Life·Intelligence

2019年5月15日

如何选题？| 什么样的科学问题 | 研究项目才是有意义的？| scientific method

摘要：搞科研，尤其是生命科学，经常会觉得自己做的东西是坨屎，没有任何意义。在硕博的时候这种感觉会非常强烈，一个是自己思考能力不足；二是你的项目不是你设计的，不懂个中缘由，只执行的话就会很无聊，找不到意义感。为什么我们的研究问题必须有意义？实际上所有的研究问题都是有意义的，单调地重复别人的研究、在混乱阅读全文

posted @ 2019-05-15 18:12 Life·Intelligence 阅读(844) 评论(0) 推荐(0) 编辑

响应面分析 | response surface analysis | R代码

摘要：先开题，慢慢补充。参考：什么是响应面（RSM）分析 Response-Surface Methods in R, Using rsm In-class Examples with R Code Response Surface Analysis (RSM) Lesson 11: Response 阅读全文

posted @ 2019-05-15 17:31 Life·Intelligence 阅读(3764) 评论(0) 推荐(0) 编辑

乌龙茶生产过程中挥发性成分吲哚的形成 | Formation of Volatile Tea Constituent Indole During the Oolong Tea Manufacturing Process

摘要：吲哚是啥？在茶叶成分中的地位？乌龙茶？香气，重要的前体，比如色氨酸Trp、IAA。 Indole is a characteristic volatile constituent in oolong tea. Our previous study indicated that indole was 阅读全文

posted @ 2019-05-15 16:30 Life·Intelligence 阅读(422) 评论(0) 推荐(0) 编辑

PPI | protein-protein interaction | 蛋白互作分析 | gene interaction | 基因互作

摘要：前言做RNA-seq基因表达数据分析挖掘，我们感兴趣的其实是“基因互作”，哪些基因影响了我们这个基因G，我们的基因G又会去影响哪些基因，从而得到基因调控的机制。直觉确实是很明确的，但是细节处却有很多问题。我们讨论的到底是基因表达的互作，还是基因产物的互作？对于蛋白编码基因，它翻译产生蛋白，如阅读全文

posted @ 2019-05-15 13:34 Life·Intelligence 阅读(9926) 评论(0) 推荐(1) 编辑

2019年5月14日

R scholar和rentrez | NCBI和Google scholar文献数据挖掘

摘要：主要会用到两个R包： rentrez: 'Entrez' in Rscholar: Analyse Citation Data from Google Scholar RISmed 包可以查询 PubMed 数据库中的信息。目的1：输入检索词，从GSE数据库中爬取附带的参考文献。 R schola 阅读全文

posted @ 2019-05-14 11:22 Life·Intelligence 阅读(1023) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2019年5月12日

肠道微生物研究进展 | Microbiology | Human Gut Microbiome | human gut microbiota

摘要：之前我有过一篇16s基本概念和数据分析的文章。16S 基础知识、分析工具和分析流程详解可以分成两部分，生物层面和技术层面。生物层面： 1. 肠道微生物里面包含了哪些微生物？显然包含了所有层面的微生物：细菌、古细菌和真菌。 2. 肠道微生物是如何从母体遗传向下一代的？成熟的肠道微生物群体是如何逐步阅读全文

posted @ 2019-05-12 14:37 Life·Intelligence 阅读(746) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2019年5月11日

GWAS这十年 | 10 Years of GWAS Discovery: Biology, Function, and Translation

摘要：相关文章： A Unified Framework for Association Analysis with Multiple Related Phenotypes 太重要了，不得不单独拿出来分析一下。本review高度总结了GWAS这10年的成绩、以及现在的局限性。每个搞统计遗传的都必须要好好看阅读全文

posted @ 2019-05-11 15:00 Life·Intelligence 阅读(5626) 评论(0) 推荐(1) 编辑

UK Biobank专题 | UKBB

摘要：如何申请UKBB数据？ UK Biobank数据申请的基本流程? UKBB数据下载流程（第一节） UKBB数据集下载流程（第二节） 2022 - NG - Combined effects of host genetics and diet on human gut microbiota and i 阅读全文

posted @ 2019-05-11 14:42 Life·Intelligence 阅读(8779) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2019年5月10日

生物信息数据分析准则

摘要：从生物体中采集的数据总给人一种混乱不堪的感觉，因为生命系统本来就是一个超级复杂的系统，我们很难完全控制，目前只能观测。完全不像物理化学数学那么明确，1就是1，2就是2. 所以在分析生物数据时，首先必须要了解数据。在几个案例中阐述会比较明朗： 1. 人的单细胞转录组数据测的是iPSC-deriv 阅读全文

posted @ 2019-05-10 01:17 Life·Intelligence 阅读(894) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2019年5月9日

