MacOS安装rJava

 

2023年02月20日

conda装好后还是有问题，找不到libjvm.so，在bashrc里指定不起作用，最后只能去Renviron【R最重要的配置文件】里指定，然后就成功了。

需要修改vi ~/.Renviron

LD_LIBRARY_PATH=/home/zz950/softwares/miniconda3/jre/lib/amd64/server

 

如果还不顶用，那就去conda env的R lib里建一个软连接。

cd /home/zz950/softwares/miniconda3/envs/r4p3/lib

　

配置文件
R每次启动的时候都会读取两个文件：

.Renviron：主要作用是设置环境变量，告诉R在哪里寻找外部程序，可以自定义用户信息

.Rprofile：每次R启动的时候会运行里面的代码，所以如果里面设置的很多代码，R启动就会变慢

R启动的时候最开始读取.Renviron文件，接着读取.Rprofile文件

 

2022年10月03日

conda YYDS

conda install -c r r-rjava

　

起因：一般没事不会装rJava，这里需要用到R包xlsx，所以才需要rJava。

 

还需要设置lib的path，确保能找到libjvm.so

export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/zz950/softwares/miniconda3/jre/lib/amd64:/home/zz950/softwares/miniconda3/jre/lib/amd64/server

　　

R安装xlsx太慢，那就直接用conda装。

conda install -c r r-xlsx

　　

 

---

 

rJava出了名的难装，一大堆问题。

核心的问题：

1. java版本问题，最好用1.8版本的java

2. 编译器的问题

3. 相关头文件header的问题

 

之前几次装过，但都放弃了，这次花了一下午终于搞定了。

 

对于MacOS，首先就是要配置好Java的环境，brew装java1.8

brew cask install java8 已经失效，无法安装。

参见这里，可以装另一个版本。

brew tap adoptopenjdk/openjdk
brew cask install adoptopenjdk8

 

然后需要管理java的环境

brew install jenv
echo 'export PATH="$HOME/.jenv/bin:$PATH"' >> ~/.bash_profile
echo 'eval "$(jenv init -)"' >> ~/.bash_profile

jenv add /Library/Java/JavaVirtualMachines/adoptopenjdk-8.jdk/Contents/Home/
jenv global openjdk64-1.8.0.222

 

然后就是配置R的java环境，这一步必须要成功，否则后面无法进行

R CMD javareconf

大坑：java不是1.8或者java版本太老不对，这一步都会报错，总之就是用brew不断去试不同版本的java，直到成功。

 

最后就是装rJava了

CC="/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp" R --quiet -e 'install.packages("rJava", type="source", repos="http://cran.us.r-project.org")'

大坑：CC就是指定编译器，因为R会莫名其妙的用最老的clang来编译，那肯定会报错，其次后面的参数也必须添加。主要是这两个坑，后面源码安装。

 

最后的最后，如果在rstudio或jupyter里用rJava，还需要指定一下Java的位置，以便找到动态链接文件：

Sys.setenv(JAVA_HOME='/Library/Java/JavaVirtualMachines/adoptopenjdk-8.jdk/Contents/Home') 

 

总结：java一定要装对，最好配一个java多版本的管理软件，其次需要先配置R的java环境，最后就是用合适的编译器来源码安装。（做错任意一步都会导致rJava安装报错）

 

这个本来就是个版本混乱、多语言互斥的问题：

Java牛逼，导致大部分其他语言想调用它的功能；

Java永远在不断更新，其他调用它的包的代码也必须持续更新，所以良好的向下兼容是必须的；

 

关于编译器和头文件：

需要安装最新版的xcode，然后建立header文件的软链接

/usr/local/opt/llvm/include
/Applications/Xcode.app//Contents/Developer/Platforms/MacOSX.platform/Developer/SDKs/MacOSX.sdk/usr/include