摘要：
题目：已知来豆荚斑驳病毒（bean pod mottle virus，BPMV）的名字，查询BPMV基因组信息、核酸序列信息、蛋白序列信息和结构信息 解答： 1.直接搜索，点genome，即可看到病毒基因组信息 2.点击Nucleotide，即可查看相关核酸信息 3.点击Protein即可查看BPMV转录相关蛋白信息 4.结构数据库查询，点击Structure即可，可... 阅读全文
摘要：
参考：吴祖建, 高芳銮, 沈建国. 生物信息学分析实践[M]. 科学出版社, 2010. 薛大牛说过，搞生物信息的不能挑食，有啥就该做啥。 生物信息中的一大热点就是进化分析，推断出一个物种在整个群体中的进化过程。 先读一篇科普文章：（源宜基因） 生物的进化指的是生物群体性质随时间经历的变化。分子生物学的发展大大加快了进化研究的前进步伐，DNA序列，凭借自身相对稳定的进化演变过程和巨大的信息... 阅读全文
摘要：
参考：高通量测序相关名词 Isotig 指在转录组de novo测序时，用454平台测序完成后组装出的结果，一个isotig可视为一个转录本。 Isogroup 指转录组de novo测序中，用454平台测序完成后组装出的结果获得的可聚类到同一个基因的转录本群。 alternative splicing：可变剪切 gene loci：基因座（wiki）， 转录表达谱：又叫基因表... 阅读全文
摘要：
每过一段时间就要读一遍，看看自己现在到底在哪个等级了。 前几天去南京参加两年一度的全国大会CCBSB2014，今年是第六届，见到许多熟识的前辈和老朋友，也结识了不少新朋友。相比于两年前在哈尔滨开的第五届大会，参会人数又多了100多。连大会特邀报告算上，总共76位学者做口头报告，其中30位学者我之前并 阅读全文
摘要：
就是指唯一比对的reads 现在人们已经开始避免使用unique mapped reads这个概念了，而转向使用mapq值来保留高质量的比对结果。因为mapq值反应了一组比对结果发生的可能性，MapQ = -10 log10(P), 比如结果为10，那就是1/10的概率会出现这个比对结果，如果我们认为0.05%是一个小概率的话，那个mapq值为15就可以用于筛选了, 如果认为0.01%是个小概率... 阅读全文
摘要：
你能给别人讲清楚这个概念吗？ 二代测序中，每测一个碱基会给出一个相应的质量值，这个质量值是衡量测序准确度的。碱基的质量值13，错误率为5%，20的错误率为1%，30的错误率为0.1%。行业中Q20与Q30则表示质量值≧20或30的碱基所占百分比。例如一共测了1G的数据量，其中有0.9G的碱基质量值大于或等于20，那么Q20则为90%。 Q20值是指的测序过程碱基识别（Base... 阅读全文
摘要：
这是我们论坛上的一个题目：生信编程直播第一题：人类基因组的外显子区域到底有多... 外显子组的序列仅占全基因组序列的1%左右，但大多数与疾病相关的变异位于外显子区。通过外显子组测序可鉴定约8万个变异，全基因组测序可鉴定300万个变异，因此与全基因组测序相比，外显子组测序不仅费用较低，数据阐释也更为简单。外显子组测序技术以其经济有效的优势广泛应用于孟德尔遗传病、罕见综合征及复杂疾病的研... 阅读全文
摘要：
consensus sequence：称为一致序列。一些遗传元件(如启动子)中反复出现且很少有改变的DNA序列。不同种生物编码同一种蛋白质的基因也会有共有序列。通过序列比较发现相似但不一定完全相同的核苷酸序列或氨基酸序列。 consensus 的意思很多，接下来还会总结。 阅读全文