比对工具之 BWA 使用方法
BWA算法简介:
- BWA-bactrack
- BWA-SW
- BWA-MEM
BWA安装:
# installing BWA tar jxf ~/software/bwa-0.7.10.tar.bz2 -C /opt/biosoft/ cd /opt/biosoft/bwa-0.7.10/ make echo 'PATH=$PATH:/opt/biosoft/bwa-0.7.10' >> ~/.bashrc source ~/.bashrc
BWA使用步骤:
- 使用BWA构建参考基因组的index数据库
- BWA-MEM比对(BWA-SW 和 BWA-backtrack用的少)
具体命令:
# 创建运行目录并进入 mkdir -p ~/train/05.reads_aligment/bwa cd 05.reads_aligment/bwa/ # 为原始数据创建软链接,方便数据处理 ln -s ~/data/00.incipient_data/data_for_gene_prediction_and_RNA-seq/genome.fasta ln -s ~/data/00.incipient_data/data_for_variants_calling/F2-19.?.fastq ./ # 创建参考基因组的索引 bwa index genome.fasta -p genome # 比对创建sam文件 bwa mem -t 4 genome F2-19.1.fastq F2-19.2.fastq > F2-19.mem.sam
核心命令及其参数
bwa index $ref bwa mem -t $NP -M -R "@RG\tID:$sample\tLB:$sample\tSM:$sample\tPL:illumina\tPU:$sample" $ref $fq1 $fq2 > $out/bwamem_$sample.sam -t # INT Number of threads -f # 没找到 -M # Mark shorter split hits as secondary(为了Picard兼容性) -R # Complete read group header line. ’\t’ can be used in STR and will be converted to a TAB in the output SAM. The read group ID will be attached to every read in the output. An example is ’@RG\tID:foo\tSM:bar’.
注意:我们暂时还没有使用到对比对结果有影响的参数,目前所有的参数都是固定的。
参考资料:
NGS生物信息分析 V4.2
Manual Reference Pages - bwa (1)
BWA参考手册(翻译)