转录相关signalling pathway活性打分 | 常见打分系统 | PROGENy

 

2023年04月24日

参考：decoupleR：丰富你的通路富集分析结果

 

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2022年12月28日

没想到碰到了一个神器：PROGENy。可以给常见的14种signaling pathway活性打分。

参考：看着14个肿瘤相关通路活性就够了

 

buik RNA-seq: http://localhost:17435/notebooks/projects/cut_run/HDAC/RNA-seq.ipynb

scRNA-seq: http://localhost:17435/notebooks/projects/ApcKO_multiomics/3.DEG_pathways.ipynb 

 

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历史分析：

• pathway是一个不得不研究的主体，比如我们的paper就给很多GO pathway的基因打分了，很简单就是一个求均值。
• 关于complex的活性打分，就得使用几何平均，因为缺失任何一个都会导致complex失活。

 

现有工具：

• AUCell allows to identify cells with active gene sets (e.g. signatures, gene modules...) in single-cell RNA-seq data. AUCell uses the "Area Under the Curve" (AUC) to calculate whether a critical subset of the input gene set is enriched within the expressed genes for each cell.
• 为基因集进行打分常见的富集分析软件GSVA
• Calculate module scores for feature expression programs in single cells：AddModuleScore

 

目前任务：给Wnt和RA通路打分

初步设想：分component activity和target gene activity两个维度来衡量。

 

参考文献：wnt signaling target genes

• Wnt target genes and where to find them
• Wnt Target genes
• Multiple Targets of the Canonical WNT/β-Catenin Signaling in Cancers
• Wnt/β-Catenin Target Genes in Colon Cancer Metastasis: The Special Case of L1CAM
• Comprehensive analysis of β-catenin target genes in colorectal carcinoma cell lines with deregulated Wnt/β-catenin signaling

 

待续~

 

参考：

• Seurat包的打分函数AddModuleScore