数据库总结（转）

转自生信技能树微信公众号，作者果子

距离上次的承诺已经过去了1月，今天就来补上上回的坑。
说实话，现在大部分公众号已经创作乏力，我估摸着已经1个月没有点开关注的公众号了，因为在上一个月我就发现，
已经没有什么能够让我虎躯一震，要知道在以前我可是每天刷新，不断收藏的，要不然印象笔记里面也不会有1万多条笔记，以前不知道如何分享，权当做自己的精囊，写错了是锦囊，都是在师妹困难的时候发挥作用，而现在，微信允许跨公众号内插帖子链接，今天我就要把他们全部放出来。

我要申明一点，如果你把这个帖子看完后，还觉得自己拿不到课题，发不了文章，我觉得，你可能需要换个团队，或者换个脑子。
我就是掌握了这些数据库的用法，才变成了现在的我。而我学习编程，是为了更加自由。

需要强调的是，这里面大部分数据库我都使用过，但是遗憾的是，当年我并没有记录使用的感受，以及各个帖子对于新手的友好程度，甚至在使用
某些数据库时，干脆自己把使用文档看了一遍，不过，没关系，你只要知道，想到达到什么目的该用什么数据库就可以了。

对于TCGA感兴趣的，可以参考之前的导航帖，那也是这个坑的由来：
TCGA教程大合集：不会编程是常态，但永远难不倒努力前行的临床医生

下面我们正式开始：

芯片分析：

其实这边跟TCGA帖子有点重合，说到底，数据挖掘有两个作用

没有课题的时候产生课题
没有机制的时候提供思路

如何挖别人的数据，写自己的标书
 如何挖别人的数据，写自己的标书 II
如何挖别人的数据，写自己的标书 3
表达谱数据挖掘神器，一个就够！（上）

长链非编码RNA相关：

按照上面的说法，我觉得目前科研就围绕两个字进行，调控，转录调控，翻译调控，表观遗传，然而那些非编码RNA发挥越来越多的调控作用，
这篇帖子要看看
（文章篇）S5E53：标准化lncRNA课题设计
但是我们同时看到，大部分团队对于长链非编码RNA的研究只是出于浅表状态，而我们理解的就是
老老实实地做RACE确定全长
通过RNA-pulldown确定结合蛋白，或者其他方法确定结合的DNA，ＲＮＡ，
然后再证明如何起作用，好的文章只做了一件事情，把事情说清楚。
然后再看看下面的帖子吧。
如何预测LncRNA与蛋白的相互结合？
你的lncRNA是否因SNP而发挥了不同的作用？导致预后的不同？
要怎么证明LncRNA是LncRNA？！
（工具篇）：神器之——lncRNA编码能力预测
 如何用BLAST来预测lncRNA相关的miRNA
为啥你辛辛苦苦做的lncRNA会被reviewer毙掉
 如何绘制高大上的RNA二级结构图？
（工具篇）：神器之——lncRNA编码能力预测
 如何查询分子的物种保守性？
如何预测lncRNA的靶基因？

环状RNA相关：

对于环状ＲＮＡ，我有个奇怪的想法，临床医生做到这一块的内容，实际上自己能做的少之又少，
如何筛选环状ＲＮＡ，请公司做测序
如何分析环状ＲＮＡ，生信公司给你作图
如何设计引物验证，实际上你不会
如何让ＲＮＡ成环，你也不会，请公司做
如何敲减，还是不会，实际上很困难
所以，一般的团队跟我讲，实际上是同学自豪地跟我说，他研究的方向是环状ＲＮＡ，实际上我的心内五味杂陈，最后汇成一句“你们团队好牛逼”
circRNA 引物设计
 环状RNA定量PCR技术详解
 circRNA研究必备神器之傻瓜攻略大全
 你不能不知道的2个CircRNA研究在线工具！
circRNA研究必备工具：circRNA翻译潜能预测
 非编码RNA真的不编码吗？9张图告诉你答案
 环状RNA翻译蛋白研究技术思路剖析
 Cell子刊连续两篇环状RNA翻译蛋白文章发表！
circRNADb：首个汇总编码蛋白环状RNA的数据库
 Nature Reviews Genetics探讨环状RNA研究方法现状

碎碎念：
实际上看到这里的人不多，因为这样的帖子肯定是要收藏的，肯定是要跟自己说，以后会好好看的，可是多半不会看。大部分朋友蠢蠢欲动心急火燎地要学习生信，往往无疾而终，心灰意冷的时候，看看这篇帖子，你会重新打量人生，重振雄风的，因为你会发现，想要解决的问题，都有人给你提供方案了。（这些帖子有可能被其主人删除，早看早）

posted @ 2017-08-02 10:00 Life·Intelligence 阅读(1572) 评论(0) 编辑收藏举报

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数据库总结（转）

芯片分析：

单基因信息汇总数据库：

转录调控相关：

表观遗传相关：

长链非编码RNA相关：

环状RNA相关：