从零开始学生存分析 | Cancer生存分析 | Survival Analysis with R
目录：
- 什么是生存分析，生存分析的数据格式是怎样的，KM曲线是如何绘制的；
- 如何用TCGA数据进行生存分析？
- 如果要你做一个临床试验（或者小鼠试验），怎么收集数据，怎么绘制KM图，怎么做Cox分析？
如果要你做一个临床试验（或者小鼠试验），怎么收集数据，怎么绘制KM图，怎么做Cox分析？
- 首先，明确end point事件，比如OS，RFS；
- 其次，记录事件发生的时间，审查时事件没发生也可以记录，称为Censoring；
- 最后，把数据总结为最少两列，即time（比如OS）和status（Censoring or not），这样就是一条KM线；
- 额外的，还可以有多余的分组，进行组间比较，进行Cox分析；
做小鼠实验就更简单了，设置终点事件，分组，每隔一段时间去记录事件。
2024年08月02日
参考：
- R语言生存分析上（Survival analysis）
- 如何阅读一张生存曲线KM图？
- 快速web做生存分析：http://gepia2.cancer-pku.cn/#survival
- TCGA的生存分析究竟应该看临床数据的哪一列？
产生删失的可能原因
①随访截止，终点事件仍然没有发生；
② 中途失访，无法明确观察的研究对象是否发生了终点事件和具体的发生时间；
③ 研究对象由于不配合等其他原因，中途退出研究，无法继续进行随访；
④ 研究对象死于其他事件，例如因其他疾病造成死亡。
2024年07月31日
药物干预的鼠或人的生存曲线是最让人信服和兴奋的结果。
生存分析其实只是关联分析，但因为药物干预在先，所以就是causal的分析。
参考tutorial：
类似genetics的mutation，生存分析也是significance的一个重要来源。
也是很多项目的起点，它可以回答“为什么你要研究这个基因？”。
SMYD5的高表达显著降低了gastric cancer的Survival，这是今天这个汇报的起点。
然后就是找下游的蛋白me3的target，找到了另一个rpl40，然后后面都是套路的研究，整个机制图非常简单，但其实做起来非常难，我不理解为什么这个能投Nature，行外汉。
Colorectal Cancer Subtyping Consortium (CRCSC): doi:10.7303/syn2623706
https://www.synapse.org/#!Synapse:syn2623706/wiki/67246
https://github.com/jmzeng1314/survival/tree/master
生存分析系列
