TCGA+GTEx基因表达数据合并 | 多癌种表达分析
这个功能GEPIA2已经实现了，http://gepia2.cancer-pku.cn/#dataset
但问题是它的数据不能导出，原图太丑，不能直接发表，那就没办法了，只能自己下载数据作图了。
TCGA数据可以批量下载
GTEx数据也很容易下载
但如何把TCGA的cancer type比对到GTEx特点组织 ，还是有点难度的。
有些cancer没有对应的正常组织，有些正常组织也没有对应的癌症。
最终终于在这里找到了对应的表。
- http://gepia2.cancer-pku.cn/#dataset
- TCGA GTEx数据联合分析流程
注意：
- TCGA的数据还是很粗犷的，得到什么DEG完全取决你怎么比；
- 得到靠谱DEG的前提：对比组选对了，样本量足够大，否则就是扯淡；
其实UCSC Xena已经把整合的数据整理好了，这里可以直接下载，省去了大量的curation的时间：
- A combined cohort of TCGA, TARGET and GTEx samples
- https://xenabrowser.net/datapages/?cohort=TCGA%20TARGET%20GTEx&removeHub=https%3A%2F%2Fxena.treehouse.gi.ucsc.edu%3A443
奇怪的点：
- UCSC Xena下载的TPM里居然有大量负数，扯淡了；
- 最终可以用这个替代：RSEM expected_count (DESeq2 standardized)
小常识：TARGET data is intended exclusively for biomedical research using pediatric data
这是儿科的数据，可以过滤掉。
参考：http://localhost:17435/notebooks/data_center/public_DB/TCGA-GTEx-all-Cancers.ipynb
参考：
