R 矩阵数组
摘要：A<-matrix(11:16,nrow=3,ncol=2) # 实际按向量存储，根据保存的行数，列数对应到矩阵的元素，存储次序默认是按列存储。 B<-matrix(c(1,-1,1,1),nrow=2,ncol=2,byrow=TRUE) #设置byrow=TRUE，则按行存储 取矩阵的行数 nr
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posted @ 2022-01-31 10:01
01 2022 档案
R 列表
摘要：R 列表list 保存不同类型的数据，可提供R分析结果的包装，如输出一个包含回归系数、预测值、残差、检测结果等不规则数据结构的变量。 相比数据框，列表不要求各列等长 相比向量，列表不要求所有元素类型相同 赋值 如rec<-list(name="liming",age=30,scores=c(85,7
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posted @ 2022-01-27 17:35
uniq 搭配sort 去除重复行，查找重复行
摘要：去除重复行 sort $file |uniq 查看重复行 sort $file|uniq -d 统计重复情况 sort $file|uniq -c 查看非重复行 sort $file|uniq -u
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posted @ 2022-01-27 09:38
rsync 本地路径到挂盘路径 ;挂盘路径到本地
摘要：要解决的是每次都要输入密码，所以不能后台投递任务。 解决方案： 核心是expect spawn #!/usr/bin/expect -f set timeout 10 set username [lindex $argv 0] set password [lindex $argv 1] set ho
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posted @ 2022-01-25 15:18
GATK joint-calling 不需要手动设置--ploidy
摘要：A pooled experiment is different from joint calling. It means when you combined the DNA of many individuals and sequenced them together. The DNA is no
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posted @ 2022-01-24 15:33
作图与修图
摘要：作图与修图是个手艺，需要磨 1天不行，就两天，做个好图，花费很多时间很正常 作新图 数据梳理 核心画图函数掌握 修理 在现有脚本基础上做图 拷贝到Rstudio,逐个代码块运行，调试 需要参考时可以google,键入关键词 如roc ggplot2
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posted @ 2022-01-23 20:52
linux 帐号便捷登陆
摘要：核心 如设置便捷su #!/usr/bin/expect -f set port port_no set user st_mchri_bigdata set password Genomics20210 set timeout -1 spawn su $user expect "*assword:*
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posted @ 2022-01-21 17:35
集群.bashrc不涉及路径
摘要：集群个人目录下的.bashrc不要涉及source/export路径，不然有些盘故障，就会影响任何形式的访问。 1. 登陆卡住 2.scp 卡住 解决方法： 涉及路径的自定义环境变量可以写在如 ~/profile.sh这样的脚本里边，在使用时在shell里边source ~/profile.sh使环
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posted @ 2022-01-21 10:01
stringR包 字符串拼接，对字符串切分 替换 匹配提取 位置提取
摘要：paste("D","CMDCB0000013","-1",sep = "") 拼接字符串，可以用于新增列non_json$DNAcode<-paste("D",non_json$Sample,"-1",sep="") ，当然搭配mutate用也一样 stringR 包对字符串切分 替换 匹配提取
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posted @ 2022-01-19 11:00
身体健康和精神健康相互作用，其中之一受到打击时，另一个也会受到影响
摘要：身体健康和精神健康相互作用，其中之一受到打击时，另一个也会受到影响
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posted @ 2022-01-18 22:41
科研路上，能往前走，就往前走，不犯完美主义错误， 警惕常见读博误区
摘要：科研路上，能往前走，就往前走，可以先这么着，把这槛迈过去再说，后面再学习 不犯完美主义错误， 不拖延。 科研路，partner是非常重要的，遵循共为，共享。 警惕博士失败的常见情形 犹他大学计算机科学教授Matt Might写了一篇题为“10种容易让博士生失败的原因”的文章，他声称这个列表与任何学科
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posted @ 2022-01-18 22:02
excel 快速选中连续行
摘要：excel 快速选中第二行到最后一行 选中 第二行所需列 按 command(control) shift 下箭头 需要的话，复制或粘贴都可以了。 选中倒数多少行 选中最后一行 command shift 上箭头 选中指定行范围 选中左上 / 左下/ 右上/ 右下 其中之一的起始单元格 按住shif
