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干货满满! Single Cell Genomics Day: A Practical Workshop 阅读全文
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主图 散点图 柱状图 折线图 小提琴图 点图 进化树 圈图 Alluvial图 Sankey Diagram Marginal plot Heatmap Pheatmap ComplexHeatmap Complete Reference 坐标轴 去掉不必要的到坐标轴的距离,使图形更加紧凑 ggpl 阅读全文
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最近有个需求需要画如下的图: 这些图的核心意思是一样的,就是connection,把不同的数据连到一起。 文章里把这图叫做共线性图,是按功能命名的,Google里搜不到。 搜到类似的,这个图叫 Parallel Coordinates Plot,但显然有些丑陋。 Parallel Coordinat 阅读全文
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Nürburgring - Green Hell 【統哥】 車迷人生必去一趟的德國紐柏林賽道之旅 F1赛道通常短而宽,一是为了观赏性,二是为了安全。 而Nürburgring赛道则是F1赛道的极端反面,赛道长而窄,而且伴随急剧的坡度变化,狭窄的赛道两边是光滑的草坪,茂密的森林也遮挡了大部分的视野,飙 阅读全文
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程序好下载github有,但是没有lib,就是没有训练好的model。 以下是搜到的win平台程序的下载链接: magnet:?xt=urn:btih:7BE4EB8D640742D2FFEBD6495E9392E9E2C399BC win平台非常难用,而且速度不快,但是里面包含了lib文件。 全部 阅读全文
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使用基因表达的数据来做tree TreeExp这个包的核心代码很少很少,借用里面的几个函数即可。 使用scale后的data,列是sample,行是gene # add mix as a reference merged.exprM.scale$Mixed <- rowSums(merged.exp 阅读全文
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A single-cell molecular map of mouse gastrulation and early organogenesis Here we report the transcriptional profiles of 116,312 single cells from mou 阅读全文
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参考:How to Paste Everything as Plain Text 写文章的时候,用的最多的就是copy和paste了,可是现在Mac和Win默认都是会连格式一起复制,真是逆天,导致每次都不得不中转一次。 现在可以直接设置,让Mac默认的粘贴是无格式的。 Open System Pre 阅读全文
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前言: 胚胎发育,主要研究人和小鼠,即从受精卵到胚胎,到产后,最后到成熟体。三种主要的时期:胚胎时期E,产后发育期P,成熟到衰老期Adult。 大脑神经系统很复杂,我们擅长的只有ENS肠道神经系统,ENS的祖先就是neural crest cell。所以我们研究的其实就是neural crest的前 阅读全文
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最新版V3文档:https://satijalab.org/seurat/vignettes.html 不要再用V2的版本了,V3已经涵盖了V2所有的功能。 最新版3.0已经发布了,有重大更新,以前的许多API也不支持了。 April 16, 2019 Version 3.0 released No 阅读全文
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文章亮点: 按level来管理和分析数据,文章有不同stage,每个stage有不同subtype,这应该是一个真tree,而不只是一个进化树,文章里出现最多的进化树把所有的stage都整合了。 空间归类和taxonomy的工作,mapped cell types spatially and der 阅读全文
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真的很偶然,好的东西都是在最偶然中得到的,试看之后才发现如获至宝。 上周无意刷了颜宁的微博,她推荐了这部剧的一个十周年影评,于是我花了一个周末,连续把他刷完了,感慨颇多,收益颇多。 待续~ 阅读全文
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有些情况下缺失值会零星的分布在数据当中,这时去掉所有包含缺失值的样本就不行了,直接用0去填补缺失值也不行。 所以此时就应该用拟合的方法来填补缺失值。 参考: R中数据缺失值的处理--基于mice包 阅读全文
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冷冻电镜 为什么冷冻电镜 (Cryo-EM) 技术的发明可以获得2017诺贝尔化学奖?知乎看法 Press release: The Nobel Prize in Chemistry 2017 We may soon have detailed images of life’s complex ma 阅读全文
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Resetting histone modifications during human parental-to-zygotic transition 人类亲本-合子转变中组蛋白修饰重编程 sci-hub MARINa (MAster Regulator INference algorithm) M 阅读全文
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做单细胞RNA-seq分析,自然就能想到我们测到的其实是一个概率学的东西,就像女士品茶里的酵母的泊松分布一样。 真实的细胞里,一切都是连续的,从DNA到mRNA到蛋白,是有一个时间间隔的,每一个process也不是瞬间完成的,而是有一个周期,我们可以叫做半衰期。 看一篇文献先:Database fo 阅读全文
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这一部分知识点确实又多又杂,不要在学习中失去乐趣,要善于抓住重点。 看下百济神州的这个视频就会一目了然了,https://www.beigene.cn/science-and-product-portfolio/pipeline/tislelizumab TOC 什么是PD-1和PD-L1,有什么区 阅读全文
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The single-cell transcriptional landscape of mammalian organogenesis 老板已经提了无数遍的文章,确实很nb,这个工作是之前我们无法想象得,想想如何把我们的数据和他们的数据整合到一起。 文献阅读 | Molecular Archite 阅读全文
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网页版venn图 维恩(Venn)图绘制工具大全 (在线+R包) 在线数据可视化系列一:维恩图 - 内含推荐指数 发表级venn图 如果对venn图颜值要求较高,强烈推荐venneuler 理由: 面积比例代表数量,信息含量更高 可以直接与ggplot对接,自定义修改 参考代码:human/sing 阅读全文
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系列篇: Epigenetics in ENS development and Hirschsprung disease - Review Epigenetic Mechanisms in Hirschsprung Disease - Review Involvement of DNMT3B in 阅读全文