Life·Intelligence

2018年8月7日

摘要： Dynamic networks reveal key players in aging 系统生物学中的网络分析网络的拓扑结构：topological properties，网络的度：whole network connectivity (degree)，节点度是指和该节点相关联的边的条数，又称阅读全文

posted @ 2018-08-07 14:40 Life·Intelligence 阅读(2243) 评论(0) 推荐(0) 编辑

Scale Free Network | 无标度网络

摘要：在看WGCNA的时候看到的一个术语。先来看一个随机网络：没有中心节点，大部分节点都均匀的连在一起。再看一下scale free network：大部分的连接都集中在少数的中心如何检验一个网络是否是scale free network？ A. Log-log plot of whole-netw 阅读全文

posted @ 2018-08-07 14:29 Life·Intelligence 阅读(6054) 评论(0) 推荐(1) 编辑

GO、KEGG的注释是怎么来的？| 进阶

摘要： 2021年09月24日更新一些必须搞清楚的问题：为什么GO这么常用且好用？有什么启发？ GO里的注释怎么得到的？可靠吗？有什么局限？ GO的冗余需要处理吗？我的回答：高通量测序后只研究一个基因是没有意义的，而GO BP terms所代表的pathway就是功能的单位，我们可以更全面地了解整个阅读全文

posted @ 2018-08-07 12:02 Life·Intelligence 阅读(5214) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2018年7月18日

Nearest neighbor graph | 近邻图

摘要：最近在开发一套自己的单细胞分析方法，所以copy paste事业有所停顿。实例： R eNetIt v0.1-1 一下来自wiki The nearest neighbor graph (NNG) for a set of n objects P in a metric space (e.g., 阅读全文

posted @ 2018-07-18 16:52 Life·Intelligence 阅读(4568) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2018年7月4日

L0 Regularization

摘要：参考： Learning Sparse Neural Networks through L0 Regularization The Variational Garrote 阅读全文

posted @ 2018-07-04 15:03 Life·Intelligence 阅读(597) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2018年6月28日

Median absolute deviation | Singular Value Decomposition奇异值分解 | cumulative sums |

摘要： Consider the data (1, 1, 2, 2, 4, 6, 9). It has a median value of 2. The absolute deviations about 2 are (1, 1, 0, 0, 2, 4, 7) which in turn have a me 阅读全文

posted @ 2018-06-28 14:52 Life·Intelligence 阅读(293) 评论(0) 推荐(0) 编辑

Multivariate normal distribution | 多元正态分布

摘要：现在终于需要用到了。阅读全文

posted @ 2018-06-28 02:25 Life·Intelligence 阅读(648) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2018年6月27日

posted @ 2018-06-27 16:19 Life·Intelligence 阅读(2365) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2018年6月25日

Type I and type II errors | 第一类错误和第二类错误

摘要：偶尔能看懂，但是死活记不住，归根结底是没有彻底理解！ Type I and type II errors - wiki type I error is the rejection of a true nullhypothesis (also known as a "false positive" f 阅读全文

posted @ 2018-06-25 20:09 Life·Intelligence 阅读(32124) 评论(0) 推荐(0) 编辑

Probability和Likelihood的区别

摘要： Bayes for Beginners: Probability and Likelihood 好好看，非常有用。以前死活都不理解Probability和Likelihood的区别，为什么这两个东西的条件反一下就相等。定义： Probability是指在固定参数的情况下，事件的概率，必须是0-1 阅读全文

posted @ 2018-06-25 19:23 Life·Intelligence 阅读(7201) 评论(0) 推荐(0) 编辑

pseudotime专题

摘要： review：Computational Methods for Trajectory Inference from Single-Cell Transcriptomics Tools/Algorithms list Heimberg-lab course Pseudo-time estimatio 阅读全文

posted @ 2018-06-25 18:06 Life·Intelligence 阅读(1199) 评论(0) 推荐(0) 编辑

WGCNA | weighted correlation network analysis

摘要：早就接触过这个包了，只是一直畏惧，以为很复杂，也没有应用场景，所以认识很肤浅。现在有应用场景了，我自己开发了一个幼稚的版本，发现了很多需求，后来想起了WGCNA似乎部分解决了我的问题，今天认真打开了WGCNA的paper，看完后觉得写得真好，其中涉及的统计学非常基础和简单。 WGCNA中的一些工具阅读全文

posted @ 2018-06-25 17:37 Life·Intelligence 阅读(836) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2018年6月22日

