unique mapped reads

就是指唯一比对的reads

现在人们已经开始避免使用unique mapped reads这个概念了，而转向使用mapq值来保留高质量的比对结果。因为mapq值反应了一组比对结果发生的可能性，MapQ = -10 log10(P), 比如结果为10，那就是1/10的概率会出现这个比对结果，如果我们认为0.05%是一个小概率的话，那个mapq值为15就可以用于筛选了, 如果认为0.01%是个小概率的话，mapq值为20就可以用于筛选了。但是人们往往从30这个值开始试起（1/1000的概率），如果它的筛选结果符合你的测序要求，就可以使用它了。如果不行，可以适当的调整这个筛选值。

samtools view -bhS -q 30 input.sam > output.bam

参考：关于map当中的unique mapped reads问题