Reference allele mismatch at chr1:1630781 .. REF_SEQ:'C' vs VCF:'T' Ref alleles mismatch between: [VC Unknown @ chr1:1630781 Q. of type=SNP alleles=[T*, C] attr={} GT=[[HG00472 T*/C]] ..
摘要：
原因是待处理的vcf,他们的ref allele不一致，所以 解决方法是 bcftools norm 先统一 ref allele 如bcftools norm -c s -f /ldfssz1/ST_BIGDATA/USER/st_bigdata/Sentieon/reference_bigdat 阅读全文
posted @ 2022-03-16 21:58 BioinformaticsMaster 阅读(309) 评论(0) 推荐(0) 编辑
