比对软件之STAR的使用方法

 

source activate /home/lizhixin/softwares/anaconda3/envs/splicing

　　

建索引

mkdir GFP_index
STAR --runThreadN 6 --runMode genomeGenerate --genomeDir GFP_index --genomeFastaFiles GFP.fasta

 

普通比对

STAR --genomeDir /home/lizhixin/project/scRNA-seq/GFP_YFP_tracing/reference/all.GFPs.ref \
--runThreadN 10 \
--readFilesIn 7Ala-D60-BO-2-1_S25_L003_R1_001.fastq.gz,7Ala-D60-BO-2-1_S25_L003_R2_001.fastq.gz UE-D60-BO-2-1_S21_L003_R1_001.fastq.gz,UE-D60-BO-2-1_S21_L003_R2_001.fastq.gz \
--outFileNamePrefix HBO \
--outSAMtype BAM SortedByCoordinate \
--outSAMunmapped Within \
--outSAMattributes Standard \
--readFilesCommand gunzip -c

 

主要问题：

  • 默认不支持gz格式的fastq，加一行命令即可，记得带-c，否则原文件就被解压了。
  • 支持多对fastq文件，格式就是fq1_1,fq1_2 fq2_1,fq2_2　　

 

二次比对

 

用于cufflinks和stringtie的比对

 

待续~

 

参考：比对软件STAR的简单使用

 

posted @ 2018-03-27 14:19  Life·Intelligence  阅读(3012)  评论(0)  编辑  收藏  举报
TOP