比对软件之STAR的使用方法

 

?

1	source activate /home/lizhixin/softwares/anaconda3/envs/splicing

　　

建索引

?

1 2	mkdir GFP_index STAR --runThreadN 6 --runMode genomeGenerate --genomeDir GFP_index --genomeFastaFiles GFP.fasta

 

普通比对

?

1 2 3 4 5 6 7 8

STAR --genomeDir /home/lizhixin/project/scRNA-seq/GFP_YFP_tracing/reference/all.GFPs.ref \ --runThreadN 10 \ --readFilesIn 7Ala-D60-BO-2-1_S25_L003_R1_001.fastq.gz,7Ala-D60-BO-2-1_S25_L003_R2_001.fastq.gz UE-D60-BO-2-1_S21_L003_R1_001.fastq.gz,UE-D60-BO-2-1_S21_L003_R2_001.fastq.gz \ --outFileNamePrefix HBO \ --outSAMtype BAM SortedByCoordinate \ --outSAMunmapped Within \ --outSAMattributes Standard \ --readFilesCommand gunzip -c

 

主要问题：

• 默认不支持gz格式的fastq，加一行命令即可，记得带-c，否则原文件就被解压了。
• 支持多对fastq文件，格式就是fq1_1,fq1_2 fq2_1,fq2_2　　

 

二次比对

 

用于cufflinks和stringtie的比对

 

待续~

 

参考：比对软件STAR的简单使用