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摘要： Insilico Medicine (“英矽智能”) 官网：https://insilico.com/ 该领域龙头企业：https://www.schrodinger.com/ 2021年12月14日更新 参考：独家对话英矽智能CEO、CSO：AI新药首进「临床试验」，能否改写药物发现史？ 我的看法 阅读全文

摘要： 2021年08月24日 更新 给每个exon编排序号，方便管理 cat gencode.v37.annotation.gtf | grep ENSG00000011304 | cut -f1-5 | grep exon | sort -k 4 | uniq | less -S 更新：又用了一段时间， 阅读全文

摘要： 2023年03月20日 快速取类似venn的unique和share peaks module load bedtools2-2.27.1-gcc-5.4.0-iouh4nk bedtools intersect -a HDAC1.merged.narrowPeak -b HDAC2.merged. 阅读全文

摘要： 目录 3C简介 技术类型及区别 数据下载 基本应用 3C简介 核心理念就是把真核细胞核里的DNA三维折叠结构给测序出来，一个最经典的模型就是远距离enhancer可以促进转录。 真核生物细胞核中的染色质通过折叠成高度动态、复杂的高级结构，调控基因的转录、复制，以及损伤修复等重要功能。理解染色质在细胞 阅读全文

摘要： 这在drug target的分析上应用广泛，GWAS最终发现的只是SNP而已，而drug的target却是具体的基因，Genomic predictors就是用来填补这个坑的。 参考2019年的NG，看别人是如何处理的。【idea大家早就有了】 nGene eGene cGene VEP web t 阅读全文

摘要： 2023年03月13日 没想到还能继续RNA splicing的分析，之前确实做了一些分析，但都是跑流程，结果分析有很大漏洞，最核心的就是没有对整体丰度做校正，L-HSCR本身就有更多的splicing。 这在毕业答辩的时候被看出来了，但要修改已经来不及了。 又接触了几个其他的sc call spl 阅读全文

摘要： 这些数据库的核心比较明了，就是drug和gene的对应关系，然后就是drug的一些注释信息。 DrugBank Release Version 5.1.8 Protein identifiers Drug Target Identifiers Therapeutic target database 阅读全文

摘要： 属于GWAS下游比较时髦的一个分析，就是用来结合某个region的GWAS和eQTL数据来找最causal的eQTL。【不局限】 a novel statistical methodology to assess whether two association signals are consist 阅读全文

摘要： 中国科学院 科研大匠 https://mp.weixin.qq.com/s/j6poVRLCC95tLSjEyM2E5g 从实用出发 是中国将来科学发展的重要方向 《瞭望》：中国脑计划是如何布局的？ 蒲慕明：人脑因其复杂性被很多人称为是“内在的宇宙”，脑科学已成为科学前沿的必争之地。过去几年里，全世 阅读全文

摘要： 这些包的重要性不必多言，以前没有深度总结过，每次要用的时候都得查教程。 名字由来：d代表dataframe - plyr是英文钳子plier的谐音 dplyr dplyr常用函数【最常用的也就是group_by和summarise配合使用了，其他的普通代码都能实现】 arrange arrange( 阅读全文

摘要： 2025年07月09日 tmp.p <- plotPCA(rld, intgroup = "media") GPT：ggplot的图被纵向压缩了，我如何调整图像的height？ options(repr.plot.width=6, repr.plot.height=6) PCA.list[[1]] 阅读全文

摘要： 一图胜千言 Characterizing cis-regulatory elements using single-cell epigenomics - 2022 2022-06-15 最近在写HDAC1和EZH2的discussion，需要深入到表观数据的分析。 DC就是deacetylation 阅读全文

摘要： https://asia.ensembl.org/info/docs/tools/vep/index.html https://github.com/Ensembl/ensembl-vep 输入一些variant的名字，出来一些注释结果。 注释结果： #Uploaded_variation Loca 阅读全文

摘要： 基于GWAS的分析结果做基因集富集分析。 基本代码： # download sumstats file from https://ctg.cncr.nl/software/summary_statistics # download NCBI37 and g1000_eur from https:// 阅读全文

摘要： 10x下游分析，比如splicing Converting 10x Genomics BAM Files to FASTQ 下载其专用工具：https://github.com/10XGenomics/bamtofastq/releases 还可以指定locus，精准分析，缺点就是无法保留barco 阅读全文

摘要： 2023年10月18日 补全最后一个WT1的velocity数据: http://172.24.136.119:8888/notebooks/scPipeline/velocity/VelocityBasics-ApcKO.ipynb # for scMulti-omics data # do be 阅读全文

摘要： 标签：RNA-seq；基因表达 一个非常常见的图种，用于表示两组数据基因表达差异的图，通常横纵坐标分别为 Log2FC 和 P-value。 画出来并不难 美化稍微有点难度：标注重要的点，点的颜色、形状、图层顺序。 基本数据准备： 带log2FC和P-value的dataframe 需要标注的数据点 阅读全文

摘要： 2023年01月28日 如何区分这三种标志物marker？【标记可以是很多种：生物、生化、分子】 1. 最好理解的就是治疗Therapeutic marker，就是药物靶点，能在不同疾病模型里rescue phenotype的都算； 2. 其次就是诊断Diagnostic marker，正常诊断不会 阅读全文

摘要： 目录 变异的意义 变异的分类 突变的类型 变异对生命活动的影响 研究得较为透彻的一些变异 变异的未来研究趋势 做生物医学的，但凡视野宽一点就离不开变异，也离不开下游功能验证，这对于做传统遗传病的和最前沿癌症的工作者而言都一样。 变异的意义 多样性、自然选择、进化，以及不可避免的变异积累导致癌症。下面 阅读全文

摘要： 药物靶点是能够与特定药物特异性结合并产生治疗疾病作用或调节生理功能作用的生物大分子或生物分子结构；对物质的结构产生生物效应，在复杂调节过程或作为通路中具有主导作用；病理条件下对物质的表达、活性、结构或特性可以发生改变。 简单点说，就是通过单个抗体与靶点结合，能有效的抑制或者治疗某种疾病。 目前单抗靶 阅读全文