生物信息基本工具和数据库

生物信息的工具和数据库太多，但有一些基础的工具是必须精通的，甚至需要经常翻阅寻找灵感。

 

通用数据库：

UCSC Genome Browser - 基因组的可视化

OMIM - Online Mendelian Inheritance in Man - 研究疾病必备

 

专业数据库汇总：

单细胞数据库汇总

遗传数据库

表观数据库

蛋白数据库: UniProt, PDB, Pfam, CATH, SCOP2

代谢物数据库

 

待整理：

GeneMANIA - gene network, 分析碰到瓶颈了就去里面找找证据。

webgestalt - 无需编程，网络版的GO、KEGG和GSEA分析工具

TCGA

GTEx

GEO

ENCODE

SRA

gnomAD

ARCHS4

clinvar

NONCODE

GO

KEGG

dbSNP

STRING

NCBI

GWASdb

 

omictools - 汇总数据库 收费了

 

我的final model需要整合这些数据库！！！

 

长期收集。。。