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一个R lib文件夹，最好就装一个版本的R packages，因为不同版本存在兼容性问题。 偶然间我把新版本装到了旧版本里，产生了兼容性问题。 用以下代码重装就行 GPT神器，问题如下： how to list R package that build under specific version 阅读全文
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2024年02月01日 靶向药 有些靶点是因为mutation而被选择 Mutations in the tumor suppressor gene Adenomatous Polyposis Coli (APC) are found in 80% of sporadic colorectal ca 阅读全文
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Tips: Atlas级别的数据，需要做加速处理，比如常见的marker鉴定，不要用seurat默认的函数，非常慢。 presto包的算法复杂度极低，再大的数据基本一分钟内就能出结果。 markers_rna <- presto:::wilcoxauc.Seurat(X = all.colon, g 阅读全文
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镇楼综述： Best practices for single-cell analysis across modalities - Nature Reviews Genetics - 2023 （https://www.sc-best-practices.org/preamble.html） 最新的 阅读全文
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2023年12月14日 实验动物常见的给药方式有：注射给药，灌胃给药，口服，鼻滴给药等多种。一般需要根据实验目的、动物种类及药物剂型、剂量等，选择合适的给药方式。 小鼠常见的给药方式： 皮下注射（Subcutaneous Injections，SC） 皮内注射（Intradermal Injecti 阅读全文
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免疫治疗无效/耐药性的主要原因 抗原性较弱的肿瘤细胞将难以被免疫系统识别 参考：肿瘤对免疫治疗产生耐药性的原因 癌症的特点，恶性肿瘤和良性肿瘤 恶性肿瘤生长较快，有无止境性生长之说，易向周围组织扩散，容易发生转移，如不及时发现，诊断和治疗，常危及生命。 良性肿瘤则生长缓慢，可以多年不变，肿瘤周围都有 阅读全文
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2024年01月18日 什么是纳米颗粒靶向静脉递送系统？ 脂质纳米颗粒（Lipid nanoparticle, LNP） 2024年01月18日 抗体本来属于免疫学的内容，但因为应用过于广泛，所以必须学习。 大家都知道抗体就是与抗原特异结合的大蛋白，也知道抗体的Y型结构，那具体结构是如何呢？ 几个问 阅读全文
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2024年08月27日 好用的color theme：https://github.com/nanxstats/ggsci 2023年10月18日 barplot截取y轴，非常规操作。 You could try, with library(scales): + scale_y_continuous 阅读全文
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这是个非常经典的分析，用于来确定蛋白互作。 传统的蛋白互作分析，就是co-IP，Mass spec等，但这类技术的假阳性和敏感度都不够。 还有就是荧光图，然后对图像做共定位分析，这个需要非常高分辨率的共聚焦显微镜。 还有一种，表观因子的共定位分析，那就是对ChIP-seq和Cut&Run的summi 阅读全文
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参考： http://localhost:17449/lab/tree/projects/BAF_SOX9/diffbind/6.DMSO_only.ipynb http://localhost:17449/lab/tree/projects/BAF_SOX9/diffbind/2.2-Diffbi 阅读全文
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下载Using EntrezDirect as noted to get structure accessions https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK179288/ for i in `cat all.epi.regulators.txt` do echo 阅读全文
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Diffbind可以处理bulk ATAC-seq数据，但一些motif的高级分析就要单独做。 恰好，Signac R包，为单细胞而设计，包含了很多内置的motif分析，比如motif综合活性，可以很方便的做一些下游分析，比如correlation。 代码：http://localhost:1744 阅读全文
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两个peak set的motif差异富集 网页版更好用：https://meme-suite.org/meme/tools/centrimo 命令行需要准备文件，比较复杂。 wget https://jaspar.elixir.no/download/data/2024/CORE/JASPAR202 阅读全文
