nextflow | nf-core | 生物信息流程

 

还是跟小孩一样，喜欢玩，尤其是这种搭积木的游戏，其实真的没什么技术含量。

但科研分析是反标准化的，如果你的paper只是pipeline出来的，那最多也就3分。

 

有必要搭建流程吗？

• 就一批小数据，那就随便搞，没必要标准化流程
• 经常拿到新data，那就可以考虑一下了，一键执行很快乐
• 公司级别的业务，持续产出data，那就必须搭建一个高质量的流程

 

平常我们都是怎么写pipeline的？

• 一个shell脚本串流程
• BGI大公司的做法：拆分、标准化、API化

 

为什么写pipeline很耗时间？

• 安装工具
• 搭建流程
• 流程测试
• 修复bug

 

https://www.nextflow.io/

 

作为researcher，pipeline这种东西，看懂别人的就行，真没必要耗费大部分精力去自己搭建和完善，除非你是真的想转行做技工了。

找到自己的定位，明确自己的科学问题，协助发现有意义的生物学规律，发paper，申请funding，冲刺顶刊，不要玩物丧志。