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早就接触过这个包了，只是一直畏惧，以为很复杂，也没有应用场景，所以认识很肤浅。 现在有应用场景了，我自己开发了一个幼稚的版本，发现了很多需求，后来想起了WGCNA似乎部分解决了我的问题，今天认真打开了WGCNA的paper，看完后觉得写得真好，其中涉及的统计学非常基础和简单。 WGCNA中的一些工具 阅读全文
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一个非常实际的问题，通常我们主要有三个工作的地点：1，server，用于大型数据的分析和处理；2，办公室的电脑，正式办公；3.自己的电脑，偶尔加班。 不同的工作平台之间很难同步，导致我们的工作和思维分散，不利于统一。 解决方案，所有的工作数据都放在server上（自己的工作站），办公室的电脑和自己的 阅读全文
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其实就是另一种形式的打分。 个人点评这种方法： 这篇文章发表在nature上，有点奇怪，个人感觉创新性和重要性还不够格，工具很多，但是本文基本都是自己开发的算法（毕竟satji就是搞统计出身的）。 但是仔细看了代码之后，发现这些方法确实是有点artificial！ 而且算法原创性不高，多半是基于现有 阅读全文
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熟练使用PCA和tSNE，彻底理解底层的原理是非常有必要的。 参考：How to Use t-SNE Effectively Real-time tSNE Visualizations with TensorFlow.js 阅读全文
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Cell cycle analysis was conducted using the cyclone function in the scran R package (39). For every cell cluster, each cell was assigned into G1, G2M 阅读全文
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ONE-CLASS DETECTION OF CELL STATES IN TUMOR SUBTYPES Machine Learning Identifies Stemness Features Associated with Oncogenic Dedifferentiation PanCanS 阅读全文
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对自己的定位要明确，不要定义为码农，我是computational biologist. 入了这一行就不要三心二意，这基本注定你未来10年都在干这个，就算要转行也要先把这个做好。其实大多数人最喜欢的肯定是心理学、哲学、脑科学、人工智能，其他的真的没什么意思，虽然有时候觉得未来挺没劲的，老是做这些，但 阅读全文
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从打王者荣耀中悟出来的道理。 王者荣耀/英雄联盟真是研究社会信息学的一个绝佳案例。 1. 公平 这是个绝对的规则公平的世界（除开软件作弊），当然开黑抓人有时很容易赢，但是你也可以开黑啊。在顶级大赛里，每个人都是受过良好教育的，比赛是一个绝对公平的团队赛。 2. 博弈论 不存在霸主英雄，只存在霸主召唤 阅读全文
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So you want to be a computational biologist? computational biology course 阅读全文
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6 ways of mean-centering data in R 怎么scale我们的数据？ 还是要看我们自己数据的特征。 如何找到我们数据的中心？ Cluster analysis with K-means. How to get the cluster representatives? 开发 阅读全文
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The zero-inflated negative binomial – Crack distribution: some properties and parameter estimation Zero-inflated models and estimation in zero-inflate 阅读全文
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神器：ngrok 用法很简单，安装后 验证授权： 在内网开启tcp服务 然后就可以ssh登录了，地址变了而已： 参考：https://www.zhihu.com/question/27771692 阅读全文
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用惯了Mac，发现空格预览真的能极大的提升效率和手感。 QuickLook，Windows版的空格预览神器，效果差一些，速度有点慢，勉强用吧。 阅读全文
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单细胞在脑科学方面的应用 Session 1: Deciphering the Cellular Landscape of the Brain Using Single Cell Transcriptomics Single cell/nucleus transcriptomics has emer 阅读全文
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参考： Hail Hail - Tutorial windows也可以安装：Spark在Windows下的环境搭建 spark-2.2.0-bin-hadoop2.7 - Hail依赖的平台，并行处理 google cloud platform - 云平台 Broad's data cluster 阅读全文
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Seurat是一个老牌的单细胞分析工具了（satija的力作），我之前测试过，但是没怎么用。 最近发现这个工具又publish在了NBT上，所以很有必要看一下这篇文章。 Integrating single-cell transcriptomic data across different cond 阅读全文
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这么多工具和基因组版本，选择困难症犯了，到底用哪个好呢？ 2018 nature - Developmental diversification of cortical inhibitory interneurons : ENSEMBL release 84 Mus musculus genome 阅读全文
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取出一个数字序列中的百分位数 1. 求某一个百分比 2. 求一系列的百分比 3. 只取数值：unname()。去掉百分符号 4. 多数值，去重复 cut函数将一列点划分到各自的区间里。 如有1000个学生的考试分数（满分100），想要按照分数评等级，如果是均匀划分（90-100，80-90，70-8 阅读全文
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How TermFinder calculates P-values Readme: MGI GO Term Finder The GoTermFinder attempts to determine whether an observed level of annotation for a gro 阅读全文
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