摘要:
featureCounts真的很厉害。 常见的参数(没什么好说的,毕竟是固定的): 关键是以下几个参数怎么设置: 1. 什么时候需要在feature级别计数? 2. 是否要计多重比对? 3. 是否该只用最优比对? When --primary is specified, the -M option 阅读全文
摘要:
很实用的小技巧。 我们shell脚本写好了,但是想一行一行测试,怎么办。 笨方法:每行前面加一个 #,有时候我们原脚本里面本来就有注释,所以想再恢复的时候就麻烦了。 Bash Shell 注释多行的几种方法 阅读全文
摘要:
一直没时间碰这部分的内容,一是不擅长,二是不想摊子铺得太大。 现在是快要毕业了,主要的分析数据也发了,这部分如果再不做,马上别人拿到数据就可以分析了。 还有就是要清理集群,内存不够了,主要的分析做完了就可以给数据存档了。 最近看了一篇NC的lncRNA的分析文章,非常的有新意,当然也是结合了疾病模型 阅读全文
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source activate /home/lizhixin/softwares/anaconda3/envs/splicing 建索引 mkdir GFP_index STAR --runThreadN 6 --runMode genomeGenerate --genomeDir GFP_inde 阅读全文
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http://wiki.bits.vib.be/index.php/Identify_the_Phred_scale_of_quality_scores_used_in_fastQ 用别人的工具会比价靠谱,自己写容易出错,或考虑不周: BBMap as a little tool for this: 阅读全文
摘要:
TrimGalore 就是一个简单的perl wrapper,打包了fastqc和cutadapt,但是却非常实用。 因为cutadapt的参数选择实在是有够复杂,光接头类型就有5种,还有各种参数,大哥,我就想去去接头、trim一下质量而已,你就不能自动搞了吗。不要给选择困难症的我这么多选择啊。 想 阅读全文
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折腾这么多都是白瞎,STAR就有输出没有别对上的pair-end reads的功能 参见:How To Filter Mapped Reads With Samtools I had the same issue but with Paired End Reads, and I solved usi 阅读全文