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大佬现在都是这么玩数据的： https://github.com/dpeerlab/progressive-plasticity-crc-metastasis The processed H5AD data for reproducing this analysis is hosted on AWS 阅读全文
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The ENCODE Blacklist: Identification of Problematic Regions of the Genomehttps://github.com/Boyle-Lab/Blacklist/tree/master ATAC-seq footprinting unra 阅读全文
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这个功能GEPIA2已经实现了，http://gepia2.cancer-pku.cn/#dataset 但问题是它的数据不能导出，原图太丑，不能直接发表，那就没办法了，只能自己下载数据作图了。 TCGA数据可以批量下载 GTEx数据也很容易下载 但如何把TCGA的cancer type比对到GTE 阅读全文
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把本质的问题泛化一下 医学三大主题：预防，诊断，治疗。 治疗的本质就是用一种干预（药物）能让病人表现反转（疾病态变为健康态）。 所以，药物开发的本质就是筛选+验证，然后走流程一二三期推向临床。 筛选的本质就是给一个干预（各种药物或者CRISPR），然后观察表型，表型readout的选择很灵活。 筛选 阅读全文
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前言 荒废了一个多月，终于回归了。很早就想分析一下多个抗肿瘤药物平台，其各自的优缺点，未来的发展趋势，如果去工业界到底选择哪个平台，你最终选的不一定对，但“一定要有自己的想法”。 我个人是非常喜欢ADC平台的，它非常偏应用，也更加涉及到抗肿瘤药物的本质（对比其他疾病而言），原理也非常的清晰明确。但我 阅读全文
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创建conda环境，安装必要软件 conda create -n wgs conda activate wgs conda install bioconda::bwa 下载最佳ref fasta gcloud storage cp gs://BUCKET_NAME/OBJECT_NAME SAVE_ 阅读全文
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Twist Tier 4: 1001-2000 Oligos除去10%的NTC，实际上的容量是300个基因（包括两个reporter） 打折前：1,645.00 USD 打折后：1,325.00 USD 2024年09月17日 正式开始small focus library screen Libra 阅读全文
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最后merge一下 cat *_1_D7_1uM_1* index2/*_1_D7_1uM_1* > D7_1uM_1_1.fq cat *_1_D7_1uM_2* index2/*_1_D7_1uM_2* > D7_1uM_2_1.fq cat *_1_D7_DMSO_1* index2/*_1_ 阅读全文
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抗癌新药公布临床试验结果的必用图。 有时候在我们药的preclinical的文章里也会经常用到。 图的基本信息： bar图，y轴就是肿瘤体积变化百分比； bar是被sort过的，从高到低； x轴就是病人或者小鼠个体编号； 为什么这个图这么经典？ 抗癌最重要的就是杀死癌细胞，看体积变化没毛病，所以y轴 阅读全文
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2024年01月05日 最近确实是生物科技行业的寒冬，砍管线、裁员，风险投资撤退，能平稳度过这段寒冬的都是强者了。 但居然还有人能在这寒冬里逆势而上，别人喝西北风，他们吃肉，让人不得不好奇，他们到底有什么特殊之处。 捕风捉影不如直接听当事人的想法，一语胜千言。 生物医药行业的周期 任何一个行业都是有 阅读全文
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名词解释： LC-MS - Liquid chromatography–mass spectrometry 液相色谱-质谱联用仪 CyTOF - Cytometry by time of flight - 质谱流式细胞技术 RIME - Rapid Immunoprecipitation Mass 阅读全文
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前言：新开一个标签-《热点》，强迫自己去学习一下领域的热点事件，精通是不太可能了，但最少要知道是个怎么回事。 科普： 什么是ADC？可以简单理解为抗体靶向+化疗杀伤的结合。 抗体偶联药物（antibody drug conjugates, ADCs）是一类将特异性单克隆抗体与细胞毒性药物通过接头偶联 阅读全文
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2023年12月14日 最近刷到一篇观点，与我之前写的不谋而合： 我，在西藏林芝，不配拥有肿瘤早筛 这个是一个领域从业者的角度写的，数据论证更加详实。 先说我个人的结论： 一个先提条件：（基于测序的）早筛价格大幅降低，且能有效高准确率的筛查出多癌种； 在此基础之上，需要政府大力推广，测序早筛（如cf 阅读全文
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目录： 什么是生存分析，生存分析的数据格式是怎样的，KM曲线是如何绘制的； 如何用TCGA数据进行生存分析？ 如果要你做一个临床试验（或者小鼠试验），怎么收集数据，怎么绘制KM图，怎么做Cox分析？ 如果要你做一个临床试验（或者小鼠试验），怎么收集数据，怎么绘制KM图，怎么做Cox分析？ 首先，明确 阅读全文