基因家族收缩和扩张分析 & Selective loss pathway & 泛基因组
套路
这通常就是基因组组装后的必做分析,通过比较基因组学的手段进行分析,可以知道所研究物种在进化过程中哪些核心基因家族发生了变化,从而导致了其特殊的适应性机制的形成。
参考:
Extremotolerant tardigrade genome and improved radiotolerance of human cultured cells by tardigrade-unique protein. – Nature Communication
微信搜狗搜一下(意想不到的收获很多,有很多文献总结):
CYP450、MHC、NBS、TPS四大基因家族相关研究
Selective loss of the calcium ion signaling pathway in T cells maturing toward a T helper 2 phenotype.
就是指定的pathway丢失了。。。
泛基因组指通过基因组de novo组装策略,构建多个不同亚种或生态型的全基因组序列,从而完善该物种基因集并获得个体的特异基因信息。通过不同属/种/亚种内物种的测序分析,我们可以获得物种的 core-genome 和 unique-genome。
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