six.moves 模块 增强写的代码对python2和3和适用性，
摘要：
from six.moves import [module]比如有时因为2和3的差异，模块可能name有差异参考：https://pythonhosted.org/six/#module-six.moves 阅读全文
posted @ 2018-05-11 00:34 BioinformaticsMaster 阅读(200) 评论(0) 推荐(0) 编辑
pycharm 代码块缩进、左移
摘要：
1、pycharm使多行代码同时缩进 鼠标选中多行代码后，按下Tab键，一次缩进四个字符 2、pycharm使多行代码同时左移 鼠标选中多行代码后，同时按住shift+Tab键，一次左移四个字符 鼠标选中多行代码后，按下Tab键，一次缩进四个字符 2、pycharm使多行代码同时左移 鼠标选中多行代 阅读全文
posted @ 2018-05-10 16:19 BioinformaticsMaster 阅读(943) 评论(0) 推荐(0) 编辑
os.popen(cmd) .read() 获取执行后的结果且带有换行符\n
摘要：
os.popen(cmd) .read() 获取执行后的结果自动带有换行符\n >>> a=os.popen("ls ./soapnuke_output/CL100006359_L01_8 |wc -l")>>> a<open file 'ls ./soapnuke_output/CL1000063 阅读全文
posted @ 2018-04-14 09:59 BioinformaticsMaster 阅读(7777) 评论(0) 推荐(0) 编辑
数据分析基础路线了解
摘要：
采取数据-清洗数据-分析数据-数据挖掘 参考：一条python数据分析学习路径： http://itindex.net/detail/57954-python-%E6%95%B0%E6%8D%AE%E5%88%86%E6%9E%90-%E5%AD%A6%E4%B9%A0 一个技术成就梦想的博客： h 阅读全文
posted @ 2018-03-17 15:10 BioinformaticsMaster 阅读(119) 评论(0) 推荐(0) 编辑
代码哲学 摒弃“够用就行”的心态
摘要：
读开源代码很重要，读文献很重要，读文献重要内容的script重要。 to idea 思考 to make 前行 会用 代码，会写代码 技能 包括代码技能等 反复加强 No“够用就行”的心态，常常Gap常存，长存，要实现更优。 未来项目进度，可以暂时这样，继续往下走。但要记下来这个不足，必需寻找更优解 阅读全文
posted @ 2018-03-15 21:30 BioinformaticsMaster 阅读(149) 评论(0) 推荐(0) 编辑
github 源码阅读
摘要：
下载后，通过pycharm阅读更有效 1. download zip 再解压阅读 2. copy url and git clone url by gitshell 3.在线阅读，但这样阅读很不便。 阅读全文
posted @ 2018-03-15 21:11 BioinformaticsMaster 阅读(137) 评论(0) 推荐(0) 编辑
Biopython SeqIO 读取序列文件，读取信息，写入序列
摘要：
Biopython1.序列赋值 转录（反转录） 翻译 反向互补2.读取序列文件，识别序列的属性信息。SeqRecord提供序列及其注释的容器属性：seq :一条生物序列id：基本ID，标识这条序列name：常用分子的名称description：序列分子的描述letter_annotation:是一个 阅读全文
posted @ 2018-02-12 10:56 BioinformaticsMaster 阅读(5759) 评论(0) 推荐(0) 编辑
Biopython 模块处理Seq序列 方法
摘要：
Biopython 模块1.序列 赋值 Bio.Alphabet.IUPAC 提供蛋白质、DNA和RNA的基本定义，并提供扩展和定制基本定义的功能。1.1 DNA 字母表 基本字母：IUPACUnambiguousDNA每种可能下的歧义字母：IUPACAmbiguousDNA修饰后的碱基：Exten 阅读全文
posted @ 2018-02-11 23:52 BioinformaticsMaster 阅读(5639) 评论(0) 推荐(0) 编辑
coursera 有比较丰富的生物信息等课程 win7 访问设置
摘要：
1.打开网址https://www.coursera.org 注册，然后搜索想要学习的课程，不需要证书则免费 2.若视频一直缓冲或显示黑屏则需要修改C:\Windows\System32\drivers\etc\host文件,添加如下一行： 52.84.246.72 d3c33hcgiwev3.cl 阅读全文
posted @ 2018-02-10 11:10 BioinformaticsMaster 阅读(251) 评论(0) 推荐(0) 编辑
python 正则匹配 csv文件中特殊符号如■高风险 这样的black block
摘要：
各种符号必然在unicode中有保存，根据unicode代码匹配即可。 1.csv中特殊字符可以在excel的【插入符号】中查找，然后记下该符号的Unicode代码。如■ 这个实心方形的Unicode代码为25A0： 2.需要查询其他的代码可以以此代码为基础搜索,（当然本例用词代码即可）：如unic 阅读全文
posted @ 2018-02-03 18:33 BioinformaticsMaster 阅读(679) 评论(0) 推荐(0) 编辑
一段时间即可做一些事情，如二十分钟
摘要：
一些时间即可做一些事情，如二十分钟 阅读全文
posted @ 2018-02-03 14:55 BioinformaticsMaster 阅读(128) 评论(0) 推荐(0) 编辑
Git 简介和下载安装
摘要：
Git 简介： Git 是处理文本文件的版本管理系统。 Github获取Git的提交历史，并保存在互联网，以供远程（联网）访问。 工作过程： 1）创建本地分支，在本地分支编辑，修改，提交。 2）push到远程分支 3）申请merge到主分支，发布请求 Pull Request 4）审核merge 5 阅读全文
posted @ 2018-02-02 17:08 BioinformaticsMaster 阅读(183) 评论(0) 推荐(0) 编辑
python 读取其他文件的变量 import 或 正则读取
摘要：
例：从 ref.py 读取 路径变量 ref.py: 则 1）可在目前的run.py： 2）也可以通过正则读取变量值, 阅读全文
posted @ 2018-02-01 14:42 BioinformaticsMaster 阅读(3357) 评论(0) 推荐(0) 编辑
多核cpu运行命令 parallel 可用于文本文件处理
摘要：
parallel 命令 cat bigfile.txt | parallel --pipe grep 'pattern' gzip、sed、awk、grep、wc命令都可以通过paralle加速。 参考： http://blog.chinaunix.net/uid-20662820-id-40237 阅读全文
posted @ 2018-01-26 21:00 BioinformaticsMaster 阅读(632) 评论(0) 推荐(0) 编辑
find命令 查找包含样式的目录和文件， 默认查找当前目录以及子目录 跟-exec 后续执行命令
摘要：
因为单行命令中-exec参数中无法使用多个命令，以下方法可以实现在-exec之后接受多条命令 阅读全文
posted @ 2018-01-25 23:51 BioinformaticsMaster 阅读(1526) 评论(0) 推荐(0) 编辑
