相关性correction | 关联性association | 因果性causality | pathogenicity致病性

引言：

• GWAS通过association test来找trait或disease的关联的SNP
• eQTL也是通过关联性来找gene expression相关的locus
• 转录组层面也频繁利用相关性来找某个regulator的target

 

已经看到问题的核心了，co，就是同时出现（离散），同升同减（连续，positive co）。

co不等于causal，找causal必须要去挖掘其物理上的联系，比如fine mapping就是通过epigenetic的数据来找，基因调控的causal就肯定要做实验。

 

我发表的几篇paper里也都是用correction来找调控机制，gene expression和AS event。

 

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这里有个不错的教程，找mRNA和lncRNA的调控关系：特定mRNA基因的相关性lncRNA计算

核心就一句话，gene expression的相关性，一行代码即可。

但这篇教程有如下几个亮点：

• 根据pathway缩小计算范围
• 几个R包的灵活运用
• 相关性的P值

以下把其代码跑了一遍：