OTU rank curve(Rank Abundance 曲线)【基本概念】
16S结题报告中都会有这么一张图:
这张图是OTU Rank曲线,该曲线可以展示样品的多样性。而样品的多样性常通过以下两个方面进行解释:物种的丰富程度和均匀程度。Rank曲线中,曲线在横轴上的跨度越长,表明样品的物种含量越丰富;曲线越平坦,表示样品的物种组成越均匀。
图中,横坐标按照丰度由高至低排序的OTU数量,纵坐标为OTU丰度。样本曲线的延伸终点的横坐标位置为该样本的OTU数量。若曲线越平滑下降,表明样本的多样性高;若曲线快速陡然下降。则表明样本中的优势菌群所占比例高,多样性低。
relative abundance:就是该OTU所包含的序列数除以总的序列数,从上图可以看出丰度最高的OTU在10%~100%。
不搞清楚原理,这张图还是很难理解的。
这有点类似于计算N50,把所有OTU按照相对丰度排序,然后一个一个叠加,假设第一个OTU20%,第二个OTU15%,然后依次往后画图,连成一条线。
实际上我们最后画图的表格就是下面这样的,很简单明了。
该图的意义:
1. 物种的丰富程度,横坐标看到底有多少个OTU
2. 物种的均匀程度,纵坐标随横坐标移动趋势,看OTU丰度的分布趋势,是速降,还是缓慢下降。
参考资料:
内部结题报告