nextflow | nf-core | 生物信息流程
还是跟小孩一样,喜欢玩,尤其是这种搭积木的游戏,其实真的没什么技术含量。
但科研分析是反标准化的,如果你的paper只是pipeline出来的,那最多也就3分。
有必要搭建流程吗?
- 就一批小数据,那就随便搞,没必要标准化流程
- 经常拿到新data,那就可以考虑一下了,一键执行很快乐
- 公司级别的业务,持续产出data,那就必须搭建一个高质量的流程
平常我们都是怎么写pipeline的?
- 一个shell脚本串流程
- BGI大公司的做法:拆分、标准化、API化
为什么写pipeline很耗时间?
- 安装工具
- 搭建流程
- 流程测试
- 修复bug
https://www.nextflow.io/
作为researcher,pipeline这种东西,看懂别人的就行,真没必要耗费大部分精力去自己搭建和完善,除非你是真的想转行做技工了。
找到自己的定位,明确自己的科学问题,协助发现有意义的生物学规律,发paper,申请funding,冲刺顶刊,不要玩物丧志。