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2024年02月01日 靶向药 有些靶点是因为mutation而被选择 Mutations in the tumor suppressor gene Adenomatous Polyposis Coli (APC) are found in 80% of sporadic colorectal ca 阅读全文
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Tips: Atlas级别的数据,需要做加速处理,比如常见的marker鉴定,不要用seurat默认的函数,非常慢。 presto包的算法复杂度极低,再大的数据基本一分钟内就能出结果。 markers_rna <- presto:::wilcoxauc.Seurat(X = all.colon, g 阅读全文
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镇楼综述: Best practices for single-cell analysis across modalities - Nature Reviews Genetics - 2023 (https://www.sc-best-practices.org/preamble.html) 最新的 阅读全文
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2023年12月14日 实验动物常见的给药方式有:注射给药,灌胃给药,口服,鼻滴给药等多种。一般需要根据实验目的、动物种类及药物剂型、剂量等,选择合适的给药方式。 小鼠常见的给药方式: 皮下注射(Subcutaneous Injections,SC) 皮内注射(Intradermal Injecti 阅读全文
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免疫治疗无效/耐药性的主要原因 抗原性较弱的肿瘤细胞将难以被免疫系统识别 参考:肿瘤对免疫治疗产生耐药性的原因 癌症的特点,恶性肿瘤和良性肿瘤 恶性肿瘤生长较快,有无止境性生长之说,易向周围组织扩散,容易发生转移,如不及时发现,诊断和治疗,常危及生命。 良性肿瘤则生长缓慢,可以多年不变,肿瘤周围都有 阅读全文
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2024年01月18日 什么是纳米颗粒靶向静脉递送系统? 脂质纳米颗粒(Lipid nanoparticle, LNP) 2024年01月18日 抗体本来属于免疫学的内容,但因为应用过于广泛,所以必须学习。 大家都知道抗体就是与抗原特异结合的大蛋白,也知道抗体的Y型结构,那具体结构是如何呢? 几个问 阅读全文
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2024年08月27日 好用的color theme:https://github.com/nanxstats/ggsci 2023年10月18日 barplot截取y轴,非常规操作。 You could try, with library(scales): + scale_y_continuous 阅读全文
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The ENCODE Blacklist: Identification of Problematic Regions of the Genomehttps://github.com/Boyle-Lab/Blacklist/tree/master ATAC-seq footprinting unra 阅读全文
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这个功能GEPIA2已经实现了,http://gepia2.cancer-pku.cn/#dataset 但问题是它的数据不能导出,原图太丑,不能直接发表,那就没办法了,只能自己下载数据作图了。 TCGA数据可以批量下载 GTEx数据也很容易下载 但如何把TCGA的cancer type比对到GTE 阅读全文
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把本质的问题泛化一下 医学三大主题:预防,诊断,治疗。 治疗的本质就是用一种干预(药物)能让病人表现反转(疾病态变为健康态)。 所以,药物开发的本质就是筛选+验证,然后走流程一二三期推向临床。 筛选的本质就是给一个干预(各种药物或者CRISPR),然后观察表型,表型readout的选择很灵活。 筛选 阅读全文
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前言 荒废了一个多月,终于回归了。很早就想分析一下多个抗肿瘤药物平台,其各自的优缺点,未来的发展趋势,如果去工业界到底选择哪个平台,你最终选的不一定对,但“一定要有自己的想法”。 我个人是非常喜欢ADC平台的,它非常偏应用,也更加涉及到抗肿瘤药物的本质(对比其他疾病而言),原理也非常的清晰明确。但我 阅读全文
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创建conda环境,安装必要软件 conda create -n wgs conda activate wgs conda install bioconda::bwa 下载最佳ref fasta gcloud storage cp gs://BUCKET_NAME/OBJECT_NAME SAVE_ 阅读全文
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2024年08月27日 为了检查单细胞推理出来的基因表达相关性,与CRISPR的结果是否一致,我做了一个GSEA富集分析,结果correlation的top1-3显著富集,把我乐坏了,结果仔细一看符号方向不对。 这个问题困扰了我快一下午了,single和dual的结果也基本没有什么相关性,一些常见的 阅读全文
