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2021年3月29日

literature read write 文献论文阅读与写作

摘要： 恢复内容开始 我： 读文章在下载文章时，需要下载supplementary；先读文章，再浏览supplementary有助理解。 要理解科研人，就理解他的文章。就好像友好一个人，从友好他孩子入手。 刘心老师 科研能力： 1.理解科学的能力 2.评判科学的能力 3.提出科研计划的能力 4.开展科学研究 阅读全文

posted @ 2021-03-29 20:06 BioinformaticsMaster 阅读(115) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2020年10月16日

罗锐邦作为并列第一作者，10级硕士生黄树嘉、07级本科生张帆作为署名作者

摘要： 近日，《福布斯》杂志评选出了亚洲地区的“30位30岁以下俊杰”（30 Under 30）榜单，来自医疗及科学、金融风投、艺术等10大领域的300名年轻人入选。在“医疗及科学”领域的30名俊杰中，L3 Bioinformatics创始人兼CEO、华南理工大学2007级生物工程专业罗锐邦校友入选。 罗锐 阅读全文

posted @ 2020-10-16 03:43 BioinformaticsMaster 阅读(568) 评论(0) 推荐(0) 编辑

shell 替换，匹配

摘要： 恢复内容开始 >替换shell字符串： echo ${string/23/bb} //abc1bb42341 替换一次 echo ${string//23/bb} //abc1bb4bb41 双斜杠替换所有匹配 echo ${string/#abc/bb} //bb12342341 #以什么开头来匹 阅读全文

posted @ 2020-10-16 03:42 BioinformaticsMaster 阅读(447) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2020年9月20日

shell 替换，匹配

摘要： >替换shell字符串： echo ${string/23/bb} //abc1bb42341 替换一次 echo ${string//23/bb} //abc1bb4bb41 双斜杠替换所有匹配 echo ${string/#abc/bb} //bb12342341 #以什么开头来匹配，根php中 阅读全文

posted @ 2020-09-20 15:11 BioinformaticsMaster 阅读(170) 评论(0) 推荐(0) 编辑

ln -s 软链接；cp 目录文件

摘要： ln -s a b #给a 建立软连接b（b原本不存在）；a可以是文件/目录。 如果a是目录，那么在cd b时实际上进入的a目录， 创建好后，会自动同步 如：ln -s ~/data2/lizhichao/Assembly/outdir ~/USER/lizhichao/Assembly/outdi 阅读全文

posted @ 2020-09-20 15:04 BioinformaticsMaster 阅读(682) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2020年9月15日

Sambamba 安装 ，软件加入PATH使各级路径都可运行，所谓环境变量

摘要： 最简单的方式是下载编译后的软件：*.static.gz 1.如： wget https://github.com/biod/sambamba/releases/download/v0.7.1/sambamba-0.7.1-linux-static.gz2.gunzip sambamba-0.7.1- 阅读全文

posted @ 2020-09-15 02:48 BioinformaticsMaster 阅读(927) 评论(0) 推荐(0) 编辑

shell 判断字符串/文件是否存在

摘要： str="this is a string" [[ $str =~ "this" ]] && echo "$str contains this" 判断文件： if [ -f $fq1 ]then fq2=`ls /home/input${RGID}/*_2.fq.gz`else fq1=`ls /h 阅读全文

posted @ 2020-09-15 02:37 BioinformaticsMaster 阅读(1275) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2020年9月9日

shell 判断字符串/文件是否存在

摘要： str="this is a string" [[ $str =~ "this" ]] && echo "$str contains this" 判断文件： if [ -f $fq1 ]then fq2=`ls /home/input${RGID}/*_2.fq.gz`else fq1=`ls /h 阅读全文

posted @ 2020-09-09 04:15 BioinformaticsMaster 阅读(1280) 评论(0) 推荐(0) 编辑

sed 取行，删行，新增行，替换字符串 ；grep 取匹配行

摘要： nl /etc/passwd |sed '2,5 d' 删除文件2-5行nl命令 输出的文件内容自动加上行号 sed [-nefr] [动作] 以行为单位 注意： 在-i 时，mac 与linux稍有不同，需要加空格，如 sed -i '' '/CMDCB0003112/d' 467gvcf.lis 阅读全文

posted @ 2020-09-09 04:12 BioinformaticsMaster 阅读(967) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2020年7月30日

CNVnator: An approach to discover, genotype, and characterize typical and atypical CNVs from family and population genome sequencing

摘要： 摘要： CNVnator 可用于基于个体基因组的read-depth（reads 深度）来发现CNV、和genotyping，还可以用于非常规的CNVs研究，如denovo（基于trio家系）和mutil-allelic。 CNVnator 运行中bin size选择：;100-bp bins fo 阅读全文

posted @ 2020-07-30 14:31 BioinformaticsMaster 阅读(488) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2020年7月20日

COVID-19 severity is predicted by earlier evidence of accelerated aging

摘要： we hypothesize that increased biological age, rather than chronological age, may be driving disease-related trends in COVID-19 severity with age. Biol 阅读全文

posted @ 2020-07-20 10:30 BioinformaticsMaster 阅读(146) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2020年5月30日

掌握技术文档，掌握轮子全貌

摘要： 需要不断的提高技术能力水平，就需要阅读英文文档，如同阅读英文文献一样。总想通过百度、google搜索得到自己的答案，有点难，毕竟是别人选择性输出的部分内容，只有、语言模块英文文档覆盖全貌，能做的能查到，不能做的可以确定不能做，切换思路。 如：pandas DataFrame.loc 的功能 http 阅读全文

posted @ 2020-05-30 10:48 BioinformaticsMaster 阅读(106) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2020年3月6日

温故 知新 -linux vi命令

摘要： :!command # 暂时离开vi，执行command的显示结果 ctrl+v #块状visual block 选择反白，然后操作如y是将反白的地方复制；d是将反白的地方删除 /word #向下查找word ?word #向上查找word n #代表重复上一个查找的操作，即跳到下一个查找位置。N则 阅读全文

posted @ 2020-03-06 22:41 BioinformaticsMaster 阅读(117) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2020年3月3日

less 文件少一行， python -join -write ,shell 逐行读取

摘要： 用python file.write("\n".join(line_list)) 方式将多行内容组成的列表写入文件。文件末行没有换行符， 因此vi打开文件会因为如同window系统一般的文件结尾，提示：[noeol] 且，less |wc-l 的方式数行数会比实际行数少一行。 这样的输出文件用pyt 阅读全文

posted @ 2020-03-03 12:14 BioinformaticsMaster 阅读(340) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2019年11月29日

卓有成效的管理者记录

摘要： 卓有成效的管理者 卓有成效是管理者必须做到的事 每一位知识工作者其实都是管理者 管理者的成效事决定组织工作成效的最关键因素。所有负责行动和决策而又有助于提高机构工作效能的人都应该像管理者一样工作和思考 （老师神似德鲁克照片） 张瑞敏切身体会： 一、企业的管理必须有效，否则企业无法生存 。管理得好的的 阅读全文

posted @ 2019-11-29 11:38 BioinformaticsMaster 阅读(315) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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