转录相关signalling pathway活性打分 | 常见打分系统 | PROGENy

 

2023年04月24日

参考：decoupleR：丰富你的通路富集分析结果

 

 

2022年12月28日

没想到碰到了一个神器：PROGENy。可以给常见的14种signaling pathway活性打分。

参考：看着14个肿瘤相关通路活性就够了

 

buik RNA-seq: http://localhost:17435/notebooks/projects/cut_run/HDAC/RNA-seq.ipynb

scRNA-seq: http://localhost:17435/notebooks/projects/ApcKO_multiomics/3.DEG_pathways.ipynb 

 

 

历史分析：

  • pathway是一个不得不研究的主体，比如我们的paper就给很多GO pathway的基因打分了，很简单就是一个求均值。
  • 关于complex的活性打分，就得使用几何平均，因为缺失任何一个都会导致complex失活。

 

现有工具：

  • AUCell allows to identify cells with active gene sets (e.g. signatures, gene modules...) in single-cell RNA-seq data. AUCell uses the "Area Under the Curve" (AUC) to calculate whether a critical subset of the input gene set is enriched within the expressed genes for each cell.
  • 为基因集进行打分常见的富集分析软件GSVA
  • Calculate module scores for feature expression programs in single cells：AddModuleScore

 

目前任务：给Wnt和RA通路打分

初步设想：分component activity和target gene activity两个维度来衡量。

 

参考文献：wnt signaling target genes

 

待续~

 

参考：

 

posted @ 2022-08-18 23:21  Life·Intelligence  阅读(450)  评论(0)  编辑  收藏  举报
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