真核转录组(denovo/resequencing)及案例分析

参考：

转录组文章的常规套路

文章解读：《Science》小麦转录组研究文章

转录组数据饱和度评估方法

Paper这个东西是多么的诱人，可以毕业，可以评职称，可以拿绩效。

现在的文章都是有套路的，也不能说是水文，但大多是一个模式下的产物，真正有价值的好文其实是少之又少的。

大部分的Paper都是八股文，只需要填词就好了。

 

Transcriptome analysis of leaves, roots and flowers of Panax notoginseng identifies genes involved in ginsenoside and alkaloid biosynthesis - BMC Genomics201516:265 DOI: 10.1186/s12864-015-1477-5

转录组测序研究人参的皂苷和生物碱合成的基因

普及词汇：Transcriptome（转录组），Panax notoginseng（三七、田七、人参），ginsenoside （人参皂苷），alkaloid（生物碱）

triterpene saponins（皂苷）、

研究方法及结果：转录组分析了三个组织（叶、根、花），组装后有107,340 unigenes，9,908 unigenes were assigned to 135 KEGG pathways，270 unigenes were identified to be involved in triterpene saponin biosynthesis。

深度剖析：本文做了什么呢？没有处理，直接取了三种组织的样品，做转录组测序分析，组装，得到unigenes；然后就是与已知的数据库（KEGG）比对，搜索出了一大堆的注释信息，挑出注释到关键代谢通路上的unigenes；最后做一个验证。