2022年2月17日

faidx提取fasta指定位置allele

摘要： 提取指定区域的fasta 提取序列： samtools faidx input.fa chr1 > chr1.fa samtools faidx input.fa chr1:100-200 > chr1.fa 例子， samtools faidx /hwfssz1/BIGDATA_COMPUTING 阅读全文

posted @ 2022-02-17 16:36 BioinformaticsMaster 阅读(194) 评论(0) 推荐(0) 编辑

GATK GenotypeConcordance 比较vcf一致性:Sequence dictionaries are not the same size

摘要： 处理多份vcf时，报GATK GenotypeConcordance:Sequence dictionaries are not the same size 解决方案：统一header中的##contig=<ID= 部分 注： 1）脚本如下 gatk --java-options -Xmx3G Ge 阅读全文

posted @ 2022-02-17 15:48 BioinformaticsMaster 阅读(252) 评论(0) 推荐(0) 编辑

R 定义函数 ，里面嵌套条件

摘要： myfunction<-function(arg1,arg2,...){ statements return (object) } 例1 function1<-function(x,y){plot(x,y) + return(x+y)}x<-rnorm(10)xy<-rnorm(10,2,3) fu 阅读全文

posted @ 2022-02-17 15:35 BioinformaticsMaster 阅读(87) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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