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2023年12月14日 最近刷到一篇观点，与我之前写的不谋而合： 我，在西藏林芝，不配拥有肿瘤早筛 这个是一个领域从业者的角度写的，数据论证更加详实。 先说我个人的结论： 一个先提条件：（基于测序的）早筛价格大幅降低，且能有效高准确率的筛查出多癌种； 在此基础之上，需要政府大力推广，测序早筛（如cf 阅读全文
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目录： 什么是生存分析，生存分析的数据格式是怎样的，KM曲线是如何绘制的； 如何用TCGA数据进行生存分析？ 如果要你做一个临床试验（或者小鼠试验），怎么收集数据，怎么绘制KM图，怎么做Cox分析？ 如果要你做一个临床试验（或者小鼠试验），怎么收集数据，怎么绘制KM图，怎么做Cox分析？ 首先，明确 阅读全文
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示例paper：Retinoic acid signaling drives differentiation toward the absorptive lineage in colorectal cancer - 2021 常见的表型分析： Alkaline phosphatase/nuclear 阅读全文
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这算是wet lab实验室最为基本的技能了。 基因克隆，从Ecoli里提取质粒，不要忘了加RNase，否则在做gateway cloning的时候RNA会抑制LR反应。 不同用途的实验对DNA、RNA、Protein的纯度要求是不一样的，这你要自己去摸索，比如普通Lentivirus packagi 阅读全文
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代码： https://github.com/KosinskiLab/AlphaPulldown https://github.com/google-deepmind/alphafold 生物专业入坑教程：Alphafold的原理和展望 钟博子韬 | 钰沐菡 公益公开课 2023年12月09日 我就 阅读全文
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宝藏：春卷基因编辑专栏 2023年11月21日 理论上，我从23年6-7月开始做实验，最开始就是做CRISPR KO，后面也是shRNA、dTAG都做，但其实都没玩明白。 尤其是DFCI，看似顶级，其实有钱谁不会玩呢？国内要是有这么多资源、这样的视野，你DFCI还真玩不过，西湖大学就是个例子。 没有 阅读全文
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2023年11月17日 生物体不是简单的机械零件的堆积，而是一个灵动的整体，从细胞层面而言，就是神奇的细胞可塑性。 尤其是cancer cell，它无时无刻都在自我适应和进化，这其中是否涉及到一个统一的表观机制呢？ Why cancer cell plasticity?Some cells can 阅读全文
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2024年02月01日 靶向药 有些靶点是因为mutation而被选择 Mutations in the tumor suppressor gene Adenomatous Polyposis Coli (APC) are found in 80% of sporadic colorectal ca 阅读全文
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两种数据类型的转化 10x的数据就是以dataframe形式存储 R处理的数据大部分是matrix，可以用线性代数来解 工具 tidyr pivot_longer() pivot_wider() # tmp <- dep %>% # pivot_longer(cols = -`ModelID`, n 阅读全文
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2023年11月27日 Debug还是得靠自己，别人的建议仅供参考。 LR做了最少4遍，都没有靠谱的克隆出现。 一开始以为是Plasmid里RNA含量太高，稀释了DNA的含量，加了足量的Plasmid也不顶用。 只能去所用试剂的官网里找答案了：Gateway™ LR Clonase™ II Enzy 阅读全文
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载体病毒的质量至关重要，如果活性太弱，那DNA、RNA等就无法被被成功递送到细胞内，整个系统就不会工作了。 所以很多细胞基因治疗方案的瓶颈就在于载体。 在实验室里，我们一般用Lentivirus，其容量大、活性高、整合到genome表达稳定。 Lentivirus最好是现做现用，因为lab prot 阅读全文
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Co-IP全称Co-Immunoprecipitation，中文学名免疫共沉淀，是一种以抗体和抗原识别专一性为基础，用于研究蛋白质之间相互作用的经典方法。 通俗点来说，假设我们需要研究样品中A蛋白和B蛋白之间是否存在一些相互作用，首先我们通过合适的方法处理样本，将蛋白提取出来（同时不能破坏蛋白之间的 阅读全文
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ConSurf-StandAlone https://github.com/leezx/ConSurf-StandAlone /home/zz950/tmpData/consurf 如果对特定的fragment感兴趣，可以去做MSA，https://www.uniprot.org/uniprotkb 阅读全文
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参考前篇：可变剪切 | isoform | PSI | 单细胞 | suppa | salmon salmon的定量是不基于序列比对的 Salmon基因定量是一种常用于RNA测序（RNA-seq）数据分析的方法，其原理是利用贝叶斯统计模型从RNA-seq reads中预测不同转录本或基因的表达量。 阅读全文
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Tips: Atlas级别的数据，需要做加速处理，比如常见的marker鉴定，不要用seurat默认的函数，非常慢。 presto包的算法复杂度极低，再大的数据基本一分钟内就能出结果。 markers_rna <- presto:::wilcoxauc.Seurat(X = all.colon, g 阅读全文
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目前在做GI的Atlas项目，主要分为三类细胞：epithelial，stromal，immune。 其中epithelial就是cancer cell，然后TME就是stromal和immune。 最出名的TME就是CAF和TAM。 Key stromal cells include cancer 阅读全文
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这是最传统的细胞生物学手段，首先构建一个mouse的in vivo模型，然后就是切片，然后染色，直接用眼睛看，在顶刊上经常能看到一些非常漂亮的彩图，既美观又真实。 在医院里，这一类被叫做pathologist，通常就是医生初步诊断后，然后就靠pathologist来做分子诊断，IHC，然后基因型检测 阅读全文
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流式细胞仪的cell sorting是很多细胞和分子生物实验的基础，比如单细胞测序、细胞周期等。 Flow cytometry and cell sorting are two distinct yet complementary techniques. Both rely on antibodie 阅读全文
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镇楼综述： Best practices for single-cell analysis across modalities - Nature Reviews Genetics - 2023 （https://www.sc-best-practices.org/preamble.html） 最新的 阅读全文
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值得思考的问题： 为什么抗体类药物（20-27%）的研发成功率高于小分子药物（5-10%）？毒性和有效性 为什么抗体类药物与靶点结合能力弱，但反而治疗效果更佳？ 小分子和抗体类药物的耐药性机制有何不同？ 研究证实，西妥昔单抗与EGFR的结合能力要弱于小分子抑制剂吉非替尼与EGFR的结合能力，但有数据 阅读全文
