摘要：
分类 第一章 机器学习基础 第二章 k-近邻算法 第三章 决策树 第四章 基于概率论的分类方法：朴素贝叶斯 第五章 Logistics回归 第六章 支持向量机 第七章 利用AdaBoost元算法提高分类性能 回归 第八章 预测数值型数据：回归 第九章 树回归 无监督学习 第十章 利用K-均值聚类算法对未标注数据分组 第十一章 使用Apriori算法进行关联分析 第十二章... 阅读全文
摘要：
参考： Lander-Waterman Model 这个模型是鸟枪法测序和基因组装的最基本的理论模型，它揭示了测序深度与覆盖度之间的关系。 该模型回答了一个最基本的问题：How many reads to we need to be sure we cover the whole genome? Genome Sequencing - PPT Chapter 5.1. Lander... 阅读全文
摘要：
参考： 五大常用算法之三：贪心算法 算法系列：贪心算法 贪心算法详解 从零开始学贪心算法 一、基本概念： 所谓贪心算法是指，在对问题求解时，总是做出在当前看来是最好的选择。也就是说，不从整体最优上加以考虑，他所做出的仅是在某种意义上的局部最优解。 贪心算法没有固定的算法框架，算法设计的关键是贪心策略的选择。必须注意的是，贪心算法不是对所有问题都能得到整体最优解，选择的贪心策略必... 阅读全文
摘要：
参考： BWT (Burrows–Wheeler_transform)数据转换算法 压缩技术主要的工作方式就是找到重复的模式，进行紧密的编码。 BWT(Burrows–Wheeler_transform)将原来的文本转换为一个相似的文本，转换后使得相同的字符位置连续或者相邻，之后可以使用其他技术如：Move-to-front transform 和 游程编码 进行文本压缩。 1 BW... 阅读全文
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参考： 从前缀树谈到后缀树 后缀树 Suffix Tree—后缀树 字典树(trie树)、后缀树 一.前缀树 简述：又名单词查找树，tries树，一种多路树形结构，常用来操作字符串（但不限于字符串），和hash效率有一拼（二者效率高低是相对的，后面比较）。 性质：不同字符串的相同前缀只保存一份。 操作：查找，插入，删除。 举个例子： 假设有这么几个单词 ... 阅读全文
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参考： Hash table - Wiki Hash table_百度百科 从头到尾彻底解析Hash表算法 谈谈 Hash Table 我们身边的哈希，最常见的就是perl和python里面的字典了，字典有什么性质，给定键就可以直接找到值，字典封装了一种映射关系（散列函数），它和数组完全不同，数组是根据地址来访问值。 定义：给定表M，存在函数f(key)，对任意给定... 阅读全文
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参考： Suffix array - Wiki 后缀数组(suffix array)详解 6.3 Suffix Arrays - 算法红宝书 Suffix Array 后缀数组 基本概念 应用：字符串处理、生物信息序列处理 后缀：学过英语的都知道什么叫后缀，就是从某个位置开始到字符串结尾的特殊子串，记住 Suffix(i)=S[i...len(S)-1]，... 阅读全文