ggplot2 注释文本到图所展示的数据上
摘要：best_in_class <-mpg %>% group_by(class) %>%filter(row_number(desc(hwy))==1) #取每组hwy 最大的那行观测赋值给best_in_class ggplot(mpg,aes(displ,hwy))+geom_point(aes(
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posted @ 2022-02-26 22:09
02 2022 档案
R glimpse比较全的查看列，但看不到rownames
摘要：R glimpse比较全的查看列，但看不到rownames。 rownames 可以通过View() 或head() 如glimpse(mtcars) View(mtcars) rownames(mtcars) head(mtcars)
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posted @ 2022-02-26 16:13
lm() 拟合线性模型linear module
摘要：lm() 拟合线性模型linear module ，用来进行回归、single stratum方差分析，协方差分析 lm(formula,data,subset,weights,na.action,【other args】) lm(y ~ x,data) 这样是最常见设置的参数 如lm(formul
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posted @ 2022-02-25 13:00
YuLabSMU 截断部分坐标轴 留些空白
摘要：library(ggplot2) library(ggbreak) set.seed(2019-01-19) rnorm(5) rnorm(5)+4 d<-data.frame(x=1:20,y=c(rnorm(5)+4,rnorm(5)+20,rnorm(5)+5,rnorm(5)+22)) p1
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posted @ 2022-02-23 21:33
GPL 与BSDlicense
摘要：GPL license 核心含义：允许任何人观看、修改，并散播程序软件中的原始程序码，条件是你要发布修改后的版本就要公布源代码。 与GPL常相对的BSD license :你可以对软件任意处理，只要注明来自于哪个项目即可。即使你对软件做了修改，你也可以限制其他使用者得到你修改后软件的自由。不保证软件
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posted @ 2022-02-23 19:19
geom_boxplot 箱线图
摘要：ggplot(data=data1,mapping = aes(x=VARIANT_TYPE,y=NON_REF_GENOTYPE_CONCORDANCE))+geom_boxplot()+scale_y_continuous(expand=c(0,0),breaks = c(0,75,0.80,0
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posted @ 2022-02-19 11:14
按分组，每个组画图
摘要：data %>%group_by(VARIANT_TYPE) %>%do({ p<-ggplot(.,aes(x=TRUTH_SAMPLE,y=NON_REF_GENOTYPE_CONCORDANCE))+geom_point() ggsave(p,filename = paste0(unique(
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posted @ 2022-02-18 16:05
R 遍历目录下所有子目录中的某类文件
摘要：testvcfdir="/jdfssz1/ST_HEALTH/P18Z10200N0124/qdNB/" testvcfList <- list.files(testvcfdir, pattern = "*.genotype.vcf.gz$", include.dirs = FALSE, full.
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posted @ 2022-02-18 14:00
faidx提取fasta指定位置allele
摘要：提取指定区域的fasta 提取序列： samtools faidx input.fa chr1 > chr1.fa samtools faidx input.fa chr1:100-200 > chr1.fa 例子， samtools faidx /hwfssz1/BIGDATA_COMPUTING
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posted @ 2022-02-17 16:36
GATK GenotypeConcordance 比较vcf一致性:Sequence dictionaries are not the same size
摘要：处理多份vcf时，报GATK GenotypeConcordance:Sequence dictionaries are not the same size 解决方案：统一header中的##contig=<ID= 部分 注： 1）脚本如下 gatk --java-options -Xmx3G Ge
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posted @ 2022-02-17 15:48
R 定义函数 ，里面嵌套条件
摘要：myfunction<-function(arg1,arg2,...){ statements return (object) } 例1 function1<-function(x,y){plot(x,y) + return(x+y)}x<-rnorm(10)xy<-rnorm(10,2,3) fu
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posted @ 2022-02-17 15:35
geom_point 散点分布图 配色
摘要：1. GATK GenotypeConcordance p<-ggplot(data=data1,mapping=aes(x = TRUTH_SAMPLE,y=NON_REF_GENOTYPE_CONCORDANCE,colour=VARIANT_TYPE,shape=VARIANT_TYPE ))
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posted @ 2022-02-16 20:50
读，掌握别人项目代码 是非常好的学习路径
摘要：读，掌握别人项目代码 是非常好的学习路径 尤其是和自己相关的项目代码。
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posted @ 2022-02-14 20:50
list.files() list.dirs()
摘要：list.files("./",pattern = "*.R$",include.dirs = TRUE,full.names = TRUE,recursive = TRUE) pattern 正则表达式，仅list匹配上的 recursive=TRUE 遍历子目录 full.names=TRUE
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posted @ 2022-02-11 13:03
Rstudio 使用
摘要：Rstudio script 运行单行/多行代码 选择多行代码，按下 Ctrl/command + Enter 键（或使用 Source 窗口标题栏上的 Run 按钮）。 在运行完某一段代码后，按下 Ctrl + Shift + P 键（或对应的标题栏按钮），即可重新运行上一次运行的代码段（单行或多
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posted @ 2022-02-11 11:52
按_1 _2 排序fqlist 递归去空格
摘要：# -*- coding: utf-8 -*- # @Time : 2022/2/10 上午10:08 # @Author : lizhichao # @Email : 13652030758@163.com # @File : sort_Fqfile.py # @Software: PyCharm
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posted @ 2022-02-10 11:51
顺序的fqlist拆解成sample fqsize fq格式 ，涉及正则取样本名
摘要：# -*- coding: utf-8 -*-# @Time : 2022/1/20 下午10:10# @Author : lizhichao# @Email : 13652030758@163.com# @File : sample_fqsize_fq.py# @Software: PyCharm
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posted @ 2022-02-10 11:49
ggplot2(grammar of graphic)
摘要：ggplot2 特点 1. 采用图层的设计，利于结构化思维实现数据可视化。明确的起始 ggplot() ， 图层之间叠加通过+实现 。通常geom_xx()或stat_xx()绘制一个图层 2. 把表征数据与图形细节分开，便于创造性的绘图。通过stat_xx()实现将常见的统计变换融入绘图中 3.
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posted @ 2022-02-09 14:43
想取出两列数据不同 对应的那行观测
摘要：想取出两列数据对应不同的那行观测 ，一步实现不来如bamsex_proportion[bamsex_proportion$sex1male_2female !=bamsex_new$sex1male_2female] 只能先把比较结果赋值给新列，再取出来对应的观测， bamsex_proportio
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posted @ 2022-02-08 19:22
subset 函数 选择数据框/向量的子集
摘要：subset(数据框，条件) 按条件选择子集 Datafra<-data.frame(name=c(1,2,4,NA,4,5,7),family=c("xiao","ming",NA,NA,"zhou","zheng","li")) Datafra subset(Datafra,name>=1) s
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posted @ 2022-02-08 19:15
R 处理、可视化 多变量数据
摘要：factoextra 包 1 PCA Principal Component Analysis 2 CA Correspondence Analysis 3 MCA Multiple corespondence Analysis 4 MFA Multiple Factor Analysis 5 HM
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posted @ 2022-02-07 13:39
ggplot tools ggpubr arrange
摘要：library(ggpubr) # ggpubr 是基于ggplot2开发，更便捷，使图满足论文出版的需要。 df<-iris colnames(df)<-paste0("V",1:5) # paste0 连接符是空字符串，相比paste不能设置sep df p1<-ggplot(df,aes(x=
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posted @ 2022-02-04 14:50