用variant的数据来推导基因表达 | Imputation of Expression Using PrediXcan

摘要：一个工具的逻辑得足够完善、意义足够重大，才有资格发在NG上。 A gene-based association method for mapping traits using reference transcriptome data - PrediXcan To impute the gene ex 阅读全文

posted @ 2019-05-09 16:36 Life·Intelligence 阅读(667) 评论(0) 推荐(0) 编辑

Rare-Variant Association Analysis | 罕见变异的关联分析

摘要： Rare-Variant Association Analysis: Study Designs and Statistical Tests 10 Years of GWAS Discovery: Biology, Function, and Translation 测序技术在人种迁徙上的应用 An 阅读全文

posted @ 2019-05-09 14:55 Life·Intelligence 阅读(629) 评论(0) 推荐(0) 编辑

英语语法 - 介词on/in/at与时间 | 时间介词

摘要：介词滥用是中国学生的普遍缺点，主要是在语言学习的阶段没有人指正，形成有效的反馈，后面进入社会，就算别人发现你错了，也不会指正你，导致你一错再错。看一篇教程，讲得不错。 at/on/in 我们下午2点要开会【几点肯定用at】have a meeting at 2pm 我们这周一要开会【具体的星期几肯阅读全文

posted @ 2019-05-09 11:56 Life·Intelligence 阅读(1134) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2019年5月8日

什么是epistatic effects | 上位效应

摘要： epistatic与interaction之间的区别与联系？ genetic上的interaction是如何定义的？ Epistasis is the phenomenon where the effect of one gene (locus) is dependent on the presen 阅读全文

posted @ 2019-05-08 22:08 Life·Intelligence 阅读(2958) 评论(0) 推荐(0) 编辑

MGI数据库挖掘 | MGI-Mouse Genome Informatics | InWeb database

摘要：做生物信息，遗传发育，分析数据的时候总是要narrow down分析范围，高通量数据尤其是基因表达，在庞大的confounder面前，缩小分析范围是必须的，否则你会一直在混沌中游荡。看一篇文章：2018 - Identification of genes associated with Hirsc 阅读全文

posted @ 2019-05-08 18:40 Life·Intelligence 阅读(2139) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2019年5月7日

HSCR | Hirschsprung‘s disease | 巨结肠 | 研究进展

摘要：这个网站介绍得很详细：Hirschsprung Disease，基本的定义、病因、诊断。 Hirschsprung disease — integrating basic science and clinical medicine to improve outcomes - 2018年的Nature 阅读全文

posted @ 2019-05-07 16:10 Life·Intelligence 阅读(1070) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2019年5月6日

线性代数导论 | Linear Algebra 课程

摘要：搞统计的线性代数和概率论必须精通，最好要能锻炼出直觉，再学机器学习才会事半功倍。线性代数只推荐Prof. Gilbert Strang的MIT课程，有视频，有教材，有习题，有考试，一套学下来基本就入门了。不多，一共10次课。链接：https://ocw.mit.edu/courses/math 阅读全文

posted @ 2019-05-06 00:33 Life·Intelligence 阅读(2691) 评论(0) 推荐(0) 编辑

（转）统计学和机器学习到底有什么区别？ - 机器学习研究会订阅号

摘要：很有必要讨论一下，争论很大。统计学和机器学习之间的界定一直很模糊。无论是业界还是学界一直认为机器学习只是统计学批了一层光鲜的外衣。而机器学习支撑的人工智能也被称为“统计学的外延” 例如，诺奖得主托马斯·萨金特曾经说过人工智能其实就是统计学，只不过用了一个很华丽的辞藻。萨金特在世界科技创新论坛阅读全文

posted @ 2019-05-06 00:17 Life·Intelligence 阅读(968) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2019年5月5日

The Matrix | 黑客帝国

摘要：今天又刷了一遍，依旧跟第一次看一样，非常惊叹震撼，同时也发现了更多的细节。梳理一下情节：开始就是Trinity在matrix里被黑衣人Agent追杀，Trinity团队的目的是寻找Neo，显然Agent没抓到Trinity。然后就是介绍Matrix里的屌丝andrew（和Neo是同一个人，分两阅读全文

posted @ 2019-05-05 22:44 Life·Intelligence 阅读(877) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2019年5月3日

variant变异 | Epigenome表观基因组 | Disease-susceptible gene 疾病易感基因

摘要： paper：cepip: context-dependent epigenomic weighting for prioritization of regulatory variants and disease-associated genes Genotype-Tissue Expression 阅读全文

posted @ 2019-05-03 12:25 Life·Intelligence 阅读(908) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2019年5月2日

Enhancer | 增强子专题

摘要：要做就做深做精！ Everything needs good justification. The interpretation should be biologically and statistically sound. shit 做生信，等级确实是真实存在的，初级的就是没有什么想法，别人做什么阅读全文

posted @ 2019-05-02 21:26 Life·Intelligence 阅读(9031) 评论(0) 推荐(1) 编辑

Digital-LI