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最后merge一下 cat *_1_D7_1uM_1* index2/*_1_D7_1uM_1* > D7_1uM_1_1.fq cat *_1_D7_1uM_2* index2/*_1_D7_1uM_2* > D7_1uM_2_1.fq cat *_1_D7_DMSO_1* index2/*_1_ 阅读全文
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抗癌新药公布临床试验结果的必用图。 有时候在我们药的preclinical的文章里也会经常用到。 图的基本信息: bar图,y轴就是肿瘤体积变化百分比; bar是被sort过的,从高到低; x轴就是病人或者小鼠个体编号; 为什么这个图这么经典? 抗癌最重要的就是杀死癌细胞,看体积变化没毛病,所以y轴 阅读全文
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2024年01月05日 最近确实是生物科技行业的寒冬,砍管线、裁员,风险投资撤退,能平稳度过这段寒冬的都是强者了。 但居然还有人能在这寒冬里逆势而上,别人喝西北风,他们吃肉,让人不得不好奇,他们到底有什么特殊之处。 捕风捉影不如直接听当事人的想法,一语胜千言。 生物医药行业的周期 任何一个行业都是有 阅读全文
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名词解释: LC-MS - Liquid chromatography–mass spectrometry 液相色谱-质谱联用仪 CyTOF - Cytometry by time of flight - 质谱流式细胞技术 RIME - Rapid Immunoprecipitation Mass 阅读全文
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前言:新开一个标签-《热点》,强迫自己去学习一下领域的热点事件,精通是不太可能了,但最少要知道是个怎么回事。 科普: 什么是ADC?可以简单理解为抗体靶向+化疗杀伤的结合。 抗体偶联药物(antibody drug conjugates, ADCs)是一类将特异性单克隆抗体与细胞毒性药物通过接头偶联 阅读全文
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2023年12月14日 最近刷到一篇观点,与我之前写的不谋而合: 我,在西藏林芝,不配拥有肿瘤早筛 这个是一个领域从业者的角度写的,数据论证更加详实。 先说我个人的结论: 一个先提条件:(基于测序的)早筛价格大幅降低,且能有效高准确率的筛查出多癌种; 在此基础之上,需要政府大力推广,测序早筛(如cf 阅读全文
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目录: 什么是生存分析,生存分析的数据格式是怎样的,KM曲线是如何绘制的; 如何用TCGA数据进行生存分析? 如果要你做一个临床试验(或者小鼠试验),怎么收集数据,怎么绘制KM图,怎么做Cox分析? 如果要你做一个临床试验(或者小鼠试验),怎么收集数据,怎么绘制KM图,怎么做Cox分析? 首先,明确 阅读全文
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示例paper:Retinoic acid signaling drives differentiation toward the absorptive lineage in colorectal cancer - 2021 常见的表型分析: Alkaline phosphatase/nuclear 阅读全文
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这算是wet lab实验室最为基本的技能了。 基因克隆,从Ecoli里提取质粒,不要忘了加RNase,否则在做gateway cloning的时候RNA会抑制LR反应。 不同用途的实验对DNA、RNA、Protein的纯度要求是不一样的,这你要自己去摸索,比如普通Lentivirus packagi 阅读全文
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代码: https://github.com/KosinskiLab/AlphaPulldown https://github.com/google-deepmind/alphafold 生物专业入坑教程:Alphafold的原理和展望 钟博子韬 | 钰沐菡 公益公开课 2023年12月09日 我就 阅读全文
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宝藏:春卷基因编辑专栏 2023年11月21日 理论上,我从23年6-7月开始做实验,最开始就是做CRISPR KO,后面也是shRNA、dTAG都做,但其实都没玩明白。 尤其是DFCI,看似顶级,其实有钱谁不会玩呢?国内要是有这么多资源、这样的视野,你DFCI还真玩不过,西湖大学就是个例子。 没有 阅读全文
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2023年11月17日 生物体不是简单的机械零件的堆积,而是一个灵动的整体,从细胞层面而言,就是神奇的细胞可塑性。 尤其是cancer cell,它无时无刻都在自我适应和进化,这其中是否涉及到一个统一的表观机制呢? Why cancer cell plasticity?Some cells can 阅读全文
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两种数据类型的转化 10x的数据就是以dataframe形式存储 R处理的数据大部分是matrix,可以用线性代数来解 工具 tidyr pivot_longer() pivot_wider() # tmp <- dep %>% # pivot_longer(cols = -`ModelID`, n 阅读全文