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最新分析
2025年04月18日
合作项目,需要用到CCI分析
单细胞数据,CCI细胞互作绝对算得上最fancy的一个板块了,大量研究表面,细胞间的相互作用决定了细胞的功能,从而与表型和疾病直接相关。
这是个prostate cancer的项目
用的小鼠数据,有single-KO,相当于早期的PC或者接近Normal,还有Triple-KO,相当于成熟态的PC,KO就是多少个抑癌基因的缺失。
我的分析的逻辑是,先找到mature PC里高表达的基因,NEPC是其特异的cell type
我需要做Cellchat分析,只需要做三个well known的celltype即可,已经有很多已知的CCI,我们要找novel的。
局限性:mRNA始终只是表达的数据,mRNA的表达也许与ligand的分泌和receptor在细胞膜上的表达相关,这是这个CCI分析最强的一个假设。
我猜,这个假设在50%的情况下可能是错的,所以,一定要做实验验证。
代码参考:http://localhost:17449/lab/tree/projects/collaborate/JingjingChen/public_GSE_singlecell.ipynb
历史记录:http://localhost:17449/lab/tree/shared_dataset/zhixin/1_all_integration/cellchat.ipynb
参考:
- CellChat细胞通讯分析(三)多组别比较分析 - 一二三
- CellChat细胞通讯(二)可视化篇
- CellChat细胞通讯分析(一)
- 细胞通讯分析之CellphoneDB初探(一)
- 细胞通讯分析之CellphoneDB(二)可视化篇