Trios | 家系研究
问题：
- Trios分析的基本原理和假设
- Trios分析应用的场景？
- Trios与其他方法相比的优缺点
- Trios研究的经典案例
Trios分析的基本原理和假设
从医院的病例开始，我们收集了一些特病表型的病人，不知道致病原因pathogenesis，有可能是遗传病genetic，也有可能是外在因素导致的environmental。
最开始的探索手段就是，测序，然后找编码区序列的变异，是否有能定位到的失活蛋白，然后去小鼠里验证，如果该疾病就是由一个基因导致的，那就叫做单基因病。
致病突变的必要条件——家系遗传共分离
如果一个变异是导致某种单基因病的，那么患者一定是以致病方式携带（比如对于常染色体显性遗传病，就是杂合携带，对于常染色体隐性遗传病，就是纯合或复合杂合方式携带），而其没有患病的家族成员（比如其父母）则应该是以非致病方式携带（比如对于常染色体显性遗传病，就是不携带的野生型，而对于常染色体隐性遗传病，就是杂合携带或不携带）。这种在一个家系里，相同表型和基因型的连锁绑定，以及不同表型和基因型的明确区分，被称为遗传学共分离。
遗传学共分离现象为判断变异的致病性提供了重要依据。
Trios分析应用的场景？
高效筛选病人群体里的致病的编码区突变，找到直接与疾病关联的基因。
Trios与其他方法相比的优缺点
传统的遗传病基因检测，由于成本原因，大多是先检测先证者的编码区序列，如果发现了可疑的变异，再用Sanger测序验证其父母是否携带该变异，进而判断是否存在遗传共分离，这可以叫做“单人再验证”模式。
家系（Trios）模式则是一次同时对先证者及其父母进行NGS检测，对先证者的每一个变异都进行三人的平行比对，看是否符合共分离。
与GWAS比
sample size太小，只能鉴定出特定家系里面的致病突变，这些突变可能是非常rare的coding突变。
Trios研究的经典案例
Nature Genetics | Trios模式的全外显子捕获测序揭示疾病新机制
Causal inference in genetic trio studies
参考：
