RepBaseRepeatMaskerEdition下载 | RepeatMasker

开源的生物信息世界居然有这么个需要注册才能下载的工具，开源世界不是怎么方便怎么来吗？

这个注册真的麻烦，这里上传了一个可以使用的版本。

 

RepBaseRepeatMaskerEdition-20170127.tar.gz

 

想转成fasta可以用如下命令：

?

1 2	awk -f awk.sh RMRBSeqs.embl > raw.fasta cat raw.fasta | cut -f1-9 -d' '| sed -e 's/ID   //g' | sed -e 's/repeatmasker\;//g'| sed -e 's/ //g' > RepBase.fasta

　

其中awk.sh文件内容为：

?

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/^ID/   {printf(">%s;",$0); next;} /^(PT|PA)/  {printf(" %s;",$0); next;} /^\/\// {printf("\n"); next;} /^    / {printf("\n%s",substr($0,5)); next;}     {     /* ignore default */     } END   {     printf("\n");     }