摘要：
转自：https://blog.csdn.net/Meditator_hkx/article/details/52823936 序言自从选择了直博这条路，前前后后也看了有二十余篇文献，自己做的毕业设计也算是一个中型的论文，所以对于科研也可以说是稍微有点眉目了吧。 而我相信，每一个研究生（无论博士还是 阅读全文
摘要：
来自英语课的一个练习： https://www.youtube.com/watch?v=ePY3uY1L0X0 next up I'd like to welcome Joshua to ten he's from the ANU College of Medicine biology and th 阅读全文
摘要：
貌似可以随机读取dataframe格式的文本文件。 阅读全文
摘要：
单细胞转录组确实是利器，但我们大多只利用了表达的信息，而从reads到表达之间的信息完全被我们忽略了。 最近nature发了一篇单细胞方法类文章，讲得就是如何利用RNA velocity来做细胞发育路径的推断。 velocyto velocyto-notebooks RNA velocity of 阅读全文
摘要：
Dynamic networks reveal key players in aging 系统生物学中的网络分析 网络的拓扑结构：topological properties， 网络的度：whole network connectivity (degree)，节点度是指和该节点相关联的边的条数，又称 阅读全文
摘要：
在看WGCNA的时候看到的一个术语。 先来看一个随机网络：没有中心节点，大部分节点都均匀的连在一起。 再看一下scale free network：大部分的连接都集中在少数的中心 如何检验一个网络是否是scale free network？ A. Log-log plot of whole-netw 阅读全文
摘要：
2021年09月24日更新 一些必须搞清楚的问题： 为什么GO这么常用且好用？有什么启发？ GO里的注释怎么得到的？可靠吗？有什么局限？ GO的冗余需要处理吗？ 我的回答： 高通量测序后只研究一个基因是没有意义的，而GO BP terms所代表的pathway就是功能的单位，我们可以更全面地了解整个 阅读全文
摘要：
最近在开发一套自己的单细胞分析方法，所以copy paste事业有所停顿。 实例： R eNetIt v0.1-1 一下来自wiki The nearest neighbor graph (NNG) for a set of n objects P in a metric space (e.g., 阅读全文
摘要：
参考： Learning Sparse Neural Networks through L0 Regularization The Variational Garrote 阅读全文
摘要：
Consider the data (1, 1, 2, 2, 4, 6, 9). It has a median value of 2. The absolute deviations about 2 are (1, 1, 0, 0, 2, 4, 7) which in turn have a me 阅读全文
摘要：
现在终于需要用到了。 阅读全文
摘要：
这几个概念不能混淆，估计大部分人都没有完全搞懂这几个概念。 看下这个，非常有用：Interpret the key results for Correlation euclidean | maximum | manhattan | canberra | binary | minkowski 初级 先 阅读全文
摘要：
偶尔能看懂，但是死活记不住，归根结底是没有彻底理解！ Type I and type II errors - wiki type I error is the rejection of a true nullhypothesis (also known as a "false positive" f 阅读全文
摘要：
Bayes for Beginners: Probability and Likelihood 好好看，非常有用。 以前死活都不理解Probability和Likelihood的区别，为什么这两个东西的条件反一下就相等。 定义： Probability是指在固定参数的情况下，事件的概率，必须是0-1 阅读全文
摘要：
review：Computational Methods for Trajectory Inference from Single-Cell Transcriptomics Tools/Algorithms list Heimberg-lab course Pseudo-time estimatio 阅读全文
摘要：
早就接触过这个包了，只是一直畏惧，以为很复杂，也没有应用场景，所以认识很肤浅。 现在有应用场景了，我自己开发了一个幼稚的版本，发现了很多需求，后来想起了WGCNA似乎部分解决了我的问题，今天认真打开了WGCNA的paper，看完后觉得写得真好，其中涉及的统计学非常基础和简单。 WGCNA中的一些工具 阅读全文
摘要：
一个非常实际的问题，通常我们主要有三个工作的地点：1，server，用于大型数据的分析和处理；2，办公室的电脑，正式办公；3.自己的电脑，偶尔加班。 不同的工作平台之间很难同步，导致我们的工作和思维分散，不利于统一。 解决方案，所有的工作数据都放在server上（自己的工作站），办公室的电脑和自己的 阅读全文
摘要：
其实就是另一种形式的打分。 个人点评这种方法： 这篇文章发表在nature上，有点奇怪，个人感觉创新性和重要性还不够格，工具很多，但是本文基本都是自己开发的算法（毕竟satji就是搞统计出身的）。 但是仔细看了代码之后，发现这些方法确实是有点artificial！ 而且算法原创性不高，多半是基于现有 阅读全文
摘要：
熟练使用PCA和tSNE，彻底理解底层的原理是非常有必要的。 参考：How to Use t-SNE Effectively Real-time tSNE Visualizations with TensorFlow.js 阅读全文
摘要：
Cell cycle analysis was conducted using the cyclone function in the scran R package (39). For every cell cluster, each cell was assigned into G1, G2M 阅读全文