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iSyTE 2.0: a database for expression-based gene discovery in the eye - 眼睛发育 StemMapper: a curated gene expression database for stem cell lineage analy 阅读全文
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更新：2019年09月11日 重复看了几遍，现在觉得这门课的科普性很强，但强行解释的部分太多，而且专业性和逻辑性不是很深，需要配合教科书一起服用。 这门课程最厉害的在于逻辑串讲，把原来孤立的知识联结起来了，框架基本搭好了，就等你来一起大开脑洞。 推荐教材 分子生物学 5th - Robert F. 阅读全文
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SCTransform Normalization and variance stabilization of single-cell RNA-seq data using regularized negative binomial regression ChristophH/sctransform 阅读全文
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操作代码：https://satijalab.org/seurat/ 依赖的算法 CCA CANONICAL CORRELATION ANALYSIS | R DATA ANALYSIS EXAMPLES MNN The Mutual Nearest Neighbor Method in Funct 阅读全文
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干货满满！ Single Cell Genomics Day: A Practical Workshop 阅读全文
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主图 散点图 柱状图 折线图 小提琴图 点图 进化树 圈图 Alluvial图 Sankey Diagram Marginal plot Heatmap Pheatmap ComplexHeatmap Complete Reference 坐标轴 去掉不必要的到坐标轴的距离，使图形更加紧凑 ggpl 阅读全文
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最近有个需求需要画如下的图： 这些图的核心意思是一样的，就是connection，把不同的数据连到一起。 文章里把这图叫做共线性图，是按功能命名的，Google里搜不到。 搜到类似的，这个图叫 Parallel Coordinates Plot，但显然有些丑陋。 Parallel Coordinat 阅读全文
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Nürburgring - Green Hell 【統哥】 車迷人生必去一趟的德國紐柏林賽道之旅 F1赛道通常短而宽，一是为了观赏性，二是为了安全。 而Nürburgring赛道则是F1赛道的极端反面，赛道长而窄，而且伴随急剧的坡度变化，狭窄的赛道两边是光滑的草坪，茂密的森林也遮挡了大部分的视野，飙 阅读全文
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程序好下载github有，但是没有lib，就是没有训练好的model。 以下是搜到的win平台程序的下载链接： magnet:?xt=urn:btih:7BE4EB8D640742D2FFEBD6495E9392E9E2C399BC win平台非常难用，而且速度不快，但是里面包含了lib文件。 全部 阅读全文
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使用基因表达的数据来做tree TreeExp这个包的核心代码很少很少，借用里面的几个函数即可。 使用scale后的data，列是sample，行是gene # add mix as a reference merged.exprM.scale$Mixed <- rowSums(merged.exp 阅读全文
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A single-cell molecular map of mouse gastrulation and early organogenesis Here we report the transcriptional profiles of 116,312 single cells from mou 阅读全文
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参考：How to Paste Everything as Plain Text 写文章的时候，用的最多的就是copy和paste了，可是现在Mac和Win默认都是会连格式一起复制，真是逆天，导致每次都不得不中转一次。 现在可以直接设置，让Mac默认的粘贴是无格式的。 Open System Pre 阅读全文
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前言： 胚胎发育，主要研究人和小鼠，即从受精卵到胚胎，到产后，最后到成熟体。三种主要的时期：胚胎时期E，产后发育期P，成熟到衰老期Adult。 大脑神经系统很复杂，我们擅长的只有ENS肠道神经系统，ENS的祖先就是neural crest cell。所以我们研究的其实就是neural crest的前 阅读全文
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最新版V3文档：https://satijalab.org/seurat/vignettes.html 不要再用V2的版本了，V3已经涵盖了V2所有的功能。 最新版3.0已经发布了，有重大更新，以前的许多API也不支持了。 April 16, 2019 Version 3.0 released No 阅读全文
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文章亮点： 按level来管理和分析数据，文章有不同stage，每个stage有不同subtype，这应该是一个真tree，而不只是一个进化树，文章里出现最多的进化树把所有的stage都整合了。 空间归类和taxonomy的工作，mapped cell types spatially and der 阅读全文
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真的很偶然，好的东西都是在最偶然中得到的，试看之后才发现如获至宝。 上周无意刷了颜宁的微博，她推荐了这部剧的一个十周年影评，于是我花了一个周末，连续把他刷完了，感慨颇多，收益颇多。 待续~ 阅读全文
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有些情况下缺失值会零星的分布在数据当中，这时去掉所有包含缺失值的样本就不行了，直接用0去填补缺失值也不行。 所以此时就应该用拟合的方法来填补缺失值。 参考： R中数据缺失值的处理--基于mice包 阅读全文
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冷冻电镜 为什么冷冻电镜 (Cryo-EM) 技术的发明可以获得2017诺贝尔化学奖？知乎看法 Press release: The Nobel Prize in Chemistry 2017 We may soon have detailed images of life’s complex ma 阅读全文
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Resetting histone modifications during human parental-to-zygotic transition 人类亲本-合子转变中组蛋白修饰重编程 sci-hub MARINa (MAster Regulator INference algorithm) M 阅读全文
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做单细胞RNA-seq分析，自然就能想到我们测到的其实是一个概率学的东西，就像女士品茶里的酵母的泊松分布一样。 真实的细胞里，一切都是连续的，从DNA到mRNA到蛋白，是有一个时间间隔的，每一个process也不是瞬间完成的，而是有一个周期，我们可以叫做半衰期。 看一篇文献先：Database fo 阅读全文