提交自己开发的R包到CRAN或Bioconductor
2023年02月09日
Note：要在包里加入新的data，就必须同名，在R里的名字要和文件名一模一样，否则会报错。（Error: 'mouse.house.keeping.gene' is not an exported object from 'namespace:bt2m'）
2023年01月17日
namespace文件里的标点符号要特别注意，逗号句号。
主函数里面的函数头描述非常重要，不要重复。
一旦框架搭起来了，后面开发就简单了。
在notebook里做分析，可视化，然后把代码打包起来，有一个基本的函数就可以了；
函数的调试有点复杂，那么可以直接去壳运行（API赋值），直接查看每一步的结果是否符合预期，不符合就不断debug调试；
复杂一点的函数非常有必要画一个算法流程图，明确每一步都是在干啥；
Rscript -e "devtools::document()" && cd .. && R CMD Rd2pdf bt2m && mv bt2m.pdf bt2m && cd bt2m
上面的命令第一步就是检车包、生成文档，第二步就是生成pdf。
Rscript -e "devtools::document();devtools::check();devtools::build()"
这个才是完成的编译包的命令。
需要clean包里的内容
- notebook
- bt2m.pdf
check之后必须解决所有warnings才能build。
常见有如下几种warnings
Namespaces in Imports field not imported from:
This message appears when you include a package in the Imports: field in DESCRIPTION file and no function in this namespace is called by any function of the package. In this case, it means that in the R code of the package there was no call like tydir::fun, where fun represents any function of that package.
To solve it, simply delete the reference to the package in Imports: field within DESCRIPTION file. This was fixed in this commit for the package involved in the question: clustRcompaR.
Undocumented arguments in documentation object
去修改指定函数的document就行
Files not of a type allowed in a ‘data’ directory:
删掉无关文件
Note: significantly better compression could be obtained
压缩rda
2023年01月11日
整体流程就是：
1. 从空包开始，添加函数、数据，确保包能被devtools正常编译安装；
2. 自动构建document，生成GitHub page；
3. 不断调试优化，添加新功能；
在DFCI二次启动，又有了一些新的想法，iterbi换个马甲，bt2m这个名字更加经典。
重新配置基本的开发环境，R studio和R，Mac上就不要用conda了，因为搞不了什么大数据分析，容易紊乱。【不要让两个R kernel共享一个libPath，会corrupt】
直接用conda里的R的开发环境，不要用Rstudio，除非万不得已。
基本的devtools，生成PDF时需要用MacTeX，在Mac上安装一下。【那Linux就没法生成了？】需要一些依赖包。
# for Rscript build
install.packages(c("fs", "cli", "rlang", "magrittr", "mime", "glue", "purrr", "roxygen2"))
要看懂报错，是mac缺了一个latex工具，brew装一个basictex即可，Where do I get the pdflatex program for Mac?
报错后继续寻找解决方案：inconsolata missing to build R vignette
install.packages("knitr")
library(knitr)
install.packages("tinytex")
tinytex::install_tinytex()
走了很多弯路，最后这个解决了，字体的原因。【不要用MacPort，Mac就用Brew】
# LaTeX tools like pdflatex brew cask install basictex # Install texlive packages needed to build R package vignettes sudo tlmgr update --self sudo tlmgr update --all sudo tlmgr install titling framed inconsolata sudo tlmgr install collection-fontsrecommended
以及自己包所依赖的一些包，建议不要依赖太复杂的包，容易安装失败，然后用户就直接退出了。
用pkgdown来开发R包的网站，非常方便。
- https://pkgdown.r-lib.org/
- 用pkgdown为R程序包建立网站
做生信的最终梦想，就是自己开发一款热度极高的R包，在历史上留下一笔。
之前的开发经验非常重要：https://github.com/leezx/Toolsets
Bioconductor Packages: Development, Maintenance, and Peer Review - 总教程
Building packages for Bioconductor by Rstudio - 创建空的R包模板
All Packages - 查询目前所有的single cell的R包
1. 取个R包名，这个后面就不要改了；
2. 用Rstudio来创建和管理R包；
3. 链接到GitHub备份【推荐GitHub desktop】；
参考Seurat包的布局：https://github.com/satijalab/seurat
R里面的独立脚本
- data.R
- visualization.R
- bifurcated_clustering.R
- differential_expression.R
加入新的功能文件夹
- data
- inst
- vignettes
4. 在本地测试开发R代码，函数名、变量名取好一点，然后就可以导入到包的R文件夹里了；
这是最主要的步骤，需要耐心设计，基本包含了包的全部功能。
- 最开始，随便哪一个开发数据集，在jupyter里以数据分析的形式开始开发，能分析出自己满意的结果未知；
- 然后，模块化，按核心功能，把代码封装成函数，设置好参数和输出结果；
- 接着，重命名关键变量和函数，将函数导入到R package里开始以source的方式调试；
- 然后，在函数上面写doc，这个比较简单；
- 最后，在GitHub发布R包，安装后，最少用5种不同的数据集测试代码，发现bug，然后debug，循环几次就差不多了。
函数命名法则
- 驼峰命名法，首字母大写，单词间不要间隔，以后每个单词首字母大写
- “.”用于结尾，表示多态性
- 名字不太太长，否则很丑，名字多是动词短语或名词
- 用sublime批量修改比较方便
变量命名
- 变量统一小写
- 变量用"."分割
包的设置
DESCRIPTION文件
主要是import package、author的格式
参考：https://github.com/satijalab/seurat/blob/master/DESCRIPTION
gitdoc自动生成文档
每次运行之前记得备份namespace文件，会自动覆盖。
Rscript -e "devtools::document()" && cd .. && R CMD Rd2pdf iterbi && mv iterbi.pdf iterbi && cd iterbi
测试【check之前必须移除无关的文件，比如pdf，教程文档等】
Rscript -e "devtools::document();devtools::check();devtools::build()"
其实写个包还是挺难的，有太多注意事项了。
- 写一个函数，初步完成指定功能，明确输入输出；
- 函数名、变量名，API的泛化、debug；
- 撰写文档，一个参数都不能少；
- 确定依赖包，需要在description和namespace里说明；
- 通过check【check一下都要接近10分钟】；
很多事情都要不断的打磨：
- 泛化，随着测试数据集的变化，总有不同的condition，就需要不断的泛化
- 命名，根据对分析理解的加深，会有新的命名方法
删掉所有注释再提交到GitHub
设计原则
如何提交到Bioconductor？
文章发表
如果真想做一个好包，那就把开发的逻辑梳理清楚，然后投稿，差不多接收了就可以把包提交到bioconductor。
一些报错
Error in get(genname, envir = envir) : object 'testthat_print' not found
rlang is a collection of frameworks and APIs for programming with R.
Update testthat to 3.0.0 or newer.
install.packages("rlang", dependencies = c("Depends", "Imports", "LinkingTo", "Suggests"))
Dependence on R version ‘3.6.2’ not with patchlevel 0
CRAN check warning: Dependence on R version '3.4.3' not with patchlevel 0 【不要到补丁号】
roxygen2 generate namespace【自动生产新定义的函数，在namespace文件里自动export一下】
Namespace dependencies not required 【所有在namespace里import的都要在description里import】
Error: object ‘str_wrap’ is not exported by 'namespace:ggplot2' 【搞错了】
Undefined global functions or variables 【dataframe等的列名，需要加入global】
【description里面一个要句号，一个不能有句号，要求很严格】
Malformed Title field: should not end in a period.
Malformed Description field: should contain one or more complete sentences.
参考：
