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视频教程：Google Earth - Earth Zoom in/out Tutorial (Record Video) 下载google earth 在search里输入你想要去的地名 zoom out到太空视角 点击上面工具栏里的视频录像，然后点击录像 最后点击左边刚才search的地名就可以 阅读全文
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DNA Replication Timing ReplicationDomain: a visualization tool and comparative database for genome-wide replication timing data Replication Domain - 数 阅读全文
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ENCODE: Encyclopedia of DNA Elements 目标：按不同组织，收集人类（还有小鼠、worm、fly）基因组里面的所有功能元件 The primary goal of the ENCODE project is to determine the role of the r 阅读全文
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好文献非常难得，提供了核心的研究思路。 FTO Obesity Variant Circuitry and Adipocyte Browning in Humans - 这篇文章需要好好的解析 为深入研究一个non-coding variant的作用机制提供了完整的思路 本文宏伟的目标：we sou 阅读全文
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SNPsnap已经可以被vsampler取代了 一个矛盾： GWAS得到的SNP做富集分析的话，通常都会有强的偏向性。 co-localization of GWAS signals to gene-dense and high linkage disequilibrium (LD) regions 阅读全文
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这是一个进化学上的概念，基因组的序列是不断进化而来的，根据45个脊椎动物的基因组序列，通过多重比对，我们就可以知道人类基因组上每个位置的保守性，一些高度保守的区域可以做非常有意思的下游分析。 This directory contains compressed phastCons scores fo 阅读全文
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2022年12月01日 准备bedtools需要用的-g参数文件，-g $chromSize，genome.txt，信息就在比对的bam文件里，提取一下即可。 samtools view -H N3_H3K27Ac_1_CKDL220013314-1a_HY2YCDSX3_L1_1_val_1.bo 阅读全文
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现在大部分学术期刊杂志都要求提供这两样东西。 一个是面向editor的文章和研究的高度总结；一个是面向读者的高度总结，一图胜千言。 如何制作动画摘要呢？ 收集素材，大部分内容在PPT里就能完成。 如何写cover letter？ Writing a Journal Cover Letter [Fre 阅读全文
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WGS和WES测序和分析会产生大量的variant数据。 显然直接分析全部的variant是非常不靠谱的。 做疾病的话，有一些常用的过滤套路。 variant作用于基因表达主要分两大类： 1. coding，可以直接影响RNA的形成，以及后面蛋白的折叠组装； 2. non-coding，现在最流行的 阅读全文
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无论是手机还是专业些的录音笔，录出来的音频总是会音量不够，而且背景噪音很大。 以下是初级的处理方法，非常简便： 苹果电脑mac视频录音如何免费降噪去除噪音imovie 用Mac电脑的iMovie软件，提高音量 + 自动降噪，导出mp3格式音频 极速上字幕方法，语音转写自动生成字幕，免费快速上字幕 用 阅读全文
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2022年11月27日更新 这周刚到DFCI，需要重新配置自己的M1 Mac，内置硬盘只有512 GB，系统是最新版的Ventura，可能存在兼容性问题。 因为我还是以生信分析为主，所以不考虑Windows，另外因为有server，所以desktop没必要用Linux，Mac mini是性价比最高的 阅读全文
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Transcriptional benchmarking of in vitro cells to in vivo with single-cell rna-seq - 简介 Harnessing single-cell genomics to improve the physiological f 阅读全文
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2023年02月20日 conda装好后还是有问题，找不到libjvm.so，在bashrc里指定不起作用，最后只能去Renviron【R最重要的配置文件】里指定，然后就成功了。 需要修改vi ~/.Renviron LD_LIBRARY_PATH=/home/zz950/softwares/min 阅读全文
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GWAS Catalog The NHGRI-EBI Catalog of published genome-wide association studies EBI负责维护的一个收集已发表的GWAS研究的数据库 Catalog stats Last data release on 2019-09- 阅读全文
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Predicting effects of noncoding variants with deep learning–based sequence model PDF Interpreting noncoding variants - 非常好的学习资料 这篇文章的第一个亮点就是直接从序列开始分析， 阅读全文
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可变剪切的预测已经很流行了，目前主要有两个流派： 用DNA序列以及variant来预测可变剪切；GeneSplicer、MaxEntScan、dbscSNV、S-CAP、MMSplice、clinVar、spliceAI 用RNA来预测可变剪切；MISO、rMATS、DARTS 前言废话 科研圈的热 阅读全文
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BOOKDOWN官网 - bookdown上有不少人发布了自己的电子书 bookdown-demo （一个demo，github源码）- Rstudio出品，Yihui Xie开发，著名单细胞课程在用，y叔也在用 【强力推荐】 bookdown的优势 完全开源，向收费说不 完全自定义，想干啥就干啥 阅读全文
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因为时代背景和所处行业的原因，随时学习新知识是必须的。现在是互联网时代，知识爆炸，学习的成本很低。但是如果只是简单的浏览各种信息，是无法收获知识的。 学习是为了更好的开展研究，这里主要梳理一下学习和研究的一些基本理念。 理论和实战 比如R语言的学习，只看书和视频，是学不扎实的，不实战，不做笔记，最后 阅读全文
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一个标准的数据分析码农必须要配一台超薄笔记本和一台高性能服务器，笔记本是日常使用，各种小问题的解决，同时也是用于远程连接终端服务器；高性能服务器就是核心的处理数据的平台，CPU、内存、硬盘容量、GPU等都必须要能满足数据分析和建模的要求。 笔记本强烈建议是Mac家的，无论是流畅度、美学、做工都绝对秒 阅读全文