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R glimpse比较全的查看列，但看不到rownames

摘要： R glimpse比较全的查看列，但看不到rownames。 rownames 可以通过View() 或head() 如glimpse(mtcars) View(mtcars) rownames(mtcars) head(mtcars) 阅读全文

posted @ 2022-02-26 16:13 BioinformaticsMaster 阅读(77) 评论(0) 推荐(0) 编辑

lm() 拟合线性模型linear module

摘要： lm() 拟合线性模型linear module ，用来进行回归、single stratum方差分析，协方差分析 lm(formula,data,subset,weights,na.action,【other args】) lm(y ~ x,data) 这样是最常见设置的参数如lm(formul 阅读全文

posted @ 2022-02-25 13:00 BioinformaticsMaster 阅读(931) 评论(0) 推荐(0) 编辑

YuLabSMU 截断部分坐标轴留些空白

摘要： library(ggplot2) library(ggbreak) set.seed(2019-01-19) rnorm(5) rnorm(5)+4 d<-data.frame(x=1:20,y=c(rnorm(5)+4,rnorm(5)+20,rnorm(5)+5,rnorm(5)+22)) p1 阅读全文

posted @ 2022-02-23 21:33 BioinformaticsMaster 阅读(324) 评论(0) 推荐(0) 编辑

GPL 与BSDlicense

摘要： GPL license 核心含义：允许任何人观看、修改，并散播程序软件中的原始程序码，条件是你要发布修改后的版本就要公布源代码。与GPL常相对的BSD license :你可以对软件任意处理，只要注明来自于哪个项目即可。即使你对软件做了修改，你也可以限制其他使用者得到你修改后软件的自由。不保证软件阅读全文

posted @ 2022-02-23 19:19 BioinformaticsMaster 阅读(55) 评论(0) 推荐(0) 编辑

geom_boxplot 箱线图

摘要： ggplot(data=data1,mapping = aes(x=VARIANT_TYPE,y=NON_REF_GENOTYPE_CONCORDANCE))+geom_boxplot()+scale_y_continuous(expand=c(0,0),breaks = c(0,75,0.80,0 阅读全文

posted @ 2022-02-19 11:14 BioinformaticsMaster 阅读(366) 评论(0) 推荐(0) 编辑

按分组，每个组画图　

摘要： data %>%group_by(VARIANT_TYPE) %>%do({ p<-ggplot(.,aes(x=TRUTH_SAMPLE,y=NON_REF_GENOTYPE_CONCORDANCE))+geom_point() ggsave(p,filename = paste0(unique( 阅读全文

posted @ 2022-02-18 16:05 BioinformaticsMaster 阅读(32) 评论(0) 推荐(0) 编辑

摘要： testvcfdir="/jdfssz1/ST_HEALTH/P18Z10200N0124/qdNB/" testvcfList <- list.files(testvcfdir, pattern = "*.genotype.vcf.gz$", include.dirs = FALSE, full. 阅读全文

posted @ 2022-02-18 14:00 BioinformaticsMaster 阅读(114) 评论(0) 推荐(0) 编辑

faidx提取fasta指定位置allele

摘要：提取指定区域的fasta 提取序列： samtools faidx input.fa chr1 > chr1.fa samtools faidx input.fa chr1:100-200 > chr1.fa 例子， samtools faidx /hwfssz1/BIGDATA_COMPUTING 阅读全文

posted @ 2022-02-17 16:36 BioinformaticsMaster 阅读(194) 评论(0) 推荐(0) 编辑

GATK GenotypeConcordance 比较vcf一致性:Sequence dictionaries are not the same size

摘要：处理多份vcf时，报GATK GenotypeConcordance:Sequence dictionaries are not the same size 解决方案：统一header中的##contig=<ID= 部分注： 1）脚本如下 gatk --java-options -Xmx3G Ge 阅读全文

posted @ 2022-02-17 15:48 BioinformaticsMaster 阅读(257) 评论(0) 推荐(0) 编辑

R 定义函数，里面嵌套条件

摘要： myfunction<-function(arg1,arg2,...){ statements return (object) } 例1 function1<-function(x,y){plot(x,y) + return(x+y)}x<-rnorm(10)xy<-rnorm(10,2,3) fu 阅读全文

posted @ 2022-02-17 15:35 BioinformaticsMaster 阅读(87) 评论(0) 推荐(0) 编辑

geom_point 散点分布图配色

摘要： 1. GATK GenotypeConcordance p<-ggplot(data=data1,mapping=aes(x = TRUTH_SAMPLE,y=NON_REF_GENOTYPE_CONCORDANCE,colour=VARIANT_TYPE,shape=VARIANT_TYPE )) 阅读全文

posted @ 2022-02-16 20:50 BioinformaticsMaster 阅读(874) 评论(0) 推荐(0) 编辑

读，掌握别人项目代码是非常好的学习路径

摘要：读，掌握别人项目代码是非常好的学习路径尤其是和自己相关的项目代码。阅读全文

posted @ 2022-02-14 20:50 BioinformaticsMaster 阅读(22) 评论(0) 推荐(0) 编辑

list.files() list.dirs()

摘要： list.files("./",pattern = "*.R$",include.dirs = TRUE,full.names = TRUE,recursive = TRUE) pattern 正则表达式，仅list匹配上的 recursive=TRUE 遍历子目录 full.names=TRUE 阅读全文

posted @ 2022-02-11 13:03 BioinformaticsMaster 阅读(340) 评论(0) 推荐(0) 编辑

Rstudio 使用

摘要： Rstudio script 运行单行/多行代码选择多行代码，按下 Ctrl/command + Enter 键（或使用 Source 窗口标题栏上的 Run 按钮）。在运行完某一段代码后，按下 Ctrl + Shift + P 键（或对应的标题栏按钮），即可重新运行上一次运行的代码段（单行或多阅读全文

posted @ 2022-02-11 11:52 BioinformaticsMaster 阅读(582) 评论(0) 推荐(0) 编辑

按_1 _2 排序fqlist 递归去空格

摘要： # -*- coding: utf-8 -*- # @Time : 2022/2/10 上午10:08 # @Author : lizhichao # @Email : 13652030758@163.com # @File : sort_Fqfile.py # @Software: PyCharm 阅读全文

posted @ 2022-02-10 11:51 BioinformaticsMaster 阅读(23) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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