同源序列比对和进化树的绘制（转）
转自：果子学生信 微信公众号
题目：结合本研究领域，利用核酸（NCBI、EMBL和DDBJ）和蛋白质（SWISSPROT）找出你感兴趣的基因或蛋白质，并找出其同源的基因或者蛋白，分析它们的进化历史
解答：
1.找出感兴趣基因或蛋白的序列
2.找出其同源的基因或蛋白
3.净化分析
如何获取感兴趣的基因（蛋白、miRNA、lncRNA等）：1.移植性研究，看文献，移花接木；2.原创性研究，前期芯片和测序的结果，筛选出差异基因；3.数据库挖掘，找别人数据里面潜在的信息；4.合作。
本课程的示例蛋白：APOBEC3A
1.得到上一期课程中查询得到的该蛋白质的序列
>AKE33285.1 APOBEC3A [Homo sapiens]
MEASPASGPRHLMDPHIFTSNFNNGIGRHKTYLCYEVERLDNGTSVKMDQHRGFLHNQAKNLLCGFYGRH
AELRFLDLVPSLQLDPAQIYRVTWFISWSPCFSWGCAGEVRAFLQENTHVRLRIFAARIYDYDPLYKEAL
QMLRDAGAQVSIMTYDEFKHCWDTFVDHQGCPFQPWDGLDEHSQALSGRLRAILQNQGN
2.搜索同源蛋白
1.进入NCBI，使用网页版BLAST工具
2.选择功能
3.填写参数，运行
4.基本解释：从上到下依次是：基本情况、保守区域、图形展示、比对的同源序列和得分、
5.选前30条结果，做多重比对
6.下载保存
3.画出进化树
1.下载安装MEGA
2.convert file to MEGA
3.回到主程序，打开刚保存的文件，选蛋白
4.第一个按钮是序列比对的结果，我们选择
做进化树，选第二个 neighbor joining
5.结果就出来了
6.美化结果
附录：
常见的建树方法
建树的功能
- 推断基因/蛋白的功能
- 基因/ 蛋白家族分类
- 计算基因分化的年代
