摘要：
开源的生物信息世界居然有这么个需要注册才能下载的工具，开源世界不是怎么方便怎么来吗？ 这个注册真的麻烦，这里上传了一个可以使用的版本。 RepBaseRepeatMaskerEdition-20170127.tar.gz 想转成fasta可以用如下命令： 其中awk.sh文件内容为： 阅读全文
摘要：
Nr,GenBank, RefSeq, UniProt 数据库的异同 有的文章在做DEG分析时，会把reads比对到RefSeq的转录组上。我也没搞清楚这和直接比对到常规转录组上有什么区别。 文章：Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals Dynamic 阅读全文
摘要：
cutadapt 参考：用cutadapt软件来对双端测序数据去除接头 fastqc可以用于检测，检测出来了怎么办？ 看了几篇高水平文章，有不少再用cutadapt，虽然有时候数据真的不错，但是还是要质控一下，修剪一下。 待续~ 阅读全文
摘要：
The normalization method described above aims to reduce the effect of technical factors in scRNA-seq data (primarily, depth) from downstream analyses. 阅读全文
摘要：
基因组里的小写字母的序列就是soft masking，也就是被标记的重复序列。 怎么把重复序列提取出来，保存为bed文件？ 参考：Uppercase vs lowercase letters in reference genome 阅读全文