点划分到各自的区间里。如有1000个学生的考试分数（满分100），想要按照分数评等级，如果是均匀划分（90-100，80-90，70-8 阅读全文

posted @ 2018-05-31 18:00 Life·Intelligence 阅读(2155) 评论(0) 推荐(0)

Hypergeometric distribution

摘要： How TermFinder calculates P-values Readme: MGI GO Term Finder The GoTermFinder attempts to determine whether an observed level of annotation for a gro 阅读全文

posted @ 2018-05-31 14:46 Life·Intelligence 阅读(617) 评论(0) 推荐(0)

2018年5月30日

零碎的反思 - 2018年05月30日

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posted @ 2018-05-30 12:31 Life·Intelligence 阅读(32) 评论(0) 推荐(0)

2018年5月29日

clustering

摘要：搞了将近一年的单细胞，聚类也是自认为得心应手了，自信满满。但是多半是跑软件，对聚类的深层次的思想不甚了了。 Google了一下clustering，看了一篇文章，突然了解到了clustering的算法之美。不想再跑软件了，我想了解算法的思想。 The 5 Clustering Algorithm 阅读全文

posted @ 2018-05-29 20:51 Life·Intelligence 阅读(439) 评论(0) 推荐(0)

上传RNA-seq数据到NCBI GEO数据库 | 单细胞RNA数据上传

摘要： 2024年07月30日第六次上传这次不同的情况：数据不在Server上，在我们电脑远程连接的storage里，所以需要在Mac上操作主要是整理数据，样品名+fq1+fq2 然后建立softlinks 最后就是准备那两个Excel表了，sample表+SRA数据表其他：Mac的ascp命令在阅读全文

posted @ 2018-05-29 16:58 Life·Intelligence 阅读(14769) 评论(0) 推荐(0)

（转）3个常用基于Linux系统命令行WEB网站浏览工具（w3m/Links/Lynx）

摘要：一般我们常用的浏览器肯定是基于可视化界面的图文结合的浏览界面效果，比如FireFox、Chrome、Opera等等，但是有些时候折腾和项目的需要，在Linux环境中需要查看某个页面的文字字符，我们需要简单的浏览网页页面，但是也不需要特别复杂的视频、图片功能。我们可以采用本地客户端的浏览然后再去校阅读全文

posted @ 2018-05-29 15:38 Life·Intelligence 阅读(1674) 评论(0) 推荐(0)

2018年5月28日

单细胞数据高级分析之初步降维和聚类 | Dimensionality reduction | Clustering

摘要：个人的一些碎碎念：聚类，直觉就能想到kmeans聚类，另外还有一个hierarchical clustering，但是单细胞里面都用得不多，为什么？印象中只有一个scoring model是用kmean进行粗聚类。（10x就是先做PCA，再用kmeans聚类的）鉴于单细胞的教程很多，也有不下于1 阅读全文

posted @ 2018-05-28 13:23 Life·Intelligence 阅读(6184) 评论(0) 推荐(0)

2018年5月21日

看些single cell RNA-seq的文献吧 2018-05-21

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posted @ 2018-05-21 18:17 Life·Intelligence 阅读(36) 评论(0) 推荐(0)

2018年5月20日

（原创）PBS | SGE 智能任务投递系统monitor | python实现

摘要：之前看到过高手写的一个monitor，用python面向对象实现的，依赖几个核心的python包，drmaa，zodb，理论上来说解决了所有的任务投递问题。但是在复杂的集群环境下还是会经常出问题，这就是更复杂的调试了，需要对集群环境有深刻的认识。这里不搞那么复杂的东西，就是在一个单一的PBS集群阅读全文

posted @ 2018-05-20 17:50 Life·Intelligence 阅读(1241) 评论(0) 推荐(0)

2018年5月19日

Brain in a vat project

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posted @ 2018-05-19 15:28 Life·Intelligence 阅读(10) 评论(0) 推荐(0)

2018年5月17日

如何理解我们的记忆？

摘要：记忆是智能体共有的一种能力，对人来说，感知和记忆的结合是非常紧密的，甚至我们无法将它们区分。感知是具有输入信息的自我意识所产生的结果，就像一个刚出生的baby，他具有自我意识而不具备记忆，当他处在外界信息中，他就会本能的产生感知。现时的感知、经验会被存储在我们的大脑当中，在未来的某个时刻，一旦我阅读全文

posted @ 2018-05-17 15:58 Life·Intelligence 阅读(656) 评论(0) 推荐(0)

2018年5月16日

R基本图形示例及代码（持续收集）

摘要：分布图 PCA图画PCA，还是推荐scater，速度很快，一般的R包真是慢到你难以想象。 Scatterplot with marginal boxplots 在散点图的侧边画箱线图，可以在一张图上提供最多的信息。教程1，教程2. 教程阅读全文

posted @ 2018-05-16 12:10 Life·Intelligence 阅读(1176) 评论(0) 推荐(0)

2018年5月15日

causal snps | causal variants | tensorflow | 神经网络实战 | Data Simulation

摘要：先读几篇文章： Interpretation of Association Signals and Identification of Causal Variants from Genome-wide Association Studies GWAS have been successful in 阅读全文

posted @ 2018-05-15 18:07 Life·Intelligence 阅读(1230) 评论(0) 推荐(0)

2018年5月14日

Genome-wide gene-environment analyses of depression and reported lifetime traumatic experiences in UK Biobank

摘要： Genome-wide gene-environment analyses of depression and reported lifetime traumatic experiences in UK Biobank 全基因组的，基因环境分析，抑郁症和已经报道的终身创伤经历，UKBB Depres 阅读全文

posted @ 2018-05-14 19:33 Life·Intelligence 阅读(1167) 评论(0) 推荐(0)

2018年5月9日

摘要： GWAS入门必看教程：Statistical analysis of genome-wide association (GWAS) data 名词解释和基本问题：关联分析：就是AS的中文，全称是GWAS。应用基因组中数以百万计的单核苷酸多态；SNP为分子遗传标记，进行全基因组水平上的对照分析或相关阅读全文

posted @ 2018-05-09 13:18 Life·Intelligence 阅读(111889) 评论(0) 推荐(17)

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