Win10 | Mac 在server上统一办公

摘要：一个非常实际的问题，通常我们主要有三个工作的地点：1，server，用于大型数据的分析和处理；2，办公室的电脑，正式办公；3.自己的电脑，偶尔加班。不同的工作平台之间很难同步，导致我们的工作和思维分散，不利于统一。解决方案，所有的工作数据都放在server上（自己的工作站），办公室的电脑和自己的阅读全文

posted @ 2018-06-22 21:24 Life·Intelligence 阅读(545) 评论(0) 推荐(0) 编辑

单细胞数据高级分析之构建成熟路径 | Identifying a maturation trajectory

摘要：其实就是另一种形式的打分。个人点评这种方法：这篇文章发表在nature上，有点奇怪，个人感觉创新性和重要性还不够格，工具很多，但是本文基本都是自己开发的算法（毕竟satji就是搞统计出身的）。但是仔细看了代码之后，发现这些方法确实是有点artificial！而且算法原创性不高，多半是基于现有阅读全文

posted @ 2018-06-22 16:37 Life·Intelligence 阅读(1161) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2018年6月21日

如何有效地使用t-SNE | How to Use t-SNE Effectively

摘要：熟练使用PCA和tSNE，彻底理解底层的原理是非常有必要的。参考：How to Use t-SNE Effectively Real-time tSNE Visualizations with TensorFlow.js 阅读全文

posted @ 2018-06-21 18:19 Life·Intelligence 阅读(515) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2018年6月12日

基于基因表达的打分模型

摘要： Cell cycle analysis was conducted using the cyclone function in the scran R package (39). For every cell cluster, each cell was assigned into G1, G2M 阅读全文

posted @ 2018-06-12 20:10 Life·Intelligence 阅读(1265) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2018年6月9日

one-class logistic regression (OCLR)

摘要： ONE-CLASS DETECTION OF CELL STATES IN TUMOR SUBTYPES Machine Learning Identifies Stemness Features Associated with Oncogenic Dedifferentiation PanCanS 阅读全文

posted @ 2018-06-09 01:08 Life·Intelligence 阅读(1562) 评论(0) 推荐(0) 编辑

computational biology | Bioinformatician | 开发者指南

摘要：对自己的定位要明确，不要定义为码农，我是computational biologist. 入了这一行就不要三心二意，这基本注定你未来10年都在干这个，就算要转行也要先把这个做好。其实大多数人最喜欢的肯定是心理学、哲学、脑科学、人工智能，其他的真的没什么意思，虽然有时候觉得未来挺没劲的，老是做这些，但阅读全文

posted @ 2018-06-09 00:34 Life·Intelligence 阅读(974) 评论(0) 推荐(3) 编辑

2018年6月8日

信息过载 | 浮躁

摘要：从打王者荣耀中悟出来的道理。王者荣耀/英雄联盟真是研究社会信息学的一个绝佳案例。 1. 公平这是个绝对的规则公平的世界（除开软件作弊），当然开黑抓人有时很容易赢，但是你也可以开黑啊。在顶级大赛里，每个人都是受过良好教育的，比赛是一个绝对公平的团队赛。 2. 博弈论不存在霸主英雄，只存在霸主召唤阅读全文

posted @ 2018-06-08 21:07 Life·Intelligence 阅读(691) 评论(0) 推荐(0) 编辑

So you want to be a computational biologist?

摘要： So you want to be a computational biologist? computational biology course 阅读全文

posted @ 2018-06-08 20:06 Life·Intelligence 阅读(197) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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