Lander-Waterman model

参考：

Lander-Waterman Model

 

这个模型是鸟枪法测序和基因组装的最基本的理论模型，它揭示了测序深度与覆盖度之间的关系。

该模型回答了一个最基本的问题：How many reads to we need to be sure we cover the whole genome?

Genome Sequencing - PPT

Chapter 5.1. Lander-Waterman Statistics for Shotgun Sequencing

 

这个模型是用来做基因组装的。
鸟枪法做了shotgun后，每个碱基被检测的概率是很小的，碱基长度长，
即 p小，n长，二次分布就近似为泊松分布。
在这个理论下，碱基期望深度，（就是每个碱基被检测的次数）为泊松分布的期望值u，基因组覆盖率为1-exp(-u)。