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2022年4月12日

conditional analysis 把发现的lead SNP作为协变量看LD内是否有其他显著SNP

摘要： plink -condition https://zhuanlan.zhihu.com/p/363026493 https://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/10278893.html 阅读全文

posted @ 2022-04-12 09:41 BioinformaticsMaster 阅读(99) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2022年4月9日

解决网页复制限制

摘要： 解决方法：谷歌浏览器安装Enable Copy 扩展程序。 1. 需要解除限制时，点击Enable Copy 那个对勾图标，此时图标会从浅灰色变为深灰色，当前网页和该网站下的所有网页都被解除限制。 2. 再次点击图标会变回浅灰色，以后再打开该网站的网页时，将不会被自动解除限制。 阅读全文

posted @ 2022-04-09 10:02 BioinformaticsMaster 阅读(209) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2022年4月8日

知网下载pdf格式

摘要： 知网的硕博论文下载时候常只提供caj格式，这种格式很不利于编辑，也不利于跨平台。 那要下载pdf格式： 1.点击ENGLISH转换成英文版 2.搜索要查询的论文题目，然后就可以下载pdf了 附对比中文版查询结果 阅读全文

posted @ 2022-04-08 20:27 BioinformaticsMaster 阅读(248) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2022年4月1日

英文拼写检查

摘要： 1. Grammarly 网页端装插件、本地desktop一起联动使用。 实在不行，通过网页登陆https://app.grammarly.com/ddocs/1238360813 网页端如谷歌翻译时可以一直用，本地大量写论文时，建议写完再检查，不然容易分心在小语法上。 2. Postwriting 阅读全文

posted @ 2022-04-01 21:39 BioinformaticsMaster 阅读(100) 评论(0) 推荐(0) 编辑

记测评文章

摘要： 开展前需比较充分调研文献，对当前进展思考 根据项目，确定文章架构，各部分要填充的东西部署下去，推动进展。 开始写着，不必万事俱备，越写越确定，空缺模块就待填充，没关系。 有一点不足就是自己的写法句型需要更多样，更native, 这建议从文章修改，平时遇到很好的模范句型，https://www.the 阅读全文

posted @ 2022-04-01 14:28 BioinformaticsMaster 阅读(24) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2022年3月25日

Standard Deviation (SD), Standard Error (SE),Confidence Interval (CI). 画barplot，置信区间

摘要： Standard Deviation(SD) 标准（偏）差，代表变量的分散程度，离散量。统计为方差的平方根（Calculated as the root square of the variance） sd<-sd(vec) 等同于 sd<-sqrt(var(vec)) Standard Error 阅读全文

posted @ 2022-03-25 16:09 BioinformaticsMaster 阅读(409) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2022年3月17日

test

摘要： 是德福舒服时#sdfsdfsdfa sdfsfs sddfsf sdfsf sdfsfsaa111 #ssss sdfsdf #sdfsfsdfsdfsfa 阅读全文

posted @ 2022-03-17 21:36 BioinformaticsMaster 阅读(13) 评论(0) 推荐(0) 编辑

shell 判断条件，退出程序

摘要： $cat exit.sh testvcf=$1 if [ ! -f $testvcf ];then echo "testvcf nonexist :$testvcf" exit 0 fi echo "run successful" $ cat run_Exit.sh sh exit.sh 3err 阅读全文

posted @ 2022-03-17 14:46 BioinformaticsMaster 阅读(728) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2022年3月16日

Reference allele mismatch at chr1:1630781 .. REF_SEQ:'C' vs VCF:'T' Ref alleles mismatch between: [VC Unknown @ chr1:1630781 Q. of type=SNP alleles=[T*, C] attr={} GT=[[HG00472 T*/C]] ..

摘要： 原因是待处理的vcf,他们的ref allele不一致，所以 解决方法是 bcftools norm 先统一 ref allele 如bcftools norm -c s -f /ldfssz1/ST_BIGDATA/USER/st_bigdata/Sentieon/reference_bigdat 阅读全文

posted @ 2022-03-16 21:58 BioinformaticsMaster 阅读(326) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2022年3月15日

概率 贝叶斯公式 先验概率 后验概率

摘要： 先验概率，后验概率，似然概率，条件概率，贝叶斯，最大似然总是搞混，这里总结一下常规的叫法： 先验概率： 事件发生前的预判概率。可以是基于历史数据的统计，可以由背景常识得出，也可以是人的主观观点给出。一般都是单独事件概率，如P(x),P(y)。 后验概率： 事件发生后求的反向条件概率；或者说，基于先验 阅读全文

posted @ 2022-03-15 13:05 BioinformaticsMaster 阅读(3697) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2022年3月12日

ROC R脚本

摘要： AUC ROC ROC: receivers operating characteristic curve,是一种坐标图式的分析工具，是一个二元分类模型(0/1)，输出结果只有两种类别的模型。如阳性/阴性，有病/没病，垃圾邮件/非垃圾邮件。 预测错误：针对正样本而言，即预测是正样本，但预测错了FP 阅读全文

posted @ 2022-03-12 19:32 BioinformaticsMaster 阅读(270) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2022年3月4日

impute

摘要： 先phasing,再impute https://www.jianshu.com/p/c99702068b4a 阅读全文

posted @ 2022-03-04 10:12 BioinformaticsMaster 阅读(31) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2022年3月2日

qplot(quick plot) 快速作图，能读懂就行，推荐用ggplot2适用于各种复杂图 分面 ～.

摘要： qplot( x, y, ..., data, facets = NULL, margins = FALSE, geom = "auto", xlim = c(NA, NA), ylim = c(NA, NA), log = "", main = NULL, xlab = NULL, ylab = 阅读全文

posted @ 2022-03-02 20:38 BioinformaticsMaster 阅读(263) 评论(0) 推荐(0) 编辑

ggplot2 分面 fact_grid() facet_wrap()

摘要： > facet_grid() 可以应用多个标准对数据分组。 如qplot(carat,price,data=diamonds,alpha=I(0.2))+facet_grid(color~cut) 这里 color~cut 波浪号～ 前是分行依据 波浪号～ 后是分列依据 相比facet_wrap，f 阅读全文

posted @ 2022-03-02 15:35 BioinformaticsMaster 阅读(788) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2022年2月26日

ggplot2 注释文本到图所展示的数据上

摘要： best_in_class <-mpg %>% group_by(class) %>%filter(row_number(desc(hwy))==1) #取每组hwy 最大的那行观测赋值给best_in_class ggplot(mpg,aes(displ,hwy))+geom_point(aes( 阅读全文

posted @ 2022-02-26 22:09 BioinformaticsMaster 阅读(299) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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