摘要：
2020年07月12日，从今天开始整理所读的文献里面的每一个重点名词，争取半年后阅读所有生物学paper无压力。 教材定位：《细胞生物学》 - 细胞信号转导 - G蛋白偶联受体介导的信号转导 混淆概念：GFP，GTP，GDP 相关诺奖： 1971，发现并阐述cAMP的功能并提出第二信使学说； 199 阅读全文
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总结： 篮子实验就是把携带相同mutation的不同癌症放在一起，找到特定的drug，看一个drug是否对多种cancer的治疗有效。 伞式研究就是把携带不同mutation的相同癌症放在其，分型，找特定药物的biomarker，以方便以后对症下药，但是这个工作量很大。 http://news.bi 阅读全文
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林语堂说：提到苏轼，中国人总是亲切而温暖地会心一笑。 苏轼一生屡遭贬谪，几十年都在被放逐的路上。 可他却依旧泰然处之。 把别人眼中的苟且，活成了自己的潇洒人生。 这份豁达和修养，让我们这些后来人，不由得一赞三叹。 01 最超脱的一首词 大江东去，浪淘尽，千古风流人物。 故垒西边，人道是，三国周郎赤壁 阅读全文
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为什么必须了解建库技术？ 转录组有哪些分类？ 有哪些常见的RNA-seq建库技术？各有什么特点 活体真核细胞里有哪些RNA，各自有什么功能，占比多少？ PCR对RNA-seq的影响？PCR free是什么意思？ 为什么RNA-seq总有一部分reads无法比对到转录组？ RNA-seq有哪些常规分析 阅读全文
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所长林超推荐 为什么说清单是一种革命？读完这本书，你看这个结论是否正确。 目录 引言 无知之错与无能之错 第一部分 清单革命是一场观念变革 第一章 人人都会犯错 - 心灵的转变 第二章 关键点比大而全更重要 - 系统要素的重塑 第三章 团队犯错的几率比单个人要小 - 智慧的差别 第二部分 清单革命的 阅读全文
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动作电位（Action potential, AP）：由单个神经元细胞膜的脉冲信号产生 局部场电位（Local field potential, LFP）：代表电极的局部区域神经元电信号的总和 皮质脑电（Electrocorticography, ECoG)：与局部场电位类似，但是只能记录皮层表面的 阅读全文
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转自：生物谷 导读：在庆祝Science创刊125周年之际，Science公布了125个最具挑战性的科学问题。了解前沿科学研究方向，对你的成长或许有所帮助。简单归纳统计这125个问题，其中涉及生命科学的问题占46%，关系宇宙和地球的问题占16%，与物质科学相关的问题占14%以上，认知科学问题占9%。 阅读全文
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本文的分析套路剑指10-20分的journal，全是干货。 发现一个不错的专题，讲得很详细。 ATAC-seq/ChIP-seq分析方法 其中一个细节IDR，讲得很通俗。 第6篇：重复样本的处理——IDR ATAC-seq data analysis: from FASTQ to peaks 基本概 阅读全文
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参考： https://investors.modernatx.com/news-releases/news-release-details/moderna-announces-positive-interim-phase-1-data-its-mrna-vaccine May 18, 2020 a 阅读全文
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来自选修的一门统计课程：Advanced statistical methods 理论性较弱，实践性很强的工具类课程，学完后可以直接拿R来分析数据。 课程目录： Introduction to R Regression model in R Applied regression I Applied 阅读全文
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富集分析非常常见，用于判断抽样的结果是否显著。 例子1：一个工厂总共有N件产品，其中M件次品，现在从中抽取n件做检查，抽到k件次品的概率分布服从超几何分布。 例子2：一个细胞有N个基因，其中在pathway A里面有M个基因，现在从中抽取n个基因，抽到k个pathway A里基因的概率分布服从超几何 阅读全文
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大部分人只有一天的工作记忆，也就是只有很少的信息能信手拈来。 越长期的记忆就越模糊，看过的书亦是如此，想要回忆起来就必须静下心来，或者打开笔记本，才能回忆起之前的思路。 一个非常重要的问题：读过的书早晚会忘，为什么还要读书？ 这个问题没搞明白是不可能坚持看书的！ 这里有些别人的答案：读书早晚会忘，为 阅读全文
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这是中国新说唱复活赛上的现场版，也是最富表演张力和情感的一版，MV里面的歌词有些差异。 以下是纯手工从视频里扒下的。 心里的花 我想要带你回家在那深夜酒吧 哪管它是真是假请你尽情摇摆 忘记钟意的他你是最迷人噶 你知道吗 这是最好的节拍 这是最爱的节拍前面哪里来的大井盖 我拿脚往里踹如此动感的节拍 非 阅读全文
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2023年02月03日 换了个实验室，我还是唯一的搞生信的，但明显学习氛围非常浓厚，有实验的问题也基本能够得到解答，非常开心，开始深度学习实验技能。 先从质粒开始，plasmid。 Plasmids | Cloning vectors: Plasmids | Why do we use plasmi 阅读全文
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LetPub查询系统，非常方便，分区影响因子都可以查询，还有投稿经验可以参考。 SCI全称是Science Citation Index(科学引文索引) 科睿唯安JCR分区(Journal Citation Reports, 期刊引证报告) 中科院分区，基于JCR分成13个大类，然后按照各类期刊影响 阅读全文
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补充RNA-seq流程 以前都是自己搭RNA-seq流程，虽然可以完成任务，但是数据量一多，批次多起来，就非常难管理。 既然别人提供了这么好的流程，那就要用起来，管理起来不是一般的轻松。 ENCODE-DCC/rna-seq-pipeline 安装比较麻烦，没有针对local的一键安装，但我们可以借 阅读全文
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2024年11月13日 最近很多R包都依赖最新的R4.4.1，导致不得不更新。 R和Python的更新是最棘手的，弄不好之前的项目全部无法复现。 为了安全，千万不要直接更新原来的R，必须重新建一个env，R的library也要重新建一个文件夹，不要覆盖原来的。 注意：R和Python必须同时装，ju 阅读全文
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2024年04月30日 conda install bioconda::meme # https://jaspar.elixir.no/matrix/MA0077.1/ fimo --alpha 1 --max-strand -oc target --thresh 1 --no-qvalue MA0 阅读全文
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因为这个工具需要用到MySQL，https://github.com/ENCODE-DCC/caper，不得不再Linux服务器上安装。 首先服务器本身是有MySQL的， 但一般用户肯定是用不了的，需要管理员给你开用户，开权限，非常复杂。 所以就自己装一个吧，简单、快捷、方便。 第一想到的就是con 阅读全文
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variant主要分为两类： coding noncoding 这两大类的分析方法截然不同，coding主要直接影响了mRNA和蛋白；而noncoding，主要是影响调控。 coding编码区如何分析？ 通常有很多pipeline来预测WGS等得到的SNP的功能，如annovar等数据库。 prot 阅读全文