摘要：
featureCounts真的很厉害。 常见的参数（没什么好说的，毕竟是固定的）： 关键是以下几个参数怎么设置： 1. 什么时候需要在feature级别计数？ 2. 是否要计多重比对？ 3. 是否该只用最优比对？ When --primary is specified, the -M option 阅读全文
摘要：
很实用的小技巧。 我们shell脚本写好了，但是想一行一行测试，怎么办。 笨方法：每行前面加一个 #，有时候我们原脚本里面本来就有注释，所以想再恢复的时候就麻烦了。 Bash Shell 注释多行的几种方法 阅读全文
摘要：
一直没时间碰这部分的内容，一是不擅长，二是不想摊子铺得太大。 现在是快要毕业了，主要的分析数据也发了，这部分如果再不做，马上别人拿到数据就可以分析了。 还有就是要清理集群，内存不够了，主要的分析做完了就可以给数据存档了。 最近看了一篇NC的lncRNA的分析文章，非常的有新意，当然也是结合了疾病模型 阅读全文
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source activate /home/lizhixin/softwares/anaconda3/envs/splicing 建索引 mkdir GFP_index STAR --runThreadN 6 --runMode genomeGenerate --genomeDir GFP_inde 阅读全文
摘要：
http://wiki.bits.vib.be/index.php/Identify_the_Phred_scale_of_quality_scores_used_in_fastQ 用别人的工具会比价靠谱，自己写容易出错，或考虑不周： BBMap as a little tool for this: 阅读全文
摘要：
TrimGalore 就是一个简单的perl wrapper，打包了fastqc和cutadapt，但是却非常实用。 因为cutadapt的参数选择实在是有够复杂，光接头类型就有5种，还有各种参数，大哥，我就想去去接头、trim一下质量而已，你就不能自动搞了吗。不要给选择困难症的我这么多选择啊。 想 阅读全文
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折腾这么多都是白瞎，STAR就有输出没有别对上的pair-end reads的功能 参见：How To Filter Mapped Reads With Samtools I had the same issue but with Paired End Reads, and I solved usi 阅读全文