序列搜索/启动子分析/同源建模（转）
转自：果子学生信 微信公众号
第一题：利用核酸和蛋白质数据库下载“Homo sapiens apolipoprotein B mRNA editing enzyme, catalytic polypeptide-like 3A (APOBEC3A)”的核酸序列和蛋白质序列，在核酸水平上分析启动子序列，并进一步对蛋白质的结构进行同源建模
解答：
- 查询APOBEC3A的核酸和蛋白质序列
- 在核酸水平上分析启动子序列
- 对蛋白质进行同源建模
1.1 找核酸序列
1.NCBI搜
2.查DNA序列，选human
3.进入
4.往下找FASTA
5.得到序列
1.2 找mRNA序列
1. NCBI搜
2.选人的
3.选FASTA
4.得到序列
1.3 找蛋白质序列
1.NCBI搜
2.选人的
3.找FASTA
2.1 找出启动子序列
1.查找基因，进入Map Viewer
2.进入dl
3.
表示基因在染色体上的位置
4.
5.改坐标，从-2000-+200
6.
即为所要
另一种办法：
1.
选GenBank
2.
正向的序列前面数字-2000，反向的后面数字+2000
3.更新
4.保存为FASTA格式，后面会用到
2.2 找出转录因子的结合位点
问题：找出转录因子c-Myc与基因APOBEC3A的TFBS
1.进入JASPAR数据库，检索
2.粘贴前面的完整的FASTA序列，包括序列名称信息，勾选，开始扫描
3.strand为-1的无意义，选分数高的
3.1 利用同源建模法预测蛋白质结构
蛋白质三级结构比一级结构保守得多，所以可以通过数据库比对找到同源序列，从而预测出某蛋白质的三维结构
1.打开SWISS-MODEL数据库
2.start modeling，填入蛋白质序列，build model
3.结果很多很复杂，需要慢慢看
