用R的igraph包来画蛋白质互作网络图 | PPI | protein protein interaction network | Cytoscape
igraph语法简单，画图快速。
Cytoscape专业，个性定制。
最终效果图：
当然也可以用Cytoscape来画。
参考：Network visualization with R
http://www.360doc.com/content/17/0305/22/19913717_634279918.shtml
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