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参考：生信修炼手册
enhancer的基本概念：
长度几十到几千bp，作用是提高靶基因活性，属于顺式作用原件，DNA作用到DNA，转录因子就是反式，是结合到DNA的蛋白。
1981年，Benerji发现SV40中某个140bp的序列可以显著提高血红蛋白融合基因的表达水平。
特性：远距离效应，无方向性。
如何鉴定enhancer区域：
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对多个转录因子的peak区域进行聚类，识别增强子区域
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将H3K4me1和K3K27ac这两种组蛋白修饰作为增强子区的mark
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使用II型RNA聚合酶的最大亚基POLR2A作为抗体进行chip_seq，识别增强子
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使用组蛋白乙酰化转移酶P300作为抗体进行chip_seq,识别增强子
现在又有了超级增强子的概念，super enhancer，就是enhancer显著富集的区域。
Enhancer数据库
FANTOM5 - human and mouse enhancer - Nature
HACER - human enhancer - NAR - only hg19
HEDD - human enhancer and disease - NAR - only hg19
TiED - human enhancer and tissue - no paper - only hg19 GENCODE.v19
EnhancerAtlas - human and mouse enhancer - only hg19
VISTA - human and mouse enhancer - can't download
DENdb - human enhancer - only hg19
SEdb - 超级增强子
dbSUPER - human and mouse super enhancer
ROSE - richard A. Young, super enhancer，核心发现直接发Cell
Chip-seq数据库
ENCODE project - 综合性数据库，DNA、RNA、蛋白质、表观修饰
Cistrome DB - human and mouse Chip-seq
ReMap - human chipseq
IHEC - 国际人类表观基因组联盟
ChIP-Atlas
GTRD
FactorBook
3D genome
HiCUP
Juicer
Juicebox
HiC-Pro
转录因子数据库
unibind - human转录因子结合位点
ChipBase - 转录因子调控网络
dbCoRC - 核心转录因子数据库
Epifactors - 表观因子数据库
工具篇：
motif基本概念
peak calling
peak annotation
MEME-ChIP - 挖掘denovo motif
DREME
MEME - motif分析综合工具
ggseqlogo - motif可视化 加强版
seqLogo - motif可视化
WebLogo - motif可视化
HOMER - peak注释
PeakAnalyzer - peak注释
ChIPseeker - peak注释
ChIPpeakAnno- peak注释
annoPeakR - peak注释
GREAT - peak注释
UPORA - peak注释
PAVIS - peak注释