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posted @ 2022-01-15 14:12
给指定用户开通读写权限
摘要：setfacl -m u:st_mchri_bigdata:rxw -R /jdfssz1/ST_HEALTH/P21Z10200N0047/lizhichao/data_transfer setfacl -m u:st_rm:rx -R /zfssz3/ST_MCHRI/BIGDATA/autoa
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posted @ 2022-01-13 10:13
tar 压缩文件list所有文件
摘要：行尾$替换为 \ 注：空格\ 第一行行首加tar czvf 压缩后文件前缀.tar.gz 最后一行行尾可以加 && echo "done" 结果如下： tar czvf test.tar.gz COVIDHarbin.list.csv \COVIDHarbin.list.csv_copy \COVI
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posted @ 2022-01-12 21:23
sort 命令对文件多列详细排序
摘要：sort 命令 默认是打印出来，可以通过定向符> 或-o 指定输出文件 -t ' ' 指定分隔符为空格 -k 指定按分隔后的第几域排序 -n 按数值大小排序，默认是升序（从小到大） -r 表示逆序 reverse sort -t ' ' -k 1 sort_test.file # 对第一域默认按AS
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posted @ 2022-01-12 21:10
linux按行取文件
摘要：文件前几行 head -n 5 $file 文件后几行 tail -n -5 $file 文件从第几行到结尾 tail -n +5 $file 区间行的文件 sed -n '2,5p' $file # 第二行到第5行
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posted @ 2022-01-12 17:42
python 好用的分隔字符串，切片，pop
摘要：linelist=line.rstrip().split(",") # 去掉末尾空白符（空格 换行）后，按,分成列表 切片 linelist[i:j] 取linelist[i]到linelist[j-1] #[]内为索引 缺省i ，默认为0，即从起始元素开始，如linelist[:j] 缺省j, 默
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posted @ 2022-01-06 14:33
python stderr.write() 和print()/stdout.write()不一个出口
摘要：print()默认情况下，和stdout.write()一个出口，区别是print()自带换行 stderr.write()另一个出口 1) 定义测试python脚本 import sys print ("print") sys.stdout.write("stdout") sys.stderr.w
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posted @ 2022-01-04 16:46
python 遍历大文件，处理数据时，时时把变量保存到文件，不增大变量，节省内存
摘要：# 多用write()def split_file(infile, n_parts, outdir): if not os.path.exists(infile): sys.stderr.write("Error: Can't find file: %s\n" % infile) sys.exit(
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posted @ 2022-01-04 15:53
保存重要，未完的工作空间
摘要：save.image("hello.RData") 保存整个工作空间到文件，加载方式： 下次打开默认工作目录时如果有.RData文件时会自动加载 通过load() 读取工作空间 #save 是可以选择些变量保存到文件,如save(numbers_1, file = "hello1.RData") 保
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posted @ 2022-01-01 15:27
R 随机取样 ， 随机取文件的行
摘要：> sample(c(1:10),8) # 对向量取样，默认是不放回抽样，replace=FALSE > sample(c(1:10),8,replace=TRUE) # 放回抽样 对数据框不放回抽行 dataframe[sample(nrow(dataframe), 10), ] #datafra
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posted @ 2022-01-01 15:01
shell 判断目录是否存在
摘要：if [ ! -d "./shell" ];then mkdir ./shell fi # 注意[]内的各个空格
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posted @ 2022-01-01 11:28
mac bug
摘要：Error: Permission denied @ apply2files - /usr/local/lib/docker/cli-plugin 原因是最近删了docker,导致的错误。 Fix： 1.创建docker app目录 mkdir -p /Applications/Docker.app
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posted @ 2022-01-01 09